다수 종의 단백질들에 대한 상호작용 관계를 이용하여, 특정 목표 단백질에 대한 밝혀지지 않은 상호작용 네트워크 템플릿을 자동으로 생성하는 단백질 상호작용 네트워크 구축을 위한 템플릿 자동 생성 방법에 있어서,

상기 목표 단백질과 유사한 기능의 단백질을 다수 종들에서 검색하는 제 1 단계와;

기존에 밝혀진 상호작용 관계 데이터베이스를 기반으로 상기 제 1 단계에서 검색된 단백질들의 상호작용 네트워크를 생성하는 제 2 단계와;

상기 제 2 단계에서 생성된 상호작용 네트워크들 사이에 존재하는 단백질들 간의 유사 관계를 설정하는 제 3 단계와;

상기 제 3 단계에 의해 유사 관계가 설정된 서로 다른 네트워크들 사이의 단백질 노드들을 통합하여 상기 목표 단백질에 대한 네트워크 템플릿을 생성하는 제 4 단계를 포함하는 단백질 상호작용 네트워크 구축을 위한 템플릿 자동 생성 방법

제 1 항에 있어서,

상기 제 1 단계는,

상기 목표 단백질의 이름과 종 이름이 입력되면, 상기 목표 단백질과 동일한 이름, 상이한 종의 임의 단백질을 검색하는 단계와;

상기 목표 단백질과 상이한 이름, 서열이 일치하는 다른 종의 단백질들을 단백질 DB에서 검색하는 단계와;

상기 검색 결과, 목표 단백질과 유사한 단백질을 선정하는 단계로 이루어지는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 네트워크 구축을 위한 템플릿 자동 생성 방법

제 1 항에 있어서,

상기 제 2 단계는,

상기 제 1 단계에서 검색된 이종(異種)의 유사 단백질들 중 하나의 단백질이 입력되면, 입력되는 단백질에 대한 네트워크를 상호작용 관계 DB로부터 생성하는 단계와;

상기 입력 단백질과 직접 상호작용 관계를 갖는 단백질을 상기 상호작용 관계 DB로부터 추출하는 단계와;

상기 입력 단백질과 상기 상호작용 관계를 갖는 단백질 사이의 상호작용 관계를 점진적으로 연결하여 네트워크를 생성하는 단계와;

상기 상호작용 관계를 갖는 단백질들 중 방문하지 않은 모든 단백질을 큐(queue)에 삽입하고 방문 플래그를 설정하는 단계와;

상기 큐가 빌 때까지 상기 단백질 추출 과정을 반복함으로써, 입력한 단백질에 대한 상호작용 네트워크를 생성하는 단계로 이루어지는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 네트워크 구축을 위한 템플릿 자동 생성 방법

제 1 항에 있어서,

상기 제 4 단계는,

이종간 유사 단백질 노드들 사이에 유사 관계가 설정된 네트워크 정보가 입력되면, 네트워크 템플릿을 초기화하는 단계와;

넓이 우선 탐색을 위해 초기 방문 단백질 노드를 설정하는 단계와;

상기 네트워크에서 상기 단백질 노드와 상호작용 관계를 갖는 모든 단백질 노드를 추출하는 단계와;

상기 추출된 단백질 노드들 중 최초 방문 노드를 큐에 삽입하고, 방문 표시하는 단계와;

현재 단백질 노드가 네트워크 템플릿의 하나의 단백질 노드와 유사 관계를 가지고 있는지를 판단하고, 유사 관계를 가지고 있다고 판단되면 두 개의 단백질 노드를 통합하는 단계와;

현재 단백질 노드가 네트워크 템플릿의 하나의 단백질 노드와 유사 관계를 가지고 있지 않다고 판단되면, 큐가 비어있는지를 판단하고, 큐가 비어있지 않다면 큐가 비어질 때까지 큐의 단백질 노드 하나를 추출하는 단계와;

상기 단계의 판단 결과, 큐가 비어있는 것으로 판단되면, 생성된 네트워크 템플릿을 출력하는 단계로 이루어지는 것을 특징으로 하는 단백질 상호작용 네트워크 구축을 위한 템플릿 자동 생성 방법