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다음의 단계를 포함하는 무세포 DNA(cell free DNA, cfDNA) 기반의 간암 예후예측 방법:a) 생체시료에서 분리된 무세포 DNA의 서열정보를 획득하는 단계; b) 상기 서열정보(reads)를 참조집단의 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 퀄리티를 확인하여, 기준값(cut-off value) 이상인 서열정보만 선별하는 단계;d) 상기 표준 염색체를 일정 구간(bin)으로 나누고, 상기 선별된 서열정보(reads)에 대하여, 각 구간의 양을 확인하고 정규화하는 단계;e) 참조집단의 정규화된 각 구간(bin)에 매치되는 리드의 평균과 표준편차를 구한 다음, 상기 d) 단계에서 정규화한 값 사이의 Z 점수를 계산하는 단계; f) 상기 Z 점수(Z score)를 이용하여 염색체를 구분하여, I 점수를 계산하는 단계; 및g) 상기 I 점수(I-score)의 기준값(cut-off value)을 초과할 경우, 간암 예후가 나쁜 것으로 판정하는 단계
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제1항에 있어서, 상기 a) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법: (a-i) 채취된 무세포 DNA에서 염석 방법(salting-out method), 컬럼크로마토그래피 방법(column chromatography method), 또는 비드 방법(beads method)을 사용하여 단백질, 지방, 및 기타 잔여물을 제거하고 정제된 핵산을 수득하는 단계; (a-ii) 상기 정제된 핵산에 대하여, 싱글-엔드 시퀀싱(single-end sequencing) 또는 페어-엔드 시퀀싱(pair-end sequencing) 라이브러리(library)를 제작하는 단계; (a-ⅲ) 상기 제작된 라이브러리를 차세대 유전자서열검사기(next-generation sequencer)에 반응시키는 단계; 및(a-ⅳ) 상기 차세대 유전자서열검사기에서 핵산의 서열정보(reads)를 획득하는 단계
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제2항에 있어서,상기 (a-ⅰ) 및 상기 (a-ⅱ) 단계 사이에, 상기 (a-ⅰ) 단계에서 정제된 핵산을, 효소적 절단, 분쇄 또는 하이드로쉐어방법(hydroshear method)으로 무작위 단편화(random fragmentation)하여 싱글-엔드 시퀀싱 또는 페어-엔드 시퀀싱 라이브러리를 제작하는 단계를 추가로 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제1항에 있어서, 상기 a) 단계의 서열정보를 획득하는 단계는 분리된 무세포 DNA를 1백만 내지 1억 리드 깊이로 전장 유전체 시퀀싱을 통해 획득하는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제1항에 있어서, 상기 c) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법:(c-i) 각 정렬된 핵산서열의 영역을 특정하는 단계; 및(c-ii) 상기 영역 내에서 정렬 일치도 점수(mapping quality score)와 GC 비율의 기준값을 만족하는 서열을 선별하는 단계
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제5항에 있어서, 상기 기준값은, 상기 정렬 일치도 점수(mapping quality score)가 15 내지 70이고, GC 비율은 30 내지 60%인 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제5항에 있어서, c) 단계는, 염색체의 중심체 또는 말단체의 데이터를 제외하고 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제1항에 있어서, 상기 d) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법:(d-i) 표준 염색체를 일정구간(bin)으로 나누는 단계;(d-ii) 상기 구간별 정렬된 리드 개수 및 리드들의 GC양을 산출하는 단계;(d-iii) 상기 리드 개수 및 GC양을 바탕으로 회귀분석을 실시하여 회귀계수를 산출하는 단계; 및(d-iv) 상기 회귀계수를 이용하여 리드 개수를 정규화하는 단계
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제8항에 있어서, (d-i)에서의 일정구간(bin)은 100 kb 내지 2 Mb인 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제1항에 있어서, 상기 e) 단계는, 하기의 수식 1로 계산하는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법: 수식 1: Z 점수
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제1항에 있어서, 상기 (f) 단계는 다음의 단계를 포함하는 방법으로 수행되는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법:(f-i) 각 구간별 Z 점수를 기반으로 CBS(Circular Binary Segmentation) 방법으로 염색체 영역을 구분하는 단계;(f-ii) 상기 구분된 구역의 Z 점수의 평균 절대값이 기준값 이상인 지역의 염색체길이(size)를 구하는 단계; 및(f-iii) 하기 수식 2로 I 점수를 계산하는 단계
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제11항에 있어서, 상기 Z 점수의 평균 절대값의 기준값은 1-2인 것을 특징으로 하는 순환 종양 DNA 검출 방법
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제1항에 있어서, 상기 I 점수의 기준값은 1637인 것을 특징으로 하는 순환 종양 DNA 검출 방법
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제1항에 있어서, 분리된 무세포 DNA의 농도를 측정하여, 무세포 DNA의 농도가 기준값을 초과하면 나쁜 예후인 것으로 판단하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제14항에 있어서, 분리된 무세포 DNA 농도의 기준값은 0
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제1항에 있어서,상기 I 점수가 1638 내지 3012인 경우, 중등도 위험군으로 분류하고, 3013 내지 13672인 경우, 고도 위험군으로 분류하고, 13673 내지 28520인 경우 초고도 위험군으로 분류하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 방법
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제1항 내지 제16항 중 어느 한 항의 방법으로 간암 예후를 예측하는 단계를 포함하는 간암의 예후 판단을 위한 정보의 제공 방법
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생체시료에서 분리된 무세포 DNA의 서열정보를 해독하는 해독부; 해독된 서열을 참조집단의 표준 염색체 서열 데이터베이스에 정렬하는 정렬부; 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 기준값(cut-off value) 이상인 샘플의 서열정보만 선별하는 품질관리부; 및 선별된 서열정보(reads)에 대하여, 참조집단 샘플과 비교하여 Z 점수(Z score)를 계산한 다음, 이를 바탕으로 I 점수(I-score)를 도출하여, I 점수가 기준값(cut-off value)을 초과할 경우, 간암 예후가 나쁜 것으로 판정하는 결정부를 포함하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 장치
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제18항에 있어서, 분리된 무세포 DNA의 농도를 측정하여, 농도가 기준값을 초과하면 나쁜 예후인 것으로 판단하는 농도 기반 예후 결정부를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 cfDNA 기반의 간암 예후예측 장치
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컴퓨터 판독 가능한 매체로서, 간암 예후를 예측하는 프로세서에 의해 실행되도록 구성되는 명령을 포함하되, a) 생체시료에서 분리된 무세포 DNA의 서열정보를 획득하는 단계; b) 상기 서열정보(reads)를 참조집단의 표준 염색체 서열 데이터베이스(reference genome database)에 정렬(alignment)하는 단계; c) 상기 정렬된 서열정보(reads)에 대하여 퀄리티를 확인하여, 기준값(cut-off value) 이상인 서열정보만 선별하는 단계;d) 상기 표준 염색체를 일정 구간(bin)으로 나누고, 상기 선별된 서열정보(reads)에 대하여, 각 구간의 양을 확인하고 정규화하는 단계;e) 참조집단의 정규화된 각 구간(bin)에 매치되는 리드의 평균과 표준편차를 구한 다음, 상기 d) 단계에서 정규화한 값 사이의 Z 점수를 계산하는 단계; f) 상기 Z 점수(Z score)를 이용하여 염색체를 구분하여, I 점수를 계산하는 단계; 및g) 상기 I 점수(I-score)의 기준값(cut-off value)을 초과할 경우, 간암 예후가 나쁜 것으로 판정하는 단계
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제20항에 있어서, 분리된 무세포 DNA의 농도를 측정하여, 무세포 DNA의 농도가 기준값을 초과하면 나쁜 예후인 것으로 판단하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 컴퓨터 판독 가능한 매체
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