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고순도 뉴클레오타이드 획득 방법 및 장치

  • 기술번호 : KST2020003588
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 저비용 고순도로 염기서열을 합성할 수 있는 DNA 합성기술로서, 유전체/유전자 합성 분야에 유용하게 사용되어질 수 있는 고순도 뉴클레오타이드 획득 방법 및 장치에 관한 것이다.
Int. CL C12Q 1/6806 (2018.01.01) C12N 15/10 (2017.01.01)
CPC
출원번호/일자 1020200033380 (2020.03.18)
출원인 서울대학교산학협력단
등록번호/일자
공개번호/일자 10-2020-0035244 (2020.04.02) 문서열기
공고번호/일자
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020170059558   |   2017.05.12
법적상태 공개
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자 10-2018-0054798 (2018.05.14)
관련 출원번호 1020180054798
심사청구여부/일자 Y (2020.03.18)
심사청구항수 26

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 서울대학교산학협력단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 권성훈 서울특별시 강남구
2 김성식 서울특별시 관악구
3 염희란 강원도 철원군
4 이용희 서울특별시 서초구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 곽현규 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로**길 ** A&C빌딩 *층(STN국제특허법률사무소)
2 이성하 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로**길 ** A&C빌딩 *층(STN국제특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
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번호, 서류명, 접수/발송일자, 처리상태, 접수/발송일자의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 행정처리 표입니다.
번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [분할출원]특허출원서
[Divisional Application] Patent Application		 2020.03.18 수리 (Accepted) 1-1-2020-0287472-17
2 [출원서 등 보정]보정서
[Amendment to Patent Application, etc.] Amendment		 2020.03.19 수리 (Accepted) 1-1-2020-0291866-31
3 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2020.03.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2020-0227376-83
4 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2020.05.27 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2020-0535293-36
5 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견서·답변서·소명서
 2020.05.27 수리 (Accepted) 1-1-2020-0535279-07
6 거절결정서
Decision to Refuse a Patent		 2020.10.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2020-0742993-24
7 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.11.25 수리 (Accepted) 4-1-2020-5265458-48
8 [명세서등 보정]보정서(재심사)
Amendment to Description, etc(Reexamination)		 2020.11.26 수리 (Accepted) 1-1-2020-1275981-32
9 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견서·답변서·소명서
 2020.11.26 수리 (Accepted) 1-1-2020-1275967-03
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
(a) 핵산 단편들을 준비하는 단계;(b) 상기 핵산 단편들을 바코드 서열들로 태깅하는 단계;(c) 상기 바코드 서열들로 태깅된 핵산 단편들 중에서 검증된 서열을 갖는 단편들에 대한 위치 좌표를 지지체 상에서 확인하는 단계; 및(d) 상기 검증된 서열을 갖는 단편들을 상기 위치 좌표를 이용하여 회수하는 단계를 포함하는 고순도 핵산분자의 획득방법에 있어서상기 (c) 단계는 (c-1) 상기 (b) 단계에서 바코드 서열들로 태깅된 단편들의 전체 혹은 일부 염기서열을 병렬적 시퀀싱 방법에 의해 확인하여 검증된 서열을 갖는 단편들의 바코드 서열을 확인하는 병렬적 시퀀싱 단계; 및 (c-2) 상기 검증된 서열을 갖는 단편들로서 확인된 바코드 서열을 갖는 단편들이 고정된 지지체를 준비하고, 해당 지지체 상에서 해당 바코드 서열을 나타내는 위치 좌표를 확인하는 시퀀싱 단계가 서로다른 지지체 상에서 동시 혹은 순차적으로 수행되는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
2 2
제1 항에 있어서,상기 (c) 단계에서 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들은 PCR, RCA(Rolling cicle amplification), LAMP(Loop-mediated isothermal amplification), SR(Sequence replication), SDA(strand displacement amplification), LCR(Ligase chain reaction), NASBA(Nucleic acid sequence based amplification), MDA(Multiple displacement amplification) 또는 그 조합을 포함하는 방법들로 증폭된 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
3 3
제1 항에 있어서, 상기 (c-2) 단계는, i) 상기 (b) 단계에서 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 지지체 상에 고정하는 단계; 및 ii) 상기 지지체 상에 고정된 태깅된 단편들의 바코드 서열을 확인하여 상기 (c-1)의 병렬적 시퀀싱 단계에서 검증된 서열을 갖는 단편들로 확인된 바코드 서열에 대한 위치 좌표를 확인하는 단계를 포함하는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
4 4
제3 항에 있어서, 상기 i) 단계는, 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 RCA(Rolling cicle amplification), LAMP(Loop-mediated isothermal amplification), SR(Sequence replication), SDA(strand displacement amplification), LCR(Ligase chain reaction), NASBA(Nucleic acid sequence based amplification) 또는 MDA(Multiple displacement amplification)로 증폭된 다음 지지체 표면과의 상호작용에 의해 지지체 상에 고정된 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
5 5
제3 항에 있어서,상기 i) 단계는, 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 고정하는 지지체 표면층은 평평한 구조, 우물 구조, 기둥 구조, 반복 무늬 혹은 격자 형상이 패터닝된 구조, 또는 그 조합을 포함하는 구조인 고순도 핵산분자의 획득방법
6 6
제3 항에 있어서,상기 i) 단계는, 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 고정하는 지지체 표면은 폴리머, 실리카, 하이드로겔, 유리 또는 그 조합을 포함하는 물질인 고순도 핵산분자의 획득방법
7 7
제3 항에 있어서, 상기 i) 단계는, 상기 지지체 표면과의 상호작용에 의해 지지체 상에 고정은, 지지체 상에 전자기 인력, 흡착, 단백질 결합, 자기 조립, 화학작용기의 결합, 또는 그 조합을 포함하는 상호작용에 의해 고정되는 것인 고순도 핵산분자 획득 방법
8 8
제3 항에 있어서,상기 i) 단계는, 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 지지체 상에 고정은 기판의 표면 혹은 내부, 셀의 표면 혹은 내부, 기판 상에 패터닝된 표면 혹은 내부 또는 그 조합을 포함하는 위치에 고정되는 것인 고순도 핵산분자 획득 방법
9 9
제3 항에 있어서,상기 i) 단계는, 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들의 목적 핵산 분자와 상보적 시퀀스를 갖는 프로브를 지지체에 고정한 다음 상기 프로브에 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들을 캡쳐하고 RCA(Rolling cicle amplification), LAMP(Loop-mediated isothermal amplification), SR(Sequence replication), SDA(strand displacement amplification), LCR(Ligase chain reaction), NASBA(Nucleic acid sequence based amplification) 또는 MDA(Multiple displacement amplification)로 증폭시켜 수행된 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
10 10
제1 항에 있어서, 상기 (c-2) 해당 지지체 상에서 해당 바코드 서열을 나타내는 위치 좌표를 확인하는 시퀀싱 단계는 SBS(sequencing by synthesis), SBL(sequencing by ligation), ELISA 방식, 또는 그 조합을 포함하는 방법으로 수행되는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
11 11
제4 항에 있어서, 상기 RCA 또는 MDA는 파이(Phi) 29 DNA 폴리머라아제를 사용하여 수행되는 것인 고순도 핵산 분자의 획득방법
12 12
제4 항에 있어서, 상기 지지체 상에 고정된 서열들로 태깅된 단편들은 지름 30㎛ 이하의 분자 클론 형태로 형성된 것인 고순도 핵산 분자의 획득방법
13 13
제1 항에 있어서, 상기 (c) 단계에서 위치 좌표 확인은 상기 바코드에 형광 분자를 붙인 후 직접 형광을 관찰하는 방식으로 수행하는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
14 14
제1 항에 있어서, 상기 (a) 단계의 핵산 단편들의 크기는 20 내지 3,000 bp인 고순도 핵산분자의 획득방법
15 15
제1 항에 있어서, 상기 병렬적 시퀀싱 방법은 초병렬 시퀀싱, 생어(Sanger) 시퀀싱, 질량 분석, 전기영동, 혼성화, 디지털 PCR, 대립유전자-특이 PCR, 정량적 PCR, 형광 기반 분류, 또는 그 조합을 포함하는 것인 방법 중에서 선택된 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
16 16
제15 항에 있어서, 상기 초병렬 시퀀싱은 합성에 의한 시퀀싱, 이온 토렌트 시퀀싱, 파이로시퀀싱, 라이게이션에 의한 시퀀싱, 나노포어 시퀀싱 및 단일-분자 실시간 시퀀싱 또는 그 조합을 포함하는 방법으로부터 선택되는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
17 17
제1 항에 있어서, 상기 바코드 서열들은 임의 또는 계획적으로 설계된 2종 이상의 올리고뉴클레오타이드들의 혼합물인 고순도 핵산분자의 획득방법
18 18
제1 항에 있어서,상기 바코드 서열의 길이는 5 내지 300 bp인 고순도 핵산분자의 획득방법
19 19
제1 항에 있어서,상기 바코드 서열들의 태깅은 PCR, 에멀젼 PCR, 라이게이션(ligation) 또는 그 조합을 포함하는 방법 중에서 선택되는 어느 하나의 방법에 의해 수행되는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
20 20
제1 항에 있어서,상기 (b) 단계는 상기 바코드 서열들에 상응하는 프라이머들로 목적 단편들을 선택적으로 증폭하여 회수하는 방식으로 수행되는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
21 21
제1 항에 있어서,상기 (d) 단계에서 상기 위치 좌표를 이용하여 회수하는 방식은 초음파, 공기압, 레이저 또는 그 조합을 포함하는 방법에 의해 접촉식 또는 비접촉식으로 에너지를 인가하는 방식인 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
22 22
제1 항에 있어서, 상기 (d) 단계에서 회수된 검증된 서열들을 갖는 단편들로부터 원하는 염기서열을 가진 핵산 분자를 획득하도록 특정 염기서열의 증폭 또는 절단 단계를 더 포함하는 것인 고순도 핵산분자의 획득방법
23 23
서로 다른 종류의 바코드 서열들로 태깅된 핵산 단편들이 개별 스폿 단위별로 구분되어 부착되어 있으며, 상기 개별 스폿들이 이격하여 배열된 지지체가 장착된 스테이지;상기 바코드 서열들로 태깅된 핵산 단편들 중에서 검증된 서열을 갖는 단편들의 분리를 위한 병렬적 시퀀싱 장치;상기 병렬적 시퀀싱 장치에서 검증된 서열을 갖는 단편들에 대한 위치 좌표를 지지체 상에서 관찰하기 위한 이미징 장치; 및상기 검증된 서열을 갖는 단편들을 상기 지지체로부터 분리하기 위해 상기 위치 좌표에 접촉식 또는 비접촉식으로 에너지를 인가하는 추출 장치를 포함하는 고순도 핵산분자의 획득장치에 있어서상기 병렬적 시퀀싱 장치는 상기 바코드 서열들로 태깅된 단편들의 전체 혹은 일부 염기서열을 병렬적 시퀀싱 방법에 의해 확인하여 검증된 서열을 갖는 단편들의 바코드 서열을 확인하는 병렬적 시퀀싱; 및 상기 검증된 서열을 갖는 단편들로서 확인된 바코드 서열을 갖는 단편들이 고정된 지지체를 준비하고, 해당 지지체 상에서 해당 바코드 서열을 나타내는 위치 좌표를 확인하는 시퀀싱을 서로 다른 지지체 상에서 동시 혹은 순차적으로 수행할 수 있는 고순도 핵산분자 획득장치
24 24
제23 항에 있어서,상기 장치는 상기 검증된 서열을 갖는 단편들의 분리를 위하여 상기 지지체의 특정 영역이 상기 추출 장치와 대응되도록 위치시키는 제어 장치를 더 포함하는 것인 고순도 핵산분자의 획득장치
25 25
제23 항에 있어서,상기 이미징 장치는 광학 렌즈, 파장이 10~10,000nm인 광원, 이미지 센서, 형광 분자 중 하나 이상을 포함하는 고순도 핵산분자의 획득장치
26 26
제1 항 내지 제22 항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 만들어지며, 음의 전하를 띤 단일가닥 DNA 분자들을 갖는 것인 비드 프리(bead free) 핵산 마이크로스피어
27 27
제26 항에 있어서, 상기 단일가닥 DNA 분자들은 50kbp 내지 100Gbp 정도로 긴 길이의 단일가닥 DNA 분자들인 비드 프리 핵산 마이크로스피어
28 28
제27 항에 있어서, 상기 긴 길이의 단일가닥 핵산 분자들이 핵산분자간 서로 엉기거나 반복 서열의 단일가닥이 서로 이어진 입체물의 형태로 제공되며, 상기 입체물은 1nm ~ 30㎛의 직경을 갖는 것인 비드 프리 핵산 마이크로스피어
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1 KR1020180124789 KR 대한민국 FAMILY
2 WO2018208133 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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1 KR20180124789 KR 대한민국 DOCDBFAMILY
2 US2020165662 US 미국 DOCDBFAMILY
3 WO2018208133 WO 세계지적재산권기구(WIPO) DOCDBFAMILY
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