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3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법

  • 기술번호 : KST2014053073
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 단백질 활성부위에 해당하는 모조 리간드와 화합물 간의 3차원 분자정렬 및 결합 에너지 최소화를 통한 단백질-화합물 결합 구조 (혹은 단백질-리간드 도킹 구조)를 예측하는 방법에 관한 것으로, 단백질 활성부위에 있는 잔기와 상호 작용 할 수 있는 모조 원자의 최적 위치와 상보적 전하량을 계산을 통해 얻고 그 모조 원자들의 집합으로 단백질 활성부위에 해당하는 모조 리간드를 도출하고; 도출된 모조리간드와 화합물 간의 유사도 지수를 목적 함수로 하는 3차원 분자정렬을 수행하고; 정렬된 화합물과 단백질 활성부위의 잔기 간의 결합 에너지를 최소화하여 단백질-화합물 결합 구조를 예측하는 일련의 방법으로 구성되며, 기존의 도킹 방법들에 비해 화합물의 유연성은 물론 단백질 분자의 유연성까지 효율적으로 고려할 수 있어서 보다 정확한 구조를 예측할 수 있다.
Int. CL G16B 15/00 (2019.01.01) G06F 17/11 (2006.01.01)
CPC G06F 19/20(2013.01) G06F 19/20(2013.01)
출원번호/일자 1020110018447 (2011.03.02)
출원인 서울대학교산학협력단
등록번호/일자 10-1273732-0000 (2013.06.04)
공개번호/일자 10-2012-0099922 (2012.09.12) 문서열기
공고번호/일자 (20130613) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2011.03.02)
심사청구항수 5

출원인

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1 서울대학교산학협력단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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1 신환철 대한민국 서울특별시 서초구
2 전재경 대한민국 대전광역시 유성구

대리인

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최종권리자

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1 서울대학교산학협력단 서울특별시 관악구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application
2011.03.02 수리 (Accepted) 1-1-2011-0150057-93
2 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2011.09.27 수리 (Accepted) 4-1-2011-5195109-43
3 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search
2012.07.13 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
4 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search
2012.08.21 수리 (Accepted) 9-1-2012-0066137-31
5 의견제출통지서
Notification of reason for refusal
2012.08.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2012-0493140-66
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2012.10.22 수리 (Accepted) 1-1-2012-0855603-48
7 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)
2012.12.18 수리 (Accepted) 1-1-2012-1050802-47
8 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2013.01.14 수리 (Accepted) 4-1-2013-5007213-54
9 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment
2013.01.24 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2013-0069129-72
10 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)
2013.01.24 수리 (Accepted) 1-1-2013-0069143-12
11 보정요구서
Request for Amendment
2013.01.31 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2013-0011834-43
12 [출원서등 보정]보정서(납부자번호)
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment(Payer number)
2013.02.07 수리 (Accepted) 1-1-2013-0095033-42
13 등록결정서
Decision to grant
2013.05.20 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0343515-90
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2015.03.17 수리 (Accepted) 4-1-2015-5033829-92
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2015.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2015-5062924-01
16 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2019.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2019-5093546-10
17 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2019.05.23 수리 (Accepted) 4-1-2019-5101798-31
18 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information
2019.08.02 수리 (Accepted) 4-1-2019-5154561-59
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번호 청구항
1 1
(A) CPU에 의해 단백질 활성부위 잔기들의 원자의 3차원 좌표와 전하량으로부터 모조 원자의 3차원 좌표와 전하량을 산출하는 단계;(B) CPU에 의해 상기 산출된 모조 원자의 3차원 좌표들의 집합으로부터 모조 리간드를 생성하는 단계;(C) CPU에 의해 상기 생성된 모조 리간드와 화합물의 3차원 정렬을 수행하는 단계; 그리고(D) CPU에 의해 상기 3차원 정렬을 통하여 얻은 화합물 구조와 단백질 활성부위 잔기들간의 결합 에너지를 최소화하는 단계를 포함하는 3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법에 있어서,상기 (B) 단계는,상기 생성된 모조 원자들간의 거리에 따른 연결 정도를 분석하는 군집화를 통해 단백질 활성부위의 크기, 모양, 전하량에 상응하는 모조 원자들을 선택하여 모조 리간드를 생성하는 것을 특징으로 하는 3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법
2 2
제1항에 있어서,상기 (A) 단계는, 단백질의 활성부위 잔기들의 원자를 반데르발스 직경을 반지름으로 하는 구로 가정하고 세 개의 구와 동시에 접촉하는 모조 원자 위치를 기하학적 계산에 의해 결정할 때, 세 개의 단백질 원자 중 세 개 원자 모두가 극성인 경우 모조 원자의 반지름과 원소 기호를 1
3 3
제2항에 있어서,상기 (A) 단계의 전하량 값은,수학식 (charge : 일정거리 안에 있는 단백질 원자의 전하량, d : 모조 원자와 단백질 원자 간의 거리, cutoff : 단백질 원자가 전하량 계산에 포함되기 위한 모조 원자와의 거리)으로 산출되는 것을 특징으로 하는 3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법
4 4
제3항에 있어서, 상기 (C) 단계는, 상기 생성된 모조 리간드와 화합물간의 강체정렬을 수행할 때, 모조 리간드의 크기가 화합물의 크기보다 큰 경우, 화합물의 무게 중심을 복수 개의 모조 리간드 중심점으로 이동시켜 강제 정렬을 수행하는 것을 특징으로 하는 3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법
5 5
제4항에 있어서, 상기 (D) 단계는, 정렬된 화합물을 단백질 활성부위에 위치시킨 후 화합물과 일정 거리 내에 있는 단백질 활성부위의 잔기 원자들을 선택하여 상기 선택된 원자들의 좌표를 변화시킴으로써 화합물 구조와 단백질 활성부위 잔기들간의 결합 에너지를 최소화하는 것을 특징으로 하는 3차원 분자정렬을 이용하는 단백질-리간드 도킹 방법
6 6
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 교육과학기술부 서울대학교산학협력단 21세기프론티어연구개발사업 구조 기반 후보물질 최적화에 관한 연구