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장치가 번역후변형(Post-Translational Modification, PTM)에 영향을 주는 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 데이터베이스를 구축하는 방법으로서,PTM 데이터와 상기 PTM 데이터에 관련된 SNP 데이터를 수집하는 단계, 그리고상기 PTM 데이터와 상기 SNP 데이터가 대응된 PTM-SNP 정보를 생성하는 단계를 포함하는 방법
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제1항에서,상기 PTM-SNP 정보를 생성하는 단계는상기 PTM 데이터에 관계된 PTM 사이트 서열을 추출하는 단계,상기 SNP 데이터에 관계된 SNP 서열을 추출하는 단계, 그리고상기 PTM 사이트 서열과 상기 SNP 서열을 정렬(align)하여 상기 PTM-SNP 데이터를 생성하는 단계를 포함하는 방법
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제2항에서,상기 PTM 사이트 서열을 추출하는 단계는상기 PTM이 발생한 PTM 사이트와 단백질 서열을 매핑하여 상기 PTM 사이트 주변부에 해당하는 서열을 추출하는 방법
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제2항에서,상기 SNP 데이터는 nsSNP(non-synonymous SNP)이고,상기 SNP 서열을 추출하는 단계는상기 nsSNP와 단백질 서열을 매핑하여 상기 nsSNP 사이트 주변부에 해당하는 서열을 추출하는 방법
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제1항에서,상기 PTM-SNP 정보는SNP 식별자, SNP에 관련된 적어도 하나의 단백질 데이터베이스의 식별자, 단백질 서열에서 SNP가 존재하는 위치의 아미노산 종류, PTM 사이트의 서열 위치, PTM 사이트의 아미노산 종류, PTM 사이트로부터 SNP가 존재하는 상대적 위치, PTM 종류, 그리고 PTM-SNP의 종류 중 적어도 하나를 포함하는 방법
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제1항에서,상기 SNP 데이터에 연관된 질병을 찾는 단계, 그리고상기 PTM-SNP 정보에 상기 질병을 추가하는 단계를 더 포함하는 방법
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장치가 번역후변형(Post-Translational Modification, PTM)에 영향을 주는 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 데이터베이스를 구축하는 방법으로서,PTM이 발생한 PTM 사이트와 상기 PTM에 관계된 단백질 서열을 매핑하여 상기 PTM 사이트를 포함하는 일정 길이의 PTM 사이트 서열을 추출하는 단계,nsSNP(non-synonymous SNP)와 상기 nsSNP에 관계된 단백질 서열을 매핑하여 상기 nsSNP를 포함하는 일정 길이의 SNP 서열을 추출하는 단계, 그리고상기 PTM 사이트 서열과 상기 SNP 서열을 매칭하여 상기 PTM 사이트와 상기 nsSNP의 연관 정보를 포함하는 PTM-SNP 정보를 생성하는 단계를 포함하는 방법
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제7항에서,상기 PTM-SNP 정보를 생성하는 단계는상기 PTM 사이트 서열과 상기 SNP 서열을 대응시키고, 대응된 위치의 아미노산들이 가장 잘 매칭되는 정렬 위치를 찾고, 상기 정렬 위치를 기준으로 상기 PTM 사이트와 상기 nsSNP의 연관 정보를 추출하는 방법
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제8항에서,상기 PTM-SNP 정보를 생성하는 단계는상기 PTM 사이트 서열과 상기 SNP 서열 중 어느 하나를 이동시키면서 상기 정렬 위치를 찾는 방법
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제7항에서,상기 PTM-SNP 정보는SNP 식별자, SNP에 관련된 적어도 하나의 단백질 데이터베이스의 식별자, 단백질 서열에서 SNP가 존재하는 위치의 아미노산 종류, PTM 사이트의 서열 위치, PTM 사이트의 아미노산 종류, PTM 사이트로부터 SNP가 존재하는 상대적 위치, PTM 종류, 그리고 PTM-SNP의 종류 중 적어도 하나를 포함하는 방법
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번역후변형(Post-Translational Modification, PTM)에 영향을 주는 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism, SNP) 데이터베이스를 구축하는 장치로서,PTM 데이터와 SNP 데이터를 수집하는 데이터 수집부, 상기 PTM 데이터와 상기 SNP 데이터가 대응된 PTM-SNP 정보를 생성하는 PTM-SNP 생성부, 그리고상기 SNP 데이터에 연관된 질병을 찾고, 상기 PTM-SNP 정보에 상기 질병을 추가하여 질병 연관 PTM-SNP 정보를 생성하는 질병 연관 PTM-SNP 생성부를 포함하는 장치
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제11항에서,상기 PTM-SNP 정보 그리고 상기 질병 연관 PTM-SNP 정보 중 적어도 하나를 저장하는 데이터베이스 저장부, 그리고상기 데이터베이스 저장부에 저장된 정보를 사용자에게 제공하는 사용자 인터페이스부를 더 포함하는 장치
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제12항에서,상기 데이터베이스 저장부는 SNP 식별자, SNP에 관련된 적어도 하나의 단백질 데이터베이스의 식별자, 단백질 서열에서 SNP가 존재하는 위치의 아미노산 종류, PTM 사이트의 서열 위치, PTM 사이트의 아미노산 종류, PTM 사이트로부터 SNP가 존재하는 상대적 위치, PTM 종류, PTM-SNP의 종류, SNP에 연관이 있는 질병, 그리고 SNP의 질병 연관도 중 적어도 하나를 포함하는 장치
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제11항에서,상기 데이터 수집부는수집한 PTM 데이터와 SNP 데이터를 기초로 PTM 사이트를 포함하는 일정 길이의 PTM 사이트 서열과 nsSNP 사이트를 포함하는 일정 길이의 SNP 서열을 추출하는 장치
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제14항에서,상기 PTM-SNP 생성부는 상기 PTM 사이트 서열과 상기 SNP 서열을 대응시키고, 대응된 위치의 아미노산들이 가장 잘 매칭되는 정렬 위치를 찾고, 상기 정렬 위치를 기준으로 상기 PTM 데이터와 상기 SNP 데이터를 연관시켜 상기 PTM-SNP 정보를 생성하는 장치
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