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단백질 상호작용 네트워크 분석을 통한 새로운 질병관련유전자 선정방법

  • 기술번호 : KST2015171441
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 각각의 질병마다 잘 알려진 질병유전자들과 질병관련 문헌정보, 유전자 발현 정보 및 단백질 상호작용 정보로부터 단백질 상호작용 네트워크를 생성하고, 통계 물리적 네트워크 분석을 통해 새로운 질병관련 유전자를 선정하는 방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 (a) 특정 질병관련 유전자에 관한 문헌정보 데이터로부터 후보 유전자를 선정하는 단계; (b) 특정 질병관련 유전자 발현 정보의 실험데이터로부터 정규성을 확인하여 유의한 데이터로부터 후보 유전자를 선정하는 단계; (c) 단백질 상호작용 정보 데이터로부터 상기 (a) 및 (b)에서 선정된 후보 유전자와 단백질 간의 단백질 상호작용 네트워크를 생성하는 단계; (d) 상기 단백질 상호작용 네트워크의 노드를 분석하는 단계; 및 (e) 상기 분석결과를 점수화하여 질병관련 유전자를 선정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 특정 질병관련 유전자 선정방법에 관한 것이다.질병 유전자, 질병 단백질, 단백질 상호작용 네트워크(protein interaction network), 네트워크 노드 분석
Int. CL C12Q 1/00 (2011.01) C12Q 1/68 (2011.01) G06F 19/18 (2011.01)
CPC C12Q 1/6811(2013.01) C12Q 1/6811(2013.01)
출원번호/일자 1020060016120 (2006.02.20)
출원인 한국생명공학연구원
등록번호/일자 10-0692319-0000 (2007.03.02)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20070312) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.02.20)
심사청구항수 8

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국생명공학연구원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 김영주 대한민국 대전 유성구
2 황소현 대한민국 대전 유성구
3 손승우 대한민국 대전 유성구
4 김상철 대한민국 서울 성북구
5 정하웅 대한민국 대전 유성구
6 윤유식 대한민국 대전 유성구
7 이도헌 대한민국 대전 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이학수 대한민국 부산광역시 연제구 법원로 **, ****호(이학수특허법률사무소)
2 백남훈 대한민국 서울특별시 강남구 강남대로 ***, KTB네트워크빌딩**층 한라국제특허법률사무소 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국생명공학연구원 대한민국 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2006.02.20 수리 (Accepted) 1-1-2006-0121998-99
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2006.11.10 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2006.12.05 수리 (Accepted) 9-1-2006-0082565-37
4 등록결정서
Decision to grant		 2007.02.23 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0107345-58
5 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2008.04.10 수리 (Accepted) 4-1-2008-5054980-73
6 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2015.02.05 수리 (Accepted) 4-1-2015-0007152-08
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번호 청구항
1 1
생물정보 데이터로부터 단백질 상호작용 네트워크를 생성하고, 네트워크 분석을 이용하여 특정 질병관련 유전자를 선정하는 방법에 있어서,(a) 질병관련 유전자에 관한 문헌정보 데이터로부터 후보 유전자를 선정하는 단계;(b) 질병관련 유전자 발현 정보의 실험데이터로부터 정규성을 확인하여 유의한 데이터로부터 후보 유전자를 선정하는 단계;(c) 단백질 상호작용 정보 데이터로부터 상기 (a) 및 (b)에서 선정된 후보 유전자와 단백질 간의 단백질 상호작용 네트워크를 생성하는 단계;(d) 상기 단백질 상호작용 네트워크의 노드를 분석하는 단계; 및(e) 상기 분석결과를 점수화하여 질병관련 유전자를 선정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 기존 문헌정보에서 알려지지 않았던 질병관련 유전자 선정 방법
2 2
청구항 1에 있어서,상기 질병관련 유전자에 관한 문헌정보로는 온라인 멘델리안 인 맨(Online Mendelian In Man, OMIM)에서 제공하는 질병 유전자 데이터베이스 또는 각각의 알려진 유전자마다 OMIM에서 제공하고 있는 유전자의 문헌정보에서 그 유전자와 관련이 있다고 알려진 또 다른 유전자 데이터베이스인 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
3 3
청구항 1에 있어서,상기 특정 질병관련 유전자 발현 정보는 질병군과 정상군을 비교하여 실험한 마이크로어레이 실험데이터인 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
4 4
청구항 1 또는 청구항 3에 있어서,상기 질병관련 유전자 발현 정보의 실험데이터가 정규분포를 따르면 T-검정 (Student's t-test)과 오류발견률 (False Discovery Rate) 을 적용하고, 정규분포를 따르지 않으면 윌콕슨 순위 검정 (Wilcoxon rank sum test)을 적용해서 p-value 값이 하나라도 0
5 5
청구항 1에 있어서,상기 단백질 상호작용 정보는 휴먼 프로테인 레퍼런스 데이터베이스(Human Protein Reference Database, HPRD) 데이터베이스인 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
6 6
청구항 1 또는 청구항 5에 있어서,상기 단백질 상호작용 정보로부터 단백질 상호작용 네트워크를 생성할 때, 상기 질병 후보 유전자들로만 단백질 노드를 구성한 핵심 단백질 상호작용 네트워크 (core network)뿐만 아니라, 상기 질병 후보 유전자들의 단백질과 그 단백질들과 상호작용하는 단백질 노드들로 이루어진 확장 단백질 상호작용 네트워크 (extended network)를 생성하는 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
7 7
청구항 1에 있어서,상기 단백질 상호작용 네트워크의 노드를 분석하기 위하여, 상기 단백질 상호작용 네트워크의 노드와의 연결개수 (Degree), 노드의 부하정도 (Node Betweenness Centrality, Node BC), 연결선의 부하정도 (Edge Betweenness Centrality, Edge BC) 및 네트워크에서 노드의 위치 값(Characteristic Path Length, CPL) 중에서 선택되는 어느 하나 이상의 네트워크 성질을 측정하는 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
8 8
청구항 1 또는 청구항 7에 있어서,상기 네트워크 노드의 연결개수가 큰 것부터 작은 것으로, 네트워크의 노드부하가 큰 것부터 작은 것으로 그리고 네트워크 위치 값이 작은 것부터 큰 것으로 각각 순서를 정해서 나열하고, 확장 단백질 상호작용 네트워크에서 세 가지 값에서 모두 상위 1% 안에 든 것들을 목표 유전자 (target genes)로 선정하거나,또는 상기 확장 단백질 상호작용 네트워크에서 네트워크 노드의 연결개수가 상위 2%에 속하는 것 중에서 핵심 단백질네트워크의 랭킹 값과 확장 단백질 네트워크의 랭킹 값의 차이가 큰 순으로 관심 유전자를 선정하거나,또는 질병관련 약물 대상이 되는 유전자가 알려져 있다면 그 유전자와 단백질이 상호작용을 하면서, 확장 단백질네트워크의 네트워크의 노드 연결개수가 상위 30% 안에 든 유전자들을 약물 대상 유전자와 상호작용하는 유전자 (new gene interacting with drug target gene)로 선정하거나,또는 핵심 단백질 네트워크를 가장 네트워크 부하가 큰 것 순으로 최소비용 신장트리 (minimum spanning tree)로 다시 그려 네트워크의 뼈대를 구성하여, 이 네트워크 뼈대에서 부하 값이 큰 상위 5%의 유전자를 핵심 구조 유전자 (key gene)로 선정하여,상기 목표 유전자, 관심 유전자, 약물 대상 유전자와 상호작용하는 유전자 및 핵심 구조 유전자에 해당될 때마다 점수를 부여하여 질병관련 유전자의 중요도 랭킹을 부여하는 것을 특징으로 하는 질병관련 유전자 선정 방법
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패밀리정보가 없습니다
국가 R&D 정보가 없습니다.