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두 개의 소규모 전장유전체 정보로부터 종내 변이 구별을 위해 다형성이 있는 SSR 마커를 선발하는 방법

  • 기술번호 : KST2019012886
  • 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
  • 전화번호 : 02-2155-3662
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 두 개의 소규모 전장유전체 정보로부터 종내 변이 구별을 위해 다형성이 있는 SSR 마커를 선발하는 방법 및 상기 방법에 의해 선발된 다형성이 있는 SSR 마커에 관한 것으로, 본 방법은 소규모 전장유전체(whole genome sequence, WGS) 데이터를 이용하기 때문에 경제적이며, 아직 분자생물학적 연구가 미비한 비(非) 모델 식물이나 특용 작물에서도 충분히 적용이 가능하기 때문에 범용적이다. 따라서, 본 발명을 통해 얻은 특정 SSR 마커를 이용한 관련 분야 연구에 유용하게 이용될 수 있다.
Int. CL G16B 30/00 (2019.01.01) C12Q 1/68 (2018.01.01)
CPC G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01) G16B 30/00(2013.01)
출원번호/일자 1020170126741 (2017.09.29)
출원인 서울대학교산학협력단
등록번호/일자 10-1964146-0000 (2019.03.26)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20190401) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2017.09.29)
심사청구항수 7

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 서울대학교산학협력단 대한민국 서울특별시 관악구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 양태진 경기도 안양시 동안구
2 이준기 서울특별시 마포구
3 강신재 서울특별시 광진구
4 박지영 인천광역시 연수구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 최규환 대한민국 대전광역시 서구 한밭대로 ***, **층 그린국제특허법률사무소 (둔산동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 서울대학교산학협력단 서울특별시 관악구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2017.09.29 수리 (Accepted) 1-1-2017-0956509-28
2 등록결정서
Decision to grant		 2019.03.21 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2019-0210569-87
3 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.13 수리 (Accepted) 4-1-2019-5093546-10
4 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.05.23 수리 (Accepted) 4-1-2019-5101798-31
5 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.08.02 수리 (Accepted) 4-1-2019-5154561-59
6 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.11.25 수리 (Accepted) 4-1-2020-5265458-48
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
(a) 분석 대상 식물종에서 두 개의 다른 식물 계통에 대해 전장유전체(Whole genome sequence: WGS)를 시퀀싱하고, 이 중 한개를 표준계통(reference)으로 정하고, 다른 하나를 비교계통(alternative)으로 정하는 단계;(b) 상기 (a) 단계에서 정한 표준계통과 비교계통의 전장유전체의 염기서열의 퀄리티가 균일하도록 각각 조절하는 단계;(c) 상기 (b) 단계의 조절된 표준계통의 염기서열의 PE(Paired-end) 서열들을 대상으로 연결(joining)하여 한 개의 긴 컨티그를 제조하는 단계;(d) 상기 (c) 단계의 한개의 긴 컨티그로부터 SSR 모티프를 검색하여 추출하는 단계;(e) 유전체 내의 다량으로 존재하는 반복서열들을 1차 제거하기 위해 상기 (d) 단계의 추출 산물을 대상으로 시퀀스 클러스터링하여 표준계통의 싱글 클러스터 컨티그를 얻는 단계;(f) 유전체 내의 반복서열들의 2차 제거를 위해 상기 (b) 단계의 조절된 비교계통의 전장유전체 염기서열을 상기 (e) 단계의 표준계통의 클러스터 컨티그에 매핑하여 비교계통의 전장유전체 염기서열이 매핑되는 컨티그 서열들만 선택하는 단계;(g) 상기 (f) 단계에서 선택한 컨티그 서열들 중 표준계통과 비교계통 간에 SSR의 반복수(copy number variation)에서 차이를 보이는 후보 컨티그들을 추출하는 단계; 및(h) 상기 (g) 단계의 후보 컨티그를 PCR을 이용하여 다형성 SSR 마커임을 확인하는 단계를 포함하는 개체간 변이 구별을 위한 다형성 SSR(polymorphic SSR) 마커를 선발하는 방법
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제1항에 있어서, 상기 (b) 단계의 전장유전체의 염기서열의 퀄리티는 Trimmomatic(http://www
3 3
제1항에 있어서, 상기 (c) 단계의 긴 컨티그는 clc_overlap_reads(CLC Inc, Aarhus, Denmark), PEAR(http://sco
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제1항에 있어서, 상기 (d) 단계의 SSR 모티프는 MISA(http://pgrc
5 5
제1항에 있어서, 상기 (e) 단계의 시퀀스 클러스터링은 Blastclust(https://www
6 6
제1항 내지 제5항 중 어느 한 항의 방법에 의해 제조된 개체간 변이 구별을 위한 다형성 SSR(polymorphic SSR) 마커
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제1항 내지 제5항 중 어느 한 항의 방법을 수행하기 위한 컴퓨터로 판독 가능한 프로그램을 기록한 기록매체
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
순번, 연구부처, 주관기관, 연구사업, 연구과제의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 국가R&D 연구정보 정보 표입니다.
순번 연구부처 주관기관 연구사업 연구과제
1 농촌진흥청 서울대학교 차세대바이오그린21사업 인삼 유전체 완성 및 비교 유전체 연구