a) 표적 핵산의 3'-말단에 있는 일본쇄 영역에 상보적인 암호화 쇄의 3'-말단에 5개 이상의 뉴클레오타이드, 및 하이브리드화된 표적 핵산 분자가 전사되도록 배향된 프로모터 함유 이본쇄 부분을 포함하는 핵산 프로모터 함유 프로브를 고체 지지체상에 고정화시키고;

b) 표적 핵산을 고정화된 핵산 프로브의 일본쇄 부분과 하이브리드화시키고;

c) 프로모터를 인지하는 RNA 폴리머라제를 사용하여 표적 핵산을 전사시켜 염기 특이적으로 종결된 다수의 RNA 전사체를 생성하고;

d) 질량 분광분석법에 의해 염기 특이적으로 종결된 RNA 전사체 각각의 분자량을 측정하고;

e) 염기 특이적으로 종결된 RNA 전사체를 분자량에 따라 정렬하여 핵산의 서열을 결정함을 포함하는, 표적 핵산 분자의 서열을 결정하는 방법

제1항에 있어서, 고정화된 핵산 프로모터 함유 프로브가 이의 상보체를 포함하는 단편을 하이브리화시켜 수득됨으로써 수득된 이본쇄 영역이 프로모터를 포함하는 방법

제1항에 있어서, b) 단계 및 c) 단계 사이에, 핵산 프로브와 표적 핵산의 인접한 쇄의 3' 하이드록실 그룹과 5' 포스페이트 그룹간의 포스포디에스테르 결합이 형성되도록 리가제를 첨가하는 단계를 추가로 포함하는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 프로모터가 아키박테리아, 유박테리아, 박테리오파지, DNA 바이러스, RNA 바이러스, 식물, 식물 바이러스 및 진핵 프로모터로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 폴리머라제가 DNA 의존성 RNA 폴리머라제인 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 폴리머라제가 RNA 의존성 RNA 폴리머라제인 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 폴리머라제가 아키박테리아, 유박테리아, 박테리오파지, DNA 바이러스, RNA 바이러스, 식물 및 진핵 RNA 폴리머라제로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, RNA 폴리머라제가 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli) RNA 폴리머라제, T7 RNA 폴리머라제, SP6 RNA 폴리머라제, T3 RNA 폴리머라제 및 Qβ리플리카제로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산을 고정화시키기 전에, 지지체 표면을 아미노실란과 반응시켜 지지체의 표면을 유도체화시킴으로써 지지체의 표면에 1급 아민을 생성시키는 방법

제9항에 있어서, 아미노실란이 3-아미노프로필트리에톡시실란인 방법

제9항에 있어서, 지지체 표면상의 1급 아민을 티올 반응성 가교결합제와 반응시켜 티올 반응성 고체 지지체를 형성함을 추가로 포함하는 방법

제11항에 있어서, 티올 반응성 가교결합제가 N-석신이미딜(4-요오도아세틸)아미노벤조에이트(SIAB)인 방법

제11항에 있어서, 유리 5'- 또는 3'-티올 그룹을 갖는 핵산 프로브와 티올 반응성 고체 지지체를 반응시켜 티올 그룹과 티올 반응성 고체 지지체 사이에 공유 결합을 형성시킴으로써 핵산 프로브를 고체 지지체에 고정화시키는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산 프로브가 고체 지지체 표면에 20fmol/mm2 내지 250fmol/mm2의 밀도로 공유 결합되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산이 정렬 형태로 고체 지지체의 표면상에 고정화되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 고체 지지체가 실리콘인 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 표면이 고정화된 핵산 분자를 함유하는 다수의 웰을 포함하는 방법

제17항에 있어서, 웰이 조악한 내부 표면을 갖는 방법

제17항에 있어서, 고체 지지체가 조악한 표면을 갖는 방법

제17항에 있어서, 웰의 표면이 에칭되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 질량 분광분석법이 매트릭스 보조된 레이저 탈착/이온화(MALDI) 분석법, 이동시보(Time-of-Flight)(TOF) 분석법, 전기분무(ES) 분석법 및 퓨리어 변환 이온 사이클로트론 공명(ICR) 분석법으로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 3'-데옥시리보뉴클레오타이드의 존재하에 전사가 수행되는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 매트릭스 물질을 지지체의 표면에 첨가하고 질량 분광분석법을 사용하여 합성된 일본쇄 리보핵산의 분자량을 측정하는 단계를 추가로 포함하는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 서열화될 핵산을 고체 지지체에 하이브리드화하여 프로모터부터 전사 개시점까지의 +6 이상의 위치에 상응하는 암호화 쇄에 닉을 형성시키는 방법

제24항에 있어서, 닉이 +7, +8, +9 또는 +19에 위치하는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 변형된 리보뉴클레오사이드 트리포스페이트 유사체의 존재하에 전사가 수행되어 수득된 RNA 분자가 변형되지 않은 리보뉴클레오타이드 트리포스페이트로부터 제조된 RNA 분자와 비교하여 감소된 2차 구조를 갖는 방법

제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, c) 단계에서, 변형된 리보뉴클레오타이드의 존재하에 전사가 수행되어 RNA 폴리머라제 턴오버율이 증가된 방법

제27항에 있어서, 변형된 리보뉴클레오타이드가 4-티오 UTP, 5-브로모 UTP 및 5-요오도 CTP로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

a) 표적 핵산의 3'-말단에 있는 일본쇄 영역에 상보적인 암호화 쇄의 3'-말단에 5개 이상의 뉴클레오타이드, 및 하이브리드화된 표적 핵산 분자가 전사되도록 배향된 프로모터 함유 이본쇄 부분을 포함하는 핵산 프로모터 함유 프로브를 고체 지지체상에 고정화시키고;

b) 표적 핵산 분자를 고정화된 핵산 프로브와 하이브리드화시키고;

c) 프로모터를 인지하는 RNA 폴리머라제를 사용하여 표적 핵산을 전사시켜 서열 종결된 RNA 전사체를 생성하고;

d) 질량 분광분석법에 의해 RNA 전사체의 분자량을 측정하여 관찰된 RNA의 양에 의해 표적 핵산 분자중에 터미네이터 또는 어태뉴에이터 서열의 존재를 확인함을 포함하여, 표적 핵산 분자 중의 전사 터미네이터 또는 어태뉴에이터 서열을 동정하는 방법

제29항에 있어서, 암호화 서열 전에 종결시켜 어테뉴에이터를 동정하는 방법

제29항에 있어서, c) 단계에서, 변형된 리보뉴클레오타이드의 존재하에 전사가 수행되어 RNA 폴리머라제 턴오버율이 증가된 방법

제31항에 있어서, 변형된 리보뉴클레오타이드가 4-티오 UTP, 5-브로모 UTP 및 5-요오도 CTP로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 방법

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