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시스템 기법을 이용한 비브리오속 미생물의 약물 표적 예측

  • 기술번호 : KST2015113052
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 컴퓨터를 이용해 Vibrio 속 미생물의 약물 표적을 예측하는 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 Vibrio 속 미생물의 대사 네트워/크 모델을 구축한 다음, 쵸크포인트 분석(chokepoint analysis), 필수 효소 반응식 분석 (single enzyme deletion), 필수 대사산물 분석 (metabolite essentiality)의 세 가지 시뮬레이션 방법을 각각 대사 모델에 적용하여 약물 표적들을 예측하고, 나아가 상기 쵸크포인트 및 필수 효소 반응식 중 서로 중복되는 효소 반응식 그룹; 및 상기 필수 대사산물(essential metabolite)을 소비하는 효소 반응식(outgoing reaction) 그룹으로 차기 가능성 있는 후보군으로 수를 줄인 다음, 이들을 다양하게 조합하여 네트워크 구조 분석을 수행한 결과를 평가하여 상기 Vibrio 속 미생물을 효율적으로 제어할 수 있는 이상적인 조합을 예측하는 방법에 관한 것이다.비브리오, 병원균, 대사흐름분석, 필수 효소 반응식, 필수 대사산물, 쵸크포인트, 약물 표적, 약물 표적 조합
Int. CL C12Q 1/00 (2006.01) C12Q 1/68 (2006.01) G06F 19/28 (2011.01) C12Q 1/25 (2006.01)
CPC C12Q 1/689(2013.01) C12Q 1/689(2013.01) C12Q 1/689(2013.01) C12Q 1/689(2013.01) C12Q 1/689(2013.01)
출원번호/일자 1020080026926 (2008.03.24)
출원인 한국과학기술원
등록번호/일자 10-1132395-0000 (2012.03.26)
공개번호/일자 10-2009-0101652 (2009.09.29) 문서열기
공고번호/일자 (20120403) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2009.11.24)
심사청구항수 20

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이상엽 대한민국 대전광역시 유성구
2 이준행 대한민국 광주광역시 북구
3 김현욱 대한민국 서울특별시 금천구
4 김태용 대한민국 경기도 용인시 수지구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이처영 대한민국 서울특별시 강남구 언주로 ***, **층 (역삼동, 윤익빌딩)(*T국제특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2008.03.24 수리 (Accepted) 1-1-2008-0211221-56
2 [심사청구]심사청구(우선심사신청)서
[Request for Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination)		 2009.11.24 수리 (Accepted) 1-1-2009-0722624-28
3 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2011.06.24 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2011-0348147-83
4 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2011.08.23 수리 (Accepted) 1-1-2011-0653501-73
5 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2011.09.26 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2011-0749643-10
6 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2011.09.26 수리 (Accepted) 1-1-2011-0749644-66
7 등록결정서
Decision to grant		 2012.03.21 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2012-0164157-14
8 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.02.01 수리 (Accepted) 4-1-2013-5019983-17
9 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157968-69
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157993-01
11 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5158129-58
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.04.24 수리 (Accepted) 4-1-2019-5081392-49
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.05.15 수리 (Accepted) 4-1-2020-5108396-12
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.06.12 수리 (Accepted) 4-1-2020-5131486-63
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번호 청구항
1 1
다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소 또는 그 유전자의 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물을 유일하게 소비하거나 생산하는 효소들인 쵸크포인트를 약물 표적 효소 후보들 (I)로 선정하는 단계;(c) 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 효소 반응식들에 대하여 상기 효소 반응식들을 한 개씩 차단시키면서 선형계획법을 적용하였을 때, 세포 성장이 일어나지 않는 경우의 차단된 효소 반응식을 약물 표적 효소 후보들(II)로 선정하는 단계; (d) 상기 (b)와 (c) 단계에서 얻은 결과인 약물 표적 효소 후보들 (I)과 (II)를 비교하여 중복되는 약물 표적 효소 후보들을 제1차 약물 표적 효소군으로 선정하는 단계;(e) 상기 (d)에서 선정된 제1차 약물 표적 효소군 중에서 인간 단백질과 상동관계가 없고, 동질효소(isozyme)를 갖지 않는 것들을 제2차 약물 표적 효소군으로 선정하고, 상기 제2차 표적 효소들을 코딩하는 유전자들을 제1 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계;(f) 상기 (a) 단계에서 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크 상에서 특정 대사산물들의 소비하는 모든 효소 반응식을 차단시켰을 때, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 필수 대사산물들(I)로 결정하는 단계;(g) 상기 (f)에서 결정된 필수 대사산물들(I) 중 각각의 필수대사산물을 소비하는 모든 효소 반응식이 인간 단백질과 상동관계가 없는 것들로만 이루어지는 경우의 필수 대사산물들을 추가로 선별하고, 상기 추가로 선별된 필수 대사산물들(II)을 소비하는 효소 반응식에 사용되는 효소들을 코딩하는 유전자들을 제2 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계; (h) 상기 (e)단계에서 선정된 제1 약물 표적 유전자군 및 상기 (g)단계에서 선정된 제2 약물 표적 유전자군으로 구성된 군에서 선택된 유전자의 다양한 조합을 만드는 단계; 및 (i) 상기 (h)단계에서 만든 조합들을 이루는 유전자들이 코딩하는 효소가 관여하는 반응식들에 대하여, 대사산물들 간의 반응을 나타내는 선에 해당 반응식의 노드를 추가로 만들어서, 이 반응식 노드들의 거리를 구하여 , 상기 대사 네트워크 상에서의 평균거리를 계산하여 상기 평균 거리가 평균 거리가 다른 조합들의 평균거리와 비교하여 먼 경우들의 조합을 이루는 유전자들을 약물 표적 유전자로 선정하거나, 이에 의해 코딩되는 효소들을 약물 표적 효소로 선정하는 단계
2 2
제1항에 있어서, 상기 (e)단계에서 선정된 제2차 약물 표적 효소군은 인간 단백질과 상동관계가 없고 동질효소(isozyme)를 갖지 않으면서, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 한 개 이상의 효소 반응식에 관여하는 경우의 제1차 약물 표적 효소 후보들 중에서 선정되는 것을 특징으로 하는 방법
3 3
다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소 또는 그 유전자의 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물을 유일하게 소비하거나 생산하는 효소들인 쵸크포인트를 약물 표적 효소 후보들 (I)로 선정하는 단계;(c) 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 효소 반응식들에 대하여 상기 효소 반응식들을 한 개씩 차단시키면서 선형계획법을 적용하였을 때, 세포 성장이 일어나지 않는 경우의 차단된 효소 반응식을 약물 표적 효소 후보들(II)로 선정하는 단계; (d) 상기 (b)와 (c) 단계에서 얻은 결과인 약물 표적 효소 후보들 (I)과 (II)를 비교하여 중복되는 약물 표적 효소 후보들을 제1차 약물 표적 효소군으로 선정하는 단계;(e) 상기 (d)에서 선정된 제1차 약물 표적 효소군 중에서 인간 단백질과 상동관계가 없고, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 한 개 이상의 효소 반응식에 관여하는 것들을 제2차 약물 표적 효소군으로 선정하고, 상기 제2차 표적 효소들을 코딩하는 유전자들을 제1 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계;(f) 상기 (a) 단계에서 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크 상에서 특정 대사산물들의 소비하는 모든 효소 반응식을 차단시켰을 때, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 필수 대사산물들(I)로 결정하는 단계;(g) 상기 (f)에서 결정된 필수 대사산물들(I) 중 각각의 필수대사산물을 소비하는 모든 효소 반응식이 인간 단백질과 상동관계가 없는 것들로만 이루어지는 경우의 필수 대사산물들을 추가로 선별하고, 상기 추가로 선별된 필수 대사산물들(II)을 소비하는 효소 반응식에 사용되는 효소들을 코딩하는 유전자들을 제2 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계; (h) 상기 (e)단계에서 선정된 제1 약물 표적 유전자군 및 상기 (g)단계에서 선정된 제2 약물 표적 유전자군으로 구성된 군에서 선택된 유전자의 다양한 조합을 만드는 단계; 및 (i) 상기 (h)단계에서 만든 조합들을 이루는 유전자들이 코딩하는 효소가 관여하는 반응식들에 대하여, 대사산물들 간의 반응을 나타내는 선에 해당 반응식의 노드를 추가로 만들어서, 이 반응식 노드들의 거리를 구하여 , 상기 대사 네트워크 상에서의 평균거리를 계산하여 상기 평균 거리가 평균 거리가 다른 조합들의 평균거리와 비교하여 먼 경우들의 조합을 이루는 유전자들을 약물 표적 유전자로 선정하거나, 이에 의해 코딩되는 효소들을 약물 표적 효소로 선정하는 단계
4 4
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물은 비브리오 불니피커스 (Vibrio vulnificus)인 것을 특징으로 하는 방법
5 5
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 (a) 단계에서의 대사 네트워크 구축은 VV10014 (dGTP triphosphohydrolase), VV10053 (Histidine ammonia-lyase), VV10060 (Putative beta-ketoacyl-ACP reductase), VV10061 (Putative beta-ketoacyl-ACP synthase), VV10136 (Long-chain-fatty-acid-CoA ligase), VV10143 (Formyltetrahydrofolate hydrolase), VV10145 (Arginyl-tRNA synthetase), VV10154 (Succinyl-CoA synthetase, alpha subunit), VV10155 (Succinyl-CoA synthetase, beta subunit), VV10156 (2-oxoglutarate dehydrogenase complex, E2 component, dihydrolipoamide succinyltransferase), VV10157 (2-oxoglutarate dehydrogenase complex, E1 component), VV10158 (Succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein), VV10159 (Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit), VV10160 (Succinate dehydrogenase, hydrophobic membrane anchor protein), VV10161 (Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit), VV10162 (Citrate synthase), VV10169 (Phosphoglucomutase), VV10176 (Glutaminyl-tRNA synthetase), VV10177 (#N/A), VV10179 (PTS system, N-acetylglucosamine-specific IIBC component), VV10180 (N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase), VV10183 (Asparagine synthase B, glutamine-hydrolyzing), VV10187 (Ferrochelatase), VV10188 (Adenylate kinase), VV10209 (Cysteine synthase A), VV10212 (PTS system, glucose-specific IIA component), VV10236 (Glutamyl-tRNA synthetase), VV10246 (Pseudouridine synthase family 1 protein), VV10248 (5''-nucleotidase precursor), VV10249 (2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase), VV10254 (Glutamyl-tRNA reductase), VV10256 (4-diphosphocytidyl-2-C-methyl-D-erythritol kinase (CMK)), VV10257 (Ribose-phosphate pyrophosphokinase), VV10265 (2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase and related FAD-dependent oxidoreductase), VV10272 (Leucyl-tRNA synthetase), VV10286 (Serine hydroxymethyltransferase), VV10288 (Trehalose-6-phosphate hydrolase), VV10289 (PTS system, trehalose-specific IIBC component), VV10291 (Histidinol phosphatase and related phosphatase), VV10314 (Geranylgeranyl pyrophosphate synthase), VV10315 (1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase), VV10316 (Phosphatidylglycerophosphatase A), VV10317 (Thiamine monophosphate kinase), VV10319 (Riboflavin synthase beta-chain), VV10321 (3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseGTP cyclohydrolase II), VV10322 (Riboflavin synthase alpha chain), VV10323 (Riboflavin-specific deaminase), VV10325 (Gamma-glutamyl phosphate reductase), VV10326 (Glutamate 5-kinase), VV10329 (Xanthine-guanine phosphoribosyltransferase), VV10333 (Aminoacyl-histidine dipeptidase), VV10340 (Phosphoribosylformylglycinamidine (FGAM) synthase), VV10344 (Zn-dependent alcohol dehydrogenase, class III), VV10366 (Putative inorganic polyphosphateATP-NAD kinase), VV10414 (Transcriptional regulator, LysR family), VV10418 (GMP synthase (glutamine-hydrolyzing)), VV10419 (GMP synthase (glutamine-hydrolyzing)), VV10426 (Histidyl-tRNA synthetase), VV10427 (Enzyme involved in the deoxyxylulose pathway of isoprenoid biosynthesis GcpE), VV10430 (Nucleoside diphosphate kinase), VV10449 (Isocitrate lyase), VV10450 (Malate synthase A), VV10465 (Exopolyphosphatase), VV10484 (Pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific), VV10487 (Chorismate mutasepephenate dehydratase), VV10494 (Chorismate mutaseprephenate dehydrogenase), VV10495 (Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, tyr-sensitive), VV10504 (Penicillin tolerance protein LytB), VV10507 (Isoleucyl-tRNA synthetase), VV10508 (FAD synthase), VV10516 (Thymidylate synthase), VV10526 (Lysyl-tRNA synthetase (class II)), VV10543 (Threonine synthase), VV10544 (Homoserine kinase), VV10545 (Aspartokinasehomoserine dehydrogenase, threonine-sensitive), VV10553 (Glutamate synthase, large subunit), VV10554 (Glutamate synthase, small subunit), VV10555 (Glutamate synthase, large subunit), VV10556 (Glutamate synthase, small subunit), VV10558 (Nucleoside phosphorylase), VV10559 (Cobalamin biosynthesis protein CobDCbiB), VV10565 (Carbamoylphosphate synthase large subunit (split gene in MJ)), VV10566 (Carbamoylphosphate synthase small subunit), VV10567 (Dihydrodipicolinate reductase), VV10571 (UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase), VV10577 (UDP-N-acetylmuramate-alanine ligase), VV10578 (UDP-N-acetylglucosamine-N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase), VV10580 (UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase), VV10581 (Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase), VV10582 (UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2, 6-diaminopimelate-D-alanyl-D-alanyl ligase), VV10583 (UDP-N-acetylmuramylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase), VV10591 (Phosphoheptose isomerase), VV10595 (Ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome c1), VV10596 (Ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B), VV10597 (Ubiquinol--cytochrome c reductase, iron-sulfur subunit), VV10610 (MutTnudix family protein), VV10613 (ADP-heptose synthase, bifunctional sugar kinaseadenylyltransferase), VV10623 (Putative undecaprenol kinase (Bacitracin resistance protein)), VV10625 (Dihydroneopterin aldolase FolB), VV10638 (PTS system, mannitol-specific IIABC component), VV10639 (Mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase), VV10641 (Glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase), VV10644 (Pyruvate kinase), VV10647 (Acetolactate synthase, small (regulatory) subunit), VV10648 (Acetolactate synthase III, large subunit), VV10649 (Long-chain acyl-CoA synthetase (AMP-forming)), VV10654 (2-isopropylmalate synthase), VV10655 (3-isopropylmalate dehydrogenase), VV10656 (3-isopropylmalate dehydratase, large subunit), VV10657 (3-isopropylmalate dehydratase, small subunit), VV10662 (Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxA), VV10665 (Bis(5`-nucleosyl)-tetraphosphatase), VV10666 (Dihydrofolate reductase), VV10673 (Malate dehydrogenase), VV10678 (1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase), VV10679 (UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase), VV10688 (Low specificity phosphatase (HAD superfamily)), VV10705 (3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase), VV10707 (Fructose-1,6-bisphosphatase), VV10708 (Inorganic pyrophosphatase), VV10723 (Adenylylsulfate kinase), VV10725 (Sulfate adenylate transferase subunit 1), VV10726 (Sulfate adenylate transferase, subunit 2), VV10727 (Uroporphyrinogen-III methylase), VV10728 (2`,3`-cyclic-nucleotide 2`-phosphodiesterase), VV10774 (Nucleotide sugar dehydrogenase), VV10779 (UDP-N-acetyl-D-mannosaminuronate dehydrogenase), VV10780 (UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase), VV10796 (ADP-L-glycero-D-mannoheptose-6-epimerase), VV10797 (Lipid A biosynthesis (kdo)2-(lauroyl)-lipid IVA acyltransferase), VV10799 (3-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase (KDO transferase)), VV10803 (CMP-N-acetylneuraminic acid synthetase), VV10804 (Putative nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase containing CBS domain), VV10808 (Sialic acid synthase), VV10814 (Putative KDO kinase WavC), VV10815 (Diacylglycerol kinase), VV10819 (Phosphopantetheine adenylyltransferase), VV10828 (DNApantothenate metabolism flavoprotein), VV10830 (Lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase), VV10831 (Orotate phosphoribosyltransferase), VV10850 (Guanylate kinase), VV10852 (Guanosine-3'',5''-bis(diphosphate) 3''-pyrophosphohydrolase SpoT), VV10854 (ATP-dependent DNA helicase RecG), VV10881 (Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)), VV10889 (Glutamine synthetase (glutamate-ammonia ligase)), VV10894 (Oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase), VV10902 (Delta-aminolevulinic acid dehydratase), VV10907 (Putative ubiquinone biosynthesis protein AarF), VV10909 (Ubiquinonemenaquinone biosynthesis methlytransferase UbiE), VV10933 (NAD(P)H-flavin reductase), VV10935 (3-polyprenyl-4-hydroxybenzoate decarboxylase and related decarboxylase), VV10940 (Guanosine-5''-triphosphate,3''-diphosphate pyrophosphatase), VV10963 (Thiamine monophosphate synthase ThiE), VV10964 (Thiamine biosynthesis protein ThiC), VV10978 (Protoporphyrinogen oxidase), VV10981 (Fatty oxidation complex, alpha subunit), VV10982 (Fatty oxidation complex, beta subunit), VV10989 (Glycyl-tRNA synthetase, alpha subunit), VV10990 (Glycyl-tRNA synthetase, beta subunit), VV10992 (Valine-pyruvate aminotransferase), VV11015 (ATP synthase F0, A subunit), VV11016 (ATP synthase F0, C subunit), VV11017 (ATP synthase F0, B subunit), VV11018 (ATP synthase F1, delta subunit), VV11019 (ATP synthase F1, alpha subunit), VV11020 (ATP synthase F1, gamma subunit), VV11021 (ATP synthase F1, beta subunit), VV11022 (ATP synthase F1, epsilon subunit), VV11023 (UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase), VV11028 (Threonine dehydratase), VV11029 (Dihydroxy-acid dehydratase (DAD)), VV11030 (Branched-chain amino acid aminotransferase), VV11031 (Acetolactate synthase II, small (regulatory) subunit), VV11032 (Acetolactate synthase II, large subunit), VV11047 (Methionyl-tRNA formyltransferase), VV11053 (Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, ATPase subunit), VV11054 (Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase, catalytic subunit), VV11056 (Coproporphyrinogen III oxidase, aerobic), VV11057 (Shikimate 5-dehydrogenase), VV11077 (Ketol-acid reductoisomerase IlvC), VV11083 (#N/A), VV11099 (Phosphogluconate dehydratase), VV11100 (Thermoresistant gluconokinase), VV11102 (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase), VV11105 (Glutathione reductase), VV11120 (Uncharacterized enzyme of heme biosynthesis HemX), VV11121 (Uroporphyrinogen-III synthase HemD), VV11122 (Porphobilinogen deaminase), VV11123 (Adenylate cyclase Cya), VV11126 (Diaminopimelate decarboxylase), VV11127 (Diaminopimelate epimerase DapF), VV11141 (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), VV11153 (N6-adenine-specific_methylase), VV11163 (Chorismate-pyruvate lyase), VV11164 (4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase), VV11165 (Glycerol-3-phosphate acyltransferase), VV11168 (Pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase, class I), VV11175 (Glutamate racemase), VV11195 (Phosphatidylserine synthase), VV11197 (UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase), VV11198 (BirA bifunctional protein), VV11199 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(Uncharacterized protein required for cytochrome oxidase assembly), VV20565 (Cytochrome C oxidase, subunit III), VV20566 (Cytochrome C oxidase assembly factor CtaG), VV20567 (Cytochrome C oxidase, subunit I), VV20568 (Cytochrome C oxidase, subunit II), VV20569 (Phosphomannomutase), VV20712 (GMP reductase), VV20721 (Periplasmic nitrate reductase), VV20730 (Putative N-acetylneuraminate lyase), VV20734 (Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase), VV20735 (Putative N-acetylmannosamine kinase), VV20736 (N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase), VV20741 (Acetyl-CoA acetyltransferase), VV20742 (Acetoacetyl-CoA reductase), VV20752 (Autoinducer 2 sensor kinasephosphatase LuxQ), VV20768 (Adenylosuccinate synthase), VV20789 (Cytosine deaminase), VV20833 (3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate (DAHP) synthase), VV20835 (Vulnibactin-specific isochorismate synthase), VV20854 (Tryptophanase), VV20869 (NAD-dependent aldehyde dehydrogenase), VV20878 (Tyrosyl-tRNA synthetase), VV20903 (Alpha-amylase), VV20904 (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase), VV20905 (2-keto-3-deoxygluconate kinase), VV20914 (2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase), VV20966 (Oxygen-insensitive NAD(P)H nitroreductase), VV20996 (Methionine synthase II (cobalamin-independent)), VV21024 (Predicted tagatose 6-phosphate kinase), VV21030 (Diaminopimelate decarboxylase), VV21050 (6-phospho-beta-glucosidase, Family 4 glycosyl hydrolase), VV21062 (Bifunctional PLP-dependent enzyme with beta-cystathionase and maltose regulon repressor activities), VV21064 (D-mannonate dehydratase), VV21069 (Mannonate oxidoreductase), VV21070 (Uronate isomerase), VV21071 (Sugar kinase, ribokinase family), VV21072 (2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase), VV21084 (3-hexulose-6-phosphate synthase SgbH), VV21085 (Putative hexulose-6-phosphate isomerase SgbU), VV21093 (Dehydrogenase with different specificities (related to short-chain alcohol dehydrogenases)), VV21094 (Galactose-1-phosphate uridylyltransferase), VV21095 (UDP-glucose 4-epimerase), VV21118 (Putative proline dehydrogenase), VV21122 (Pyridoxamine-phosphate oxidase), VV21136 (Putative acetyltransferase (isoleucine patch superfamily)), VV21142 (Putative PTS system sucrose-specific IIBC component), VV21180 (GTP cyclohydrolase II), VV21200 (Glucosamine-6-phosphate isomerase), VV21204 (Glutathione synthase), VV21235 (Ornithine decarboxylase, inducible), VV21237 (Putative pyridoxine kinase), VV21250 (Maltodextrin phosphorylase), VV21251 (4-alpha-glucanotransferase), VV21266 (NAD-dependent aldehyde dehydrogenase), VV21287 (Glycosyl hydrolase family 1), VV21318 (Pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific), VV21327 (Beta-galactosidase LacZ), VV21330 (Alpha-galactosidase), VV21348 (Mannose-6-phosphate isomerase), VV21349 (PTS system, fructose-specific IIABC component), VV21352 (PTS system fructose-specific component IIB), VV21353 (PTS system, fructose-specific IIABC component), VV21356 (PTS system, fructose-specific IIBC component), VV21357 (PTS system, fructose-specific IIA component), VV21373 (Uridine phosphorylase), VV21395 (Probable taurine catabolism dioxygenase), VV21412 (Diacylglycerol kinase), VV21426 (3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthase (DHBP synthase)), VV21432 (Putative membrane-associated phospholipid phosphatase), VV21433 (Phosphomethylpyrimidine kinase), VV21457 (Lactate dehydrogenase), VV21473 (Catalase KatE), VV21484 (2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase), VV21485 (L-threonine 3-dehydrogenase), VV21520 (Carbonic anhydrase), VV21540 (Purine-nucleoside phosphorylase), VV21596 (Dihydroorotase), VV21599 (NH(3)-dependent NAD(+) synthetase), VV21615 (Coproporphyrinogen III oxidase), VV21622 (Alpha-amylase), VV21635 (Spermidine synthase), VV21637 (3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase), VV21651 (Hexapeptide-repeat containing-acetyltransferase), VV21663 (4-aminobutyrate aminotransferase), VV21664 (2-aminoethylphosphonate:pyruvate aminotransferase), VV21677 (L-serine deaminase), VV21687 (NAD-dependent aldehyde dehydrogenase), VV21688 (Choline dehydrogenase)으로 구성된 유전자 군에 기반한 것을 특징으로 하는 방법
6 6
제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 (c)단계의 선형계획법의 적용은 세포의 성장에 필요한 모든 영양분 조건을 반영하여 하는 것을 특징으로 하는 방법
7 7
제6항에 있어서, 상기 영양분은 (S)-Lactate, (S)-Malate, 2-Oxoglutarate, 2-Phospho-D-glycerate, 3-Phospho-D-glycerate, Acetate, Adenosine, alpha,alpha-Trehalose, alpha-D-Glucose, Citrate, Cytidine, Cytosine, D-alanine, Deoxyadenosine, Deoxycytidine, Deoxyguanosine, Deoxyuridine, D-Fructose, D-Gluconate, D-Glutamate, D-Mannitol, Fumarate, Glycerol, Glycine, Glycolate, Guanosine, Isocitrate, Isomaltose, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, L-Cysteine, L-Glutamate, L-Glutamine, L-Histidine, L-Homoserine, L-Isoleucine, L-Leucine, L-Lysine, L-Methionine, L-Ornithine, L-Phenylalanine, L-Proline, L-Serine, L-Threonine, L-Tryptophan, L-Tyrosine, L-Valine, Maltose, Melibiose, N-Acetyl-D-glucosamine, NH3, Nitrate, Nitrite, O2, phosphate, Putrescine, sn-Glycerol 3-phosphate, sodium, Spermidine, Succinate, Sucrose, sulfate, Thymidine, Uracil, Urea, Uridine, Xanthine으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
8 8
제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 (h)단계에서 유전자의 조합을 만들 때, 제2 약물 표적 유전자군을 이루는 유전자들 중에서 비필수 반응식(nonessential reaction)에 관여하는 효소들을 코딩하는 유전자는 동일한 조합에 속하도록 구성되는 것을 특징으로 하는 방법
9 9
제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 (h)단계에서 유전자의 조합을 만들 때, 제2 약물 표적 유전자군에서 선택되는 유전자는 동일한 조합에 속하도록 구성되는 것을 특징으로 하는 방법
10 10
제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 쵸크포인트 분석에 의해 선정된 약물 표적 효소 후보들은 VV10053, VV10060, VV10061, VV10136, VV10145, VV10156, VV10157, VV10176, VV10177, VV10179, VV10187, VV10209, VV10236, VV10246, VV10248, VV10249, VV10254, VV10256, VV10265, VV10272, VV10288, VV10289, VV10291, VV10314, VV10315, VV10316, VV10319, VV10321, VV10322, VV10323, VV10325, VV10326, VV10333, VV10340, VV10344, VV10414, VV10426, VV10427, VV10430, VV10450, VV10465, VV10484, VV10487, VV10494, VV10495, VV10504, VV10507, VV10508, VV10526, VV10543, VV10544, VV10545, VV10558, VV10559, VV10565, VV10566, VV10571, VV10577, VV10578, VV10580, VV10581, VV10582, VV10583, VV10591, VV10610, VV10613, VV10623, VV10625, VV10638, VV10639, VV10647, VV10648, VV10649, VV10654, VV10655, VV10656, VV10657, VV10662, VV10665, VV10678, VV10679, VV10688, VV10705, VV10723, VV10725, VV10726, VV10727, VV10728, VV10774, VV10779, VV10796, VV10797, VV10799, VV10803, VV10804, VV10808, VV10814, VV10819, VV10828, VV10830, VV10831, VV10852, VV10854, VV10889, VV10902, VV10907, VV10909, VV10933, VV10935, VV10940, VV10963, VV10964, VV10978, VV10981, VV10982, VV10989, VV10990, VV11023, VV11029, VV11030, VV11031, VV11032, VV11047, VV11053, VV11054, VV11057, VV11077, VV11083, VV11100, VV11102, VV11120, VV11121, VV11122, VV11123, VV11127, VV11141, VV11153, VV11163, VV11164, VV11165, VV11195, VV11197, VV11198, VV11199, VV11200, VV11218, VV11226, VV11227, VV11234, VV11235, VV11236, VV11237, VV11257, VV11270, VV11276, VV11284, VV11291, VV11299, VV11306, VV11307, VV11311, VV11312, VV11313, VV11314, VV11315, VV11342, VV11345, VV11353, VV11364, VV11365, VV11370, VV11371, VV11372, VV11373, VV11374, VV11382, VV11383, VV11386, VV11396, VV11402, VV11403, VV11404, VV11423, VV11424, VV11425, VV11428, VV11461, VV11464, VV11465, VV11474, VV11485, VV11517, VV11530, VV11536, VV11537, VV11539, VV11546, VV11552, VV11568, VV11569, VV11575, VV11576, VV11579, VV11582, VV11583, VV11584, VV11593, VV11594, VV11606, VV11608, VV11621, VV11622, VV11627, VV11630, VV11631, VV11632, VV11637, VV11642, VV11643, VV11644, VV11653, VV11654, VV11664, VV11678, VV11683, VV11691, VV11692, VV11698, VV11716, VV11725, VV11726, VV11727, VV11728, VV11730, VV11766, VV11767, VV11770, VV11772, VV11787, VV11790, VV11799, VV11810, VV11838, VV11846, VV11855, VV11865, VV11866, VV11870, VV11872, VV11873, VV11876, VV11883, VV11896, VV11897, VV11900, VV11912, VV11916, VV11975, VV11976, VV11978, VV11981, VV11986, VV11988, VV11989, VV11992, VV11993, VV11994, VV11997, VV12002, VV12016, VV12022, VV12064, VV12074, VV12075, VV12086, VV12088, VV12116, VV12126, VV12127, VV12131, VV12132, VV12156, VV12173, VV12219, VV12220, VV12227, VV12234, VV12248, VV12254, VV12257, VV12260, VV12265, VV12341, VV12349, VV12355, VV12356, VV12357, VV12370, VV12371, VV12378, VV12379, VV12389, VV12390, VV12391, VV12392, VV12397, VV12448, VV12560, VV12599, VV12614, VV12641, VV12654, VV12682, VV12683, VV12699, VV12702, VV12730, VV12731, VV12732, VV12754, VV12755, VV12765, VV12768, VV12771, VV12772, VV12783, VV12785, VV12786, VV12787, VV12788, VV12797, VV12799, VV12810, VV12813, VV12824, VV12826, VV12843, VV12871, VV12872, VV12890, VV12908, VV12910, VV12913, VV12914, VV12915, VV12916, VV12917, VV12918, VV12919, VV12920, VV12924, VV12928, VV12940, VV12942, VV12943, VV12944, VV12945, VV12946, VV12977, VV12983, VV13005, VV13006, VV13007, VV13009, VV13010, VV13011, VV13016, VV13022, VV13028, VV13040, VV13050, VV13052, VV13060, VV13066, VV13067, VV13068, VV13069, VV13100, VV13111, VV13115, VV13140, VV13153, VV13168, VV13169, VV13170, VV13172, VV13173, VV13174, VV20019, VV20053, VV20065, VV20117, VV20123, VV20186, VV20190, VV20198, VV20200, VV20214, VV20218, VV20237, VV20256, VV20280, VV20330, VV20334, VV20349, VV20367, VV20397, VV20398, VV20407, VV20455, VV20456, VV20468, VV20469, VV20470, VV20471, VV20488, VV20490, VV20491, VV20493, VV20496, VV20497, VV20498, VV20499, VV20500, VV20532, VV20543, VV20552, VV20553, VV20558, VV20569, VV20721, VV20742, VV20752, VV20768, VV20789, VV20833, VV20835, VV20854, VV20869, VV20878, VV20904, VV20914, VV20996, VV21024, VV21050, VV21062, VV21064, VV21069, VV21070, VV21072, VV21084, VV21085, VV21093, VV21095, VV21118, VV21136, VV21142, VV21180, VV21204, VV21237, VV21250, VV21251, VV21287, VV21318, VV21327, VV21330, VV21349, VV21352, VV21353, VV21356, VV21357, VV21373, VV21395, VV21426, VV21432, VV21433, VV21457, VV21473, VV21520, VV21540, VV21596, VV21599, VV21635, VV21651, VV21663, VV21664 및 VV21677로 구성된 군에서 선택되는 유전자에 의해 코딩되는 효소인 것을 특징으로 하는 방법
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제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 선형계획법을 적용하여 선정된 약물 표적 효소 후보들은 VV10060, VV10061, VV10136, VV10256, VV10291, VV10314, VV10315, VV10316, VV10319, VV10321, VV10322, VV10323, VV10366, VV10427, VV10430, VV10495, VV10504, VV10508, VV10558, VV10577, VV10578, VV10580, VV10581, VV10582, VV10583, VV10591, VV10613, VV10623, VV10625, VV10649, VV10662, VV10678, VV10679, VV10796, VV10819, VV10828, VV10850, VV10854, VV10889, VV10909, VV10981, VV10982, VV11057, VV11083, VV11127, VV11165, VV11195, VV11197, VV11200, VV11234, VV11235, VV11236, VV11284, VV11311, VV11312, VV11353, VV11382, VV11383, VV11423, VV11536, VV11539, VV11547, VV11558, VV11568, VV11582, VV11583, VV11608, VV11621, VV11622, VV11627, VV11642, VV11643, VV11790, VV11810, VV11846, VV11865, VV11866, VV11876, VV11896, VV11897, VV11912, VV11916, VV11975, VV11976, VV11981, VV11986, VV11988, VV11993, VV11994, VV12098, VV12126, VV12127, VV12131, VV12132, VV12173, VV12234, VV12265, VV12560, VV12614, VV12654, VV12699, VV12799, VV12810, VV12813, VV12824, VV12983, VV13002, VV13005, VV13006, VV13007, VV13009, VV13010, VV13011, VV13052, VV13168, VV13169, VV13170, VV13172, VV13173, VV20065, VV20214, VV20280, VV20349, VV20488, VV20490, VV20491, VV20498, VV20543, VV20558, VV20752, VV20833, VV20835, VV21180, VV21426, VV21432 및 VV21599로 구성된 군에서 선택되는 유전자에 의해 코딩되는 효소인 것을 특징으로 하는 방법
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제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 (f)단계에서 수득된 필수 대사산물은 1,4-dihydroxy-2-naphthoate, 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate , 2,3-Dihydrodipicolinate, 2-Amino-4-hydroxy-6-(erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-dihydropteridine triphosphate, 2-Amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, 2-Demethylmenaquinone, 2-Oxobutanoate, 2-Oxoglutarate, 3-Dehydroshikimate, 3-Methyl-2-oxobutanoic acid, 4-Aminobenzoate, 5,10-Methylenetetrahydrofolate, 5-Phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate, Acetyl-[acyl-carrier protein], Acetyl-CoA, Acyl-carrier protein, all-trans-Octaprenyl diphosphate, AMP, ATP, beta-Alanine, beta-D-Fructose 6-phosphate, CDP-diacylglycerol, Chorismate, CO2, coenzyme A (CoA), CTP, D-alanine, dATP, dCTP, D-Erythrose 4-phosphate, D-Glucose 1-phosphate, D-Glutamate, D-Glyceraldehyde 3-phosphate, dGTP, Dihydrofolate, Dodecanoyl-[acyl-carrier protein], D-Ribose 5-phosphate, D-Ribulose 5-phosphate, dTMP, dTTP, Flavin adenine dinucleotide (FAD), Flavin mononucleotide (FMN), Fumarate, GDP, Glycerone phosphate, Glycine, Glycogen, GMP, GTP, Hexadecanoyl-[acyl-carrier protein], Hexadecenoyl-[acyl-carrier protein], Isopentenyl diphosphate, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, L-Aspartate 4-semialdehyde, L-Cysteine, L-Glutamate, L-Glutamine, L-Histidine, L-Isoleucine, L-Leucine, L-Lysine, L-Methionine, L-Phenylalanine, L-Proline, L-Serine, L-Threonine, L-Tryptophan, L-Tyrosine, L-Valine, Malonyl-[acyl-carrier protein], menaquinol, menaquinone, meso-2,6-Diaminopimelate, NADH, NADPH, NH3, Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+), Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP+), Nicotinate D-ribonucleotide, Octadecanoyl-[acyl-carrier protein], Octadecenoyl-[acyl-carrier protein], O-Phospho-4-hydroxy-L-threonine, Pentadecanoyl-[acyl-carrier protein], Phosphatidylethanolamine, Phosphatidylglycerol, Phosphatidylserine, Phosphoenolpyruvate, Propanoyl-[acyl-carrier protein], Propanoyl-CoA, Pyridoxine, Pyridoxine 5''-phosphate, Pyruvate, S-Adenosyl-L-methionine, Sedoheptulose 7-phosphate, sn-Glycerol 3-phosphate, Succinyl-CoA, Tetradecanoyl-[acyl-carrier protein], Tetrahydrofolate, Thioredoxin, UDP, UDPglucose, UDP-N-acetyl-D-glucosamine, UMP 및 UTP로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
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제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, (g)단계에서 수득된, 인간 단백질과 상동관계가 없는 필수 대사산물은 2-Amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, D-Glutamate, 2,3-Dihydrodipicolinate, 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate, 4-Aminobenzoate으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
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제1항 내지 제3중 어느 한 항에 있어서, 상기 (d)단계에서 수득된 제1차 약물 표적 효소는 VV10060, VV10061, VV10136, VV10256, VV10291, VV10314, VV10315, VV10316, VV10319, VV10321, VV10322, VV10323, VV10427, VV10430, VV10495, VV10504, VV10508, VV10558, VV10577, VV10578, VV10580, VV10581, VV10582, VV10583, VV10591, VV10613, VV10623, VV10625, VV10649, VV10662, VV10678, VV10679, VV10796, VV10819, VV10828, VV10854, VV10889, VV10981, VV10982, VV11057, VV11083, VV11127, VV11165, VV11195, VV11197, VV11200, VV11234, VV11235, VV11236, VV11284, VV11311, VV11312, VV11382, VV11383, VV11423, VV11536, VV11539, VV11568, VV11582, VV11583, VV11608, VV11621, VV11622, VV11627, VV11642, VV11643, VV11790, VV11810, VV11846, VV11865, VV11866, VV11876, VV11896, VV11897, VV11912, VV11916, VV11975, VV11976, VV11981, VV11986, VV11988, VV11993, VV11994, VV12126, VV12127, VV12131, VV12132, VV12173, VV12234, VV12265, VV12560, VV12614, VV12654, VV12699, VV12799, VV12810, VV12813, VV13005, VV13006, VV13007, VV13009, VV13010, VV13011, VV13052, VV13168, VV13169, VV13170, VV13172, VV13173, VV20065, VV20214, VV20280, VV20349, VV20488, VV20490, VV20491, VV20498, VV20543, VV20558, VV20752, VV20833, VV20835, VV21180, VV21426, VV21432 및 VV21599로 구성된 군에서 선택되는 유전자에 의해 코딩되는 효소인 것을 특징으로 하는 방법
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제2항에 있어서, 상기 (e) 단계에서 수득된 제2차 약물 표적 효소는 VV10323 유전자에 의해 코딩되는 효소인 것을 특징으로 하는 방법
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제2항에 있어서, (h)단계에서 만들어진 조합은 VV10323, VV11644, 및 VV11691(조합 ID: II-1); VV10323, VV11175 및 VV10580(조합 ID: II-2); VV10323 및 VV10567(조합 ID: II-3); VV10323, VV11866 및 VV11568(조합 ID: II-4); VV10323 및 VV11691(조합 ID: II-5); VV11644, VV11691, VV11175 및 VV10580(조합 ID: III-1); VV11644, VV11691 및 VV10567(조합 ID: III-2); VV11644, VV11691, VV11866 및 VV11568(조합 ID: III-3); VV11644, VV11691(조합 ID: III-4); VV11175, VV10580 및 VV10567(조합 ID: III-5); VV11175, VV10580, VV11866 및 VV11568(조합 ID: III-6); VV11175, VV10580 및 VV11691(조합 ID: III-7); VV10567, VV11866 및 VV11568(조합 ID: III-8); VV10567 및 VV11691(조합 ID: III-9); VV11866, VV11568 및 VV11691 (조합 ID: III-10)으로 구성된 군에서 선택되는 유전자 조합인 것을 특징으로 하는 방법
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다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소 또는 그 유전자의 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물을 유일하게 소비하거나 생산하는 효소들인 쵸크포인트를 제1차 약물 표적 효소 후보군으로 선정하는 단계;(c) 상기 (b)단계에서 선정된 제1차 약물 표적 효소 후보군 중에서 인간 단백질과 상동관계가 없고, 동질효소(isozyme)를 갖지 않으며, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 한 개 이상의 효소 반응식에 관여하는 것들을 제2차 약물 표적 효소군으로 선정하고, 상기 2차 약물 표적 효소들을 코딩하는 유전자들을 제1 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계;(d) 상기 (a) 단계에서 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크 상에서 특정 대사산물들을 소비하는 모든 효소 반응식을 차단시켰을 때, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물을 필수 대사산물(I)로 결정하는 단계;(e) 상기 (d)에서 결정된 필수 대사산물들(I) 중 각각의 필수대사산물을 소비하는 모든 효소 반응식이 인간 단백질과 상동관계가 없는 것들로만 이루어지는 경우의 필수 대사산물들을 추가로 선별하고, 상기 선별된 필수 대사산물들(II)을 소비하는 효소 반응식에 사용되는 효소들을 코딩하는 유전자들을 제2 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계; (f) 상기 (c)단계에서 선정된 제1 약물 표적 유전자군 및 상기 (e)단계에서 선정된 제2 약물 표적 유전자군으로 구성된 군에서 선택된 유전자의 다양한 조합을 만드는 단계; 및 (g) 상기 (f)단계에서 만든 조합들을 이루는 유전자들이 코딩하는 효소가 관여하는 반응식들에 대하여, 대사산물들 간의 반응을 나타내는 선에 해당 반응식의 노드를 추가로 만들어서, 이 반응식 노드들의 거리를 구하여 , 상기 대사 네트워크 상에서의 평균거리를 계산하여 상기 평균 거리가 평균 거리가 다른 조합들의 평균거리와 비교하여 먼 경우들의 조합을 이루는 유전자들을 약물 표적 유전자로 선정하거나, 이에 의해 코딩되는 효소들을 약물 표적 효소로 선정하는 단계
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다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소 또는 그 유전자의 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 효소 반응식들에 대하여 상기 효소 반응식들을 한 개씩 결실시키면서 선형계획법을 적용하였을 때, 세포 성장이 일어나지 않는 경우의 결실된 효소 반응식을 제1차 약물 표적 효소 후보로 선정하는 단계; (c) 상기 (b)단계에서 선정된 제1차 약물 표적 효소 후보들 중에서 인간 단백질과 상동관계가 없고, 동질효소(isozyme)를 갖지 않으며, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 구성하고 있는 한 개 이상의 효소 반응식에 관여하는 것들을 제2차 약물 표적 효소군으로 선정하고, 상기 2차 약물 표적 효소들을 코딩하는 유전자들을 제1 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계;(d) 상기 (a) 단계에서 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크 상에서 특정 대사산물들을 소비하는 모든 효소 반응식을 차단시켰을 때, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물을 필수 대사산물(I)로 결정하는 단계;(e) 상기 (d)에서 결정된 필수 대사산물들(I) 중 각각의 필수대사산물을 소비하는 모든 효소 반응식이 인간 단백질과 상동관계가 없는 것들로만 이루어지는 경우의 필수 대사산물들을 추가로 선별하고, 상기 선별된 필수 대사산물들(II)을 소비하는 효소 반응식에 사용되는 효소들을 코딩하는 유전자들을 제2 약물 표적 유전자군으로 선정하는 단계; (f) 상기 (c)단계에서 선정된 제1 약물 표적 유전자군 및 상기 (e)단계에서 선정된 제2 약물 표적 유전자군으로 구성된 군에서 선택된 유전자의 다양한 조합을 만드는 단계; 및 (g) 상기 (f)단계에서 만든 조합들을 이루는 유전자들이 코딩하는 효소가 관여하는 반응식들에 대하여, 대사산물들 간의 반응을 나타내는 선에 해당 반응식의 노드를 추가로 만들어서, 이 반응식 노드들의 거리를 구하여 , 상기 대사 네트워크 상에서의 평균거리를 계산하여 상기 평균 거리가 평균 거리가 다른 조합들의 평균거리와 비교하여 먼 경우들의 조합을 이루는 유전자들을 약물 표적 유전자로 선정하거나, 이에 의해 코딩되는 효소들을 약물 표적 효소로 선정하는 단계
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제18항 또는 제19항에 있어서, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물은 비브리오 불니피커스 (Vibrio vulnificus)인 것을 특징으로 하는 방법
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제2항의 방법에 의하여 수득된, VV10323, VV11644, VV11691, VV11175, VV10580, VV10567, VV11866 및 VV11568으로 구성된 군에서 선택되는 유전자를 표적으로 하는 것을 특징으로 하는 비브리오 속 미생물에 대한 항생제를 제조하는 방법
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패밀리정보가 없습니다
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