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시간 및 외부자극 조건에 따른 단백질의 세포 내 위치 정보를 포함한 동적 기능을 예측하기 위한 방법

  • 기술번호 : KST2014060031
  • 담당센터 : 경기기술혁신센터
  • 전화번호 : 031-8006-1570
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 개별 단백질 또는 유전자의 정적 특성, 이웃 단백질과의 단백질 상호작용 정보, 단백질 또는 유전자의 발현 프로파일 등을 입력함으로써 소정의 시간 및 외부자극 조건에서 대상 단백질의 세포 내 위치 정보를 포함한 동적인 기능 정보를 예측할 수 있는 방법을 제공한다. 본 발명에 의한 방법을 이용함으로써 기존에 공지된 대상 단백질과 소정의 시간 및 외부자극 조건을 입력함으로써 특정 시간 및 외부자극 조건에서 대상 단백질의 세포 내 위치 정보를 포함한 동적인 기능 정보를 효과적으로 예측할 수 있다.
Int. CL G06F 19/16 (2011.01) G06F 19/26 (2011.01)
CPC
출원번호/일자 1020110001977 (2011.01.07)
출원인 아주대학교산학협력단
등록번호/일자 10-1255437-0000 (2013.04.10)
공개번호/일자 10-2012-0080483 (2012.07.17) 문서열기
공고번호/일자 (20130417) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2011.01.07)
심사청구항수 13

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 아주대학교산학협력단 대한민국 경기도 수원시 영통구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이기영 대한민국 경상북도 경산시 경산로**길 *

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 손민 대한민국 서울특별시 송파구 법원로 ***, *층(문정동)(특허법인한얼)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 아주대학교산학협력단 경기도 수원시 영통구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2011.01.07 수리 (Accepted) 1-1-2011-0015321-64
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2012.05.14 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2012.06.25 수리 (Accepted) 9-1-2012-0050877-80
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2012.07.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2012-0437907-76
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2012.10.02 수리 (Accepted) 1-1-2012-0801381-08
6 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2012.10.31 수리 (Accepted) 1-1-2012-0895573-93
7 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2012.10.31 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2012-0895574-38
8 등록결정서
Decision to grant		 2013.03.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0211194-19
9 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.01.02 수리 (Accepted) 4-1-2014-5000672-13
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
(a) 대상 단백질의 정적 특성(static characteristics)이 입력되어 정적 피쳐(static feature)가 생성되는 단계;(b) 정적 단백질 상호작용(static protein-protein interaction) 정보가 입력되어 정적 네트워크(static network)가 생성되는 단계; (c) 상기 대상 단백질의 이웃 단백질(neighborhood protein)의 정적 특성이 상기 정적 네트워크에 인가되어 네트워크 피쳐(network feature)가 생성되는 단계; (d) 상기 정적 피쳐 및 상기 네트워크 피쳐를 이용하여 위치-피쳐 모델(location-feature model)이 생성되는 단계; (e) 소정의 외부자극 조건(stressful condition)에서의 시간별 발현 프로파일(expression profile)을 이용하여 밀착성 점수(coherence score)가 연산되는 단계; (f) 상기 밀착성 점수가 상기 정적 네트워크에 가중치(weight)로서 부여되어 동적 네트워크(dynamic network)가 생성되는 단계; (g) 상기 동적 네트워크에 상기 대상 단백질의 정적 특성 및 위치 정보가 인가되어 상기 소정의 외부자극 조건에서의 단백질 피쳐(protein feature)가 생성되는 단계; 및(h) 상기 단백질 피쳐와 상기 위치-피쳐 모델을 이용하여 소정의 시간 및 상기 소정의 외부자극 조건에서의 상기 대상 단백질의 위치가 결정되는 단계를 포함하며,상기 발현 프로파일은 마이크로어레이(microarray)의 타임-시리즈(time-series)로 표현되는 결과값인 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
2 2
제 1 항에 있어서, (i) 다수의 시간 및 외부자극 조건에서 상기 (a) 내지 (h)단계를 반복하여 시간 및 외부자극 조건의 변동에 따라 세포 내 위치가 변동되는 단백질(translocational protein)을 결정하는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
3 3
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 (e)단계는, 상기 밀착성 점수에 의해 주요 이웃 단백질을 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
4 4
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 (h)단계는, 상기 대상 단백질의 위치는, 소정의 위치에 존재할 가능성 수준(possibility degree)으로서 출력되는 단계를 더 포함하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
5 5
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 밀착성 점수는 상기 대상 단백질과 상기 이웃 단백질 사이의 발현 프로파일 패턴의 유사성 및 발현 수준(expression level)의 유사성 중 어느 하나 이상에 의해 연산되는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
6 6
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 밀착성 점수는 상기 대상 단백질의 유전자와 상기 이웃 단백질의 유전자 사이의 발현 프로파일 패턴의 유사성 및 발현 수준의 유사성 중 어느 하나 이상에 의해 연산되는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
7 7
제 4 항에 있어서, 상기 밀착성 점수는 하기의 수식에 의해 연산되며, a는 상기 대상 단백질, b는 상기 이웃 단백질, Φ(a, b)는 a, b의 밀착성 점수, ρ(a, b)는 a, b의 발현 수준의 피어슨 상관 계수(Pearson correlation coefficient), med(a)는 a의 발현 수준의 중앙값(median), med(b)는 b의 발현 수준의 중앙값(median), MEDIAN은 a, b를 위해 사용된 유전자(gene)의 발현 수준의 중앙값(median), Ψ(x)는 x의 유의확률(p-value)인 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
8 8
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 (a)단계에서, 상기 정적 특성은 단일 단백질의 염기서열 정보(sequence information), 화학 정보(chemistry information), 모티프 정보(motif information) 및 기능 정보(function information)로 이루어진 그룹으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 정보를 포함하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
9 9
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,상기 (b)단계에서, 상기 정적 단백질 상호작용 정보는 단백질 수준 또는 유전자 수준에서의 관련된 상호작용 정보를 포함하는 것을 특징으로 하는,시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
10 10
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서, 상기 (c)단계에서, 상기 대상 단백질의 상기 이웃 단백질은 상기 정적 특성 및 상기 정적 단백질 상호작용 정보에 의해 결정되는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
11 11
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서, 상기 (d)단계는, DCkNN 분류기(Divide-and-Conquer k Nearest Neighbor method classifier)를 이용하여 상기 정적 피쳐 및 상기 네트워크 피쳐 중에서 상기 위치-피쳐 모델을 위한 피쳐가 선택되는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
12 12
제 1 항 또는 제 2 항에 있어서, 상기 외부자극 조건은, DTT(dithiothrietol) 조건 또는 MMS(methyl methanesulfonate) 조건 중 어느 하나 이상인 것을 특징으로 하는,시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
13 13
제 1 항 또는 제 2 항에 따른 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법에 의하여 예측된 상기 대상 단백질의 위치에 따라,상기 대상 단백질의 생물학적 작용(biological process) 또는 분자 기능(molecular function) 중 어느 하나 이상을 예측하는 것을 특징으로 하는, 시간 및 외부자극 조건별 단백질의 세포 내 위치를 예측하기 위한 방법
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2 KR101310419 KR 대한민국 FAMILY
3 WO2012093869 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY
4 WO2012093869 WO 세계지적재산권기구(WIPO) FAMILY

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1 교육과학기술부 아주대학교 산합혁력단 기초연구사업→일반연구자지원사업→기본연구 유형1 → 기초, 비실용화 생체지표 발굴을 위한 네트워크 기반 대용량 생물학 데이터 처리 기법 연구
2 교육과학기술부 서울대학교 산학협력단 기초연구사업 → 선도연구센터육성사업(학제간융합분야)→시스템 바이오정보의학 연구센터 Phenomic Self : 생체기능 보존과 향상을 위한 다중 모달리티 분석기술 및 처치기술 개발 연구