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서로 다른 형태의 단백질 코드를 특정 단백질 코드로 단일화하는 단계;
단백질의 위치 분포도와 단백질의 위치간 상호작용 분포도를 이용하여 단백질 위치에 대한 가중치와 단백질 상호작용에 대한 가중치를 산출하는 단계;
(a) 시작 단백질, 종료 단백질, 경로길이가 입력되면, DFS(Depth First Search) 방식으로 단백질의 신호 전달 가능경로를 탐색하는 단계;
(b) 상기 단백질 위치에 대한 가중치 및 상기 단백질 상호작용에 대한 가중치 중 적어도 하나를 이용하여 평가 함수를 산출하고, 상기 산출된 평가함수를 이용하여 상기 신호 전달 가능 경로를 평가하는 단계;
(c) 상기 평가 함수의 결과를 내림차순으로 정렬하여 가장 큰 값을 결정하는 단계; 및
(d) 상기 가장 큰 값을 가지는 신호 전달 가능 경로들에 대하여 유전자 온톨로지 정보를 이용하여 평가를 수행하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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제 1항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 정보는, 세포 구성체(Cellular Component, CC) 정보, 분자적 기능(Molecular Function, MF) 정보, 생물학적 작용(Biological Process, BP) 정보 중 적어도 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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3
제 1항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 정보는, GO ID(id) 이름(NAME) 속한 온톨로지 도메인(NAMESPACE), 용어의 폐기 상태 여부(IS_ABSOLUTE), is_a 관계(IS_A), part-of 관계(RELATION), subset 정보(SUBSET), 바꿈 (REPLACED), 대체용어(ALT_ID), 관련된 단백질(ANNOTATIONID)을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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제 2항에 있어서,
상기 (d) 단계는,
두 GO CC(Gene Ontology Cellular Component) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 과정을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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5
제 2항에 있어서,
상기 (d) 단계는,
두 GO MF(Gene Ontology Molecular Function) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 과정을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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6
제 2항에 있어서,
상기 (d) 단계는,
두 GO BP(Gene Ontology Biological Process) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 상기 신호 전달 가능 경로를 구성하는 단백질에 대한 평가 값을 계산하는 과정을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 방법
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삭제
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서로 다른 형태의 단백질 코드를 특정 단백질 코드로 단일화하는 통합부;
단백질의 위치 분포도와 단백질의 위치간 상호작용 분포도를 이용하여 단백질 위치에 대한 가중치와 단백질 상호작용에 대한 가중치를 산출하는 가중치부;
시작 단백질, 종료 단백질, 경로길이가 입력되면, DFS(Depth First Search) 방식으로 단백질의 신호 전달 가능경로를 탐색하는 탐색부;
상기 단백질 위치에 대한 가중치 및 상기 단백질 상호작용에 대한 가중치 중 적어도 하나를 이용하여 평가 함수를 산출하고, 상기 산출된 평가함수를 이용하여 상기 신호 전달 가능 경로를 평가하는 가중치 적용부; 및
상기 평가 함수의 결과를 내림차순으로 정렬하여 가장 큰 값을 결정하는 경로 결정부;
상기 유전자 온톨로지 정보를 저장하는 유전자 온톨로지 데이터베이스; 및
상기 가장 큰 값을 가지는 신호 전달 가능 경로들에 대하여 상기 유전자 온톨로지 정보를 이용하여 평가를 수행하는 유전자 온톨로지 적용부를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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제 8항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 정보는, 세포 구성체(Cellular Component, CC) 정보, 분자적 기능(Molecular Function, MF) 정보, 생물학적 작용(Biological Process, BP) 정보 중 적어도 하나를 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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10
제 8항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 정보는, GO ID(id) 이름(NAME) 속한 온톨로지 도메인(NAMESPACE), 용어의 폐기 상태 여부(IS_ABSOLUTE), is_a 관계(IS_A), part-of 관계(RELATION), subset 정보(SUBSET), 바꿈 (REPLACED), 대체용어(ALT_ID), 관련된 단백질(ANNOTATIONID)을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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제 9항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 적용부는, 두 GO CC(Gene Ontology Cellular Component) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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제 9항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 적용부는, 두 GO MF(Gene Ontology Molecular Function) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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13
제 9항에 있어서,
상기 유전자 온톨로지 적용부는, 두 GO BP(Gene Ontology Biological Process) 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 상기 신호 전달 가능 경로를 구성하는 단백질에 대한 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달의 경로 탐색 장치
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(a) 복수 개의 단백질 신호 전달 경로 데이터를 입력받는 단계; 및
(b) 상기 복수 개의 단백질 신호 전달 경로들에 대하여, 세포 구성체(Cellular Component, CC) 정보, 분자적 기능(Molecular Function, MF) 정보, 생물학적 작용(Biological Process, BP) 정보 중 적어도 하나를 포함하는 유전자 온톨로지 정보를 이용하여 평가 값을 계산하는 단계를 포함하고,
상기 유전자 온톨로지 정보는, GO ID(id) 이름(NAME) 속한 온톨로지 도메인(NAMESPACE), 용어의 폐기 상태 여부(IS_ABSOLUTE), is_a 관계(IS_A), part-of 관계(RELATION), subset 정보(SUBSET), 바꿈 (REPLACED), 대체용어(ALT_ID), 관련된 단백질(ANNOTATIONID)을 포함하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달 경로의 평가 방법
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16
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제15항에 있어서,
상기 (b) 단계는, 상기 복수 개의 단백질 신호 전달 경로들 각각에 대하여, GO(Gene Ontology) 비순환 방향 그래프(Direct Acyclic Graph, DAG) 상에서 GO CC(Gene Ontology Cellular Component) 용어 간의 거리를 이용하여 두 GO CC 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 단백질 상호작용하는 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달 경로의 평가 방법
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제15항에 있어서,
상기 (b) 단계는, 상기 복수 개의 단백질 신호 전달 경로들 각각에 대하여, GO(Gene Ontology) 비순환 방향 그래프(Direct Acyclic Graph, DAG) 상에서 GO MF(Gene Ontology Molecular Function) 용어 간의 거리를 이용하여 두 GO MF 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 단백질 상호작용하는 두 단백질 사이의 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달 경로의 평가 방법
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제15항에 있어서,
상기 (b) 단계는, 상기 복수 개의 단백질 신호 전달 경로들 각각에 대하여, GO(Gene Ontology) 비순환 방향 그래프(Direct Acyclic Graph, DAG) 상에서 GO BP(Gene Ontology Biological Process) 용어 간의 거리를 이용하여 두 GO BP 용어 간의 평가 값을 계산하고, 상기 계산된 평가 값을 이용하여 단백질 신호 전달 경로의 경로 구성 후보 단백질에 대한 평가 값을 계산하는 것을 특징으로 하는 단백질 신호 전달 경로의 평가 방법
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