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암세포 네트워크의 끌개 동역학에 기반한 약물 반응 예측 기법

  • 기술번호 : KST2018013902
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 노미널 네트워크에 암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 생성한 스페시픽 네트워크에 대하여 특정 약물에 대응하는 섭동을 적용함으로써 생성한 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계, 및 상기 섭동상태 천이 다이어그램의 베이신의 크기를 기초로, 상기 약물의 효용성에 대한 스코어를 산출하는 단계를 포함하는 약물 효용성 산출방법을 공개한다.
Int. CL G16C 10/00 (2019.01.01) G16B 20/00 (2019.01.01) G16B 5/00 (2019.01.01)
CPC G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01) G16C 20/30(2013.01)
출원번호/일자 1020170044192 (2017.04.05)
출원인 한국과학기술원
등록번호/일자 10-1975424-0000 (2019.04.29)
공개번호/일자 10-2018-0113029 (2018.10.15) 문서열기
공고번호/일자 (20190507) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2017.04.05)
심사청구항수 16

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 조광현 대한민국 대전광역시 유성구
2 최민수 대한민국 서울특별시 영등포구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 양기혁 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로**길 **(삼성동) 명지빌딩, *층(선정국제특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대전광역시 유성구
번호, 서류명, 접수/발송일자, 처리상태, 접수/발송일자의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 행정처리 표입니다.
번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2017.04.05 수리 (Accepted) 1-1-2017-0333439-30
2 직권정정안내서
Notification of Ex officio Correction		 2017.04.12 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2017-0050437-27
3 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2018.09.17 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2018-0636200-91
4 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2018.11.19 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2018-1151122-17
5 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2018.11.19 수리 (Accepted) 1-1-2018-1151123-63
6 등록결정서
Decision to grant		 2019.01.29 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2019-0070455-30
7 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.04.24 수리 (Accepted) 4-1-2019-5081392-49
8 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.05.15 수리 (Accepted) 4-1-2020-5108396-12
9 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.06.12 수리 (Accepted) 4-1-2020-5131486-63
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 제1 스페시픽 네트워크를 생성하는 단계;제1약물에 대응하는 제1섭동을 상기 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 제1 스페시픽 섭동네트워크를 생성하는 단계;상기 제1 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제1 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램의 한 개 이상의 베이신의 크기들의 가중합(Rafter)을 산출하고, 상기 가중합이 증가함에 따라 증가하는 값을 갖는 효능수치(D스코어)를 산출하는 단계;를 포함하는,약물 효용성 산출방법
2 2
제1항에 있어서, 상기 제1약물은 서로 다른 2개 이상의 약물이 조합된 것인, 약물 효용성 산출방법
3 3
제1항에 있어서,제2약물 또는 제2약물조합에 대응하는 제2섭동을 상기 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 제2 스페시픽 섭동네트워크를 생성하는 단계;상기 제2 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제2 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계;상기 제1약물과 상기 제2약물의 조합에 대응하는 제3섭동을 상기 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 제3 스페시픽 섭동네트워크를 생성하는 단계;상기 제3 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제3 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 제1약물과 상기 제2약물의 조합에 의한 시너지 효과를 나타내는 시너지수치를 산출하는 단계를 더 포함하며,상기 시너지수치를 산출하는 단계는,상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 제1암세포가 사멸될 확률값인 제1 D비율(DA)을 산출하는 단계;상기 제2 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 제1암세포가 사멸될 확률값인 제2 D비율(DB)을 산출하는 단계;상기 제3 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 제1암세포가 사멸될 확률값인 제3 D비율(DAB)을 산출하는 단계; 및상기 제1 D비율, 상기 제2 D비율, 및 상기 제3 D비율을 이용하여 상기 시너지수치(S스코어)를 산출하는 단계를 포함하는,약물 효용성 산출방법
4 4
제3항에 있어서, 상기 시너지수치는 수식 4를 이용하여 산출되는, 약물 효용성 산출방법
5 5
제1항에 있어서,상기 효능수치는, 상기 제1 스페시픽 네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제1 상태 천이 다이어그램 중 각각 세포 증식, 세포 사이클 중지, 및 세포 사멸을 나타내는 베이신들의 크기에 비례하는 제1 증식 확률(PP_before), 제1 사이클 중지 확률(PA_before), 및 제1 사멸 확률(PD_before)을 수식 1의 PP, PA, PD에 각각 대입하여 산출되는 제1 R스코어(Rbefore), 및상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램 중 각각 세포 증식, 세포 사이클 중지, 및 세포 사멸을 나타내는 베이신들의 크기에 비례하는 제2 증식 확률(PP_after), 2 사이클 중지 확률(PA_after), 및 제2 사멸 확률(PD_after)을 수식 1의 PP, PA, PD에 각각 대입하여 산출되는 제2 R스코어(Rafter)를 이용하여 산출되는,약물 효용성 산출방법
6 6
제5항에 있어서, 상기 효능수치는 수식 2를 이용하여 산출되는, 약물 효용성 산출방법
7 7
제3항에 있어서, 상기 제1약물 또는 상기 제2약물은 서로 다른 2개 이상의 약물이 조합된 것인, 약물 효용성 산출방법
8 8
제1항에 있어서,상기 노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 제1 스페시픽 네트워크를 생성하는 단계는,상기 노미널 네트워크를 제공받는 단계;상기 제1암세포의 유전자 변이 정보를 획득하는 단계;상기 제1암세포의 논센스 돌연변이된 유전자 또는 HOMDEL 복제수변이된 유전자에 대응하는 제1노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제1노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 미스센스 돌연변이된 유전자 중 기능적 임팩트 스코어가 미리 결정된 제1값보다 큰 유전자에 대응하는 제2노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Oncogene인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Tumor suppressor인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 상기 제1암세포의 LOSS 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제2값보다 작은 것에 대응하는 제3노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제3노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 GAIN 복제수변이된 유전자 또는 AMP 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제3값보다 큰 것에 대응하는 제4노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제4노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 를 포함하는,약물 효용성 산출방법
9 9
노미널 네트워크에 암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 생성한 스페시픽 네트워크에 대하여 특정 약물에 대응하는 섭동을 적용함으로써 생성한 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 섭동상태 천이 다이어그램의 한 개 이상의 베이신의 크기들의 가중합(Rafter)을 산출하고, 상기 가중합이 증가함에 따라 증가하는 값을 갖는 효능수치(D스코어)를 산출하는 단계;를 포함하는,약물 효용성 산출방법
10 10
제9항에 있어서,상기 효능수치는, 상기 스페시픽 네트워크의 상태 천이 다이어그램 중 각각 세포 증식, 세포 사이클 중지, 및 세포 사멸을 나타내는 베이신들의 크기에 비례하는 제1 증식 확률(PP_before), 제1 사이클 중지 확률(PA_before), 및 제1 사멸 확률(PD_before)을 수식 1의 PP, PA, PD에 각각 대입하여 산출되는 제1 R스코어(Rbefore), 및상기 섭동상태 천이 다이어그램 중 각각 세포 증식, 세포 사이클 중지, 및 세포 사멸을 나타내는 베이신들의 크기에 비례하는 제2 증식 확률(PP_after), 2 사이클 중지 확률(PA_after), 및 제2 사멸 확률(PD_after)을 수식 1의 PP, PA, PD에 각각 대입하여 산출되는 제2 R스코어(Rafter)를 이용하여 산출되는,약물 효용성 산출방법
11 11
제9항에 있어서,제2약물 또는 제2약물조합에 대응하는 제2섭동을 상기 스페시픽 네트워크에 적용하여 제2 스페시픽 섭동네트워크를 생성하고, 상기 약물과 상기 제2약물의 조합에 대응하는 제3섭동을 상기 스페시픽 네트워크에 적용하여 제3 스페시픽 섭동네트워크를 생성하는 단계;상기 제2 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제2 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하고, 상기 제3 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제3 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 약물과 상기 제2약물의 조합에 의한 시너지 효과를 나타내는 시너지수치를 산출하는 단계;를 더 포함하며,상기 시너지수치를 산출하는 단계는,상기 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 암세포가 사멸될 확률값인 제1 D비율(DA)을 산출하는 단계;상기 제2 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 암세포가 사멸될 확률값인 제2 D비율(DB)을 산출하는 단계;상기 제3 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보에서 각각 획득할 수 있는 세포사멸을 나타내는 베이신의 크기를 기초로, 상기 암세포가 사멸될 확률값인 제3 D비율(DAB)을 산출하는 단계; 및상기 제1 D비율, 상기 제2 D비율, 및 상기 제3 D비율을 이용하여 상기 시너지수치(S스코어)를 산출하는 단계를 포함하는,약물 효용성 산출방법
12 12
컴퓨팅장치로 하여금,노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 제1 스페시픽 네트워크를 생성하는 단계;제1약물에 대응하는 제1섭동을 상기 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 제1 스페시픽 섭동네트워크를 생성하는 단계;상기 제1 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제1 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램의 한 개 이상의 베이신의 크기들의 가중합(Rafter)을 산출하고, 상기 가중합이 증가함에 따라 증가하는 값을 갖는 효능수치(D스코어)를 산출하는 단계;를 수행하도록 하는 프로그램 코드가 기록된,컴퓨터로 읽을 수 있는 논트랜지토리 기록매체
13 13
제12항에 있어서,상기 노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 제1 스페시픽 네트워크를 생성하는 단계는,상기 노미널 네트워크를 제공받는 단계;상기 제1암세포의 유전자 변이 정보를 획득하는 단계;상기 제1암세포의 논센스 돌연변이된 유전자 또는 HOMDEL 복제수변이된 유전자에 대응하는 제1노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제1노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 미스센스 돌연변이된 유전자 중 기능적 임팩트 스코어가 미리 결정된 제1값보다 큰 유전자에 대응하는 제2노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Oncogene인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Tumor suppressor인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 상기 제1암세포의 LOSS 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제2값보다 작은 것에 대응하는 제3노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제3노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 GAIN 복제수변이된 유전자 또는 AMP 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제3값보다 큰 것에 대응하는 제4노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제4노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 를 포함하는,컴퓨터로 읽을 수 있는 논트랜지토리 기록매체
14 14
노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 제1 스페시픽 네트워크를 생성하도록 되어 있고,제1약물에 대응하는 제1섭동을 상기 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 제1 스페시픽 섭동네트워크를 생성하도록 되어 있으며,상기 제1 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제1 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하도록 되어 있고, 그리고상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램의 한 개 이상의 베이신의 크기들의 가중합(Rafter)을 산출하고, 상기 가중합이 증가함에 따라 증가하는 값을 갖는 효능수치(D스코어)를 산출하도록 되어 있는,컴퓨팅 장치
15 15
제14항에 있어서,상기 노미널 네트워크에 상기 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 상기 제1 스페시픽 네트워크를 생성하는 것은,상기 노미널 네트워크를 제공받는 단계;상기 제1암세포의 유전자 변이 정보를 획득하는 단계;상기 제1암세포의 논센스 돌연변이된 유전자 또는 HOMDEL 복제수변이된 유전자에 대응하는 제1노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제1노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 미스센스 돌연변이된 유전자 중 기능적 임팩트 스코어가 미리 결정된 제1값보다 큰 유전자에 대응하는 제2노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Oncogene인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키고, 상기 미스센스 돌연변이된 유전자가 Tumor suppressor인 경우에는 상기 제2노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 상기 제1암세포의 LOSS 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제2값보다 작은 것에 대응하는 제3노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제3노드가 언제나 비활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계;상기 제1암세포의 GAIN 복제수변이된 유전자 또는 AMP 복제수변이된 유전자 중 mRNA expression의 z 스코어가 미리 결정된 제3값보다 큰 것에 대응하는 제4노드를 상기 노미널 네트워크에서 찾아내고, 상기 제4노드가 언제나 활성화된 상태를 갖도록 상기 노미널 네트워크를 변화시키는 단계; 를 실행하여 구현되는 것을 특징으로 하는,컴퓨팅 장치
16 16
제1약물에 대응하는 제1섭동을 제1 스페시픽 네트워크에 적용하여 생성한 제1 스페시픽 섭동네트워크의 상태 천이 다이어그램인 제1 섭동상태 천이 다이어그램에 관한 정보를 생성하는 단계; 및상기 제1 섭동상태 천이 다이어그램의 한 개 이상의 베이신의 크기들의 가중합(Rafter)을 산출하고, 상기 가중합이 증가함에 따라 증가하는 값을 갖는 효능수치(D스코어)를 산출하는 단계;를 포함하며,상기 제1스페시픽 네트워크는 노미널 네트워크에 제1암세포의 유전자 변이 정보를 매핑하여 생성한 것인,약물 효용성 산출방법
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1 US20180292386 US 미국 FAMILY

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순번 패밀리번호 국가코드 국가명 종류
1 US2018292386 US 미국 DOCDBFAMILY
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순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 미래창조과학부 한국과학기술원 원천기술개발사업 (EZBARO_BIT 심층융합 기반 암분자네트워크 동역학 제어기술을 활용한 최적약물 시뮬레이션 플랫폼 개발(2016)
2 미래창조과학부 한국과학기술원 이공분야기초연구사업 계산 시스템생물학 기반 암 신호전달네트워크의 핵심조절메커니즘 탐구 및 시스템적 제어(3년차)