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그리드 컴퓨팅 환경에서의 유전체 서열 정렬 방법 및프로그램 저장 매체

  • 기술번호 : KST2015213118
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 기존의 서열 정렬 프로그램들을 이용하여 그리드 컴퓨팅 환경에서 유전체 서열을 효율적으로 정렬하는 방법에 관한 것으로, 본 발명에 의한 방법은 정렬하고자 하는 유전체 서열이 클 경우 일정한 중복구간을 두어 자르고, 그렇게 잘려진 조각들에서 반복되는 서열들을 표기하는 전처리 단계(a); 상기 단계 (a)의 과정을 거친 유전체 서열 조각들을 상기 그리드 컴퓨팅 환경의 각 컴퓨터들에 분배시킨 후 서열 정렬 프로그램을 이용하여 정렬시키는 단계(b); 상기 단계 (b)에서 나온 정렬 결과들을 서로 합치고 통계적으로 의미가 있는 정렬 정보들만을 뽑아내는 후처리 단계(c)를 포함한다.유전체, 서열, 정렬, 그리드, 컴퓨팅, 유전자
Int. CL G06F 19/16 (2011.01) G06F 19/18 (2011.01) G06F 19/20 (2011.01)
CPC G06F 19/28(2013.01) G06F 19/28(2013.01)
출원번호/일자 1020060119714 (2006.11.30)
출원인 한국정보통신대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-0681795-0000 (2007.02.06)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20070212) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.11.30)
심사청구항수 6

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국정보통신대학교 산학협력단 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이관수 대한민국 대전 유성구
2 김민성 대한민국 서울 관악구
3 선충현 대한민국 대전 유성구
4 김진기 대한민국 전북 익산시
5 김수영 대한민국 대구 남구

대리인

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번호 이름 국적 주소
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최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대전 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 우선심사신청서
Request for Accelerated Examination		 2006.11.30 수리 (Accepted) 1-1-2006-0890161-27
2 특허출원서
Patent Application		 2006.11.30 수리 (Accepted) 1-1-2006-0889505-16
3 서지사항보정서
Amendment to Bibliographic items		 2006.12.22 수리 (Accepted) 1-1-2006-0952624-08
4 등록결정서
Decision to grant		 2007.01.31 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0061465-61
5 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2007.03.21 수리 (Accepted) 4-1-2007-5043304-47
6 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2007.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2007-5193163-24
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
그리드 컴퓨팅 환경에서 제1 유전체 서열과 제2 유전체 서열을 정렬하는 유전체 서열 정렬 방법에 있어서,(a) 상기 제1, 2 유전체 서열을 일정한 중복구간을 두어 자르고 그렇게 잘려진 조각들에서 반복되는 서열들을 표기하는 전처리 단계;(b) 상기 제1, 2 유전체 서열 조각들을 상기 그리드 컴퓨팅 환경의 각각의 컴퓨터에 분배시킨 후 서열 정렬 프로그램을 이용하여 정렬하는 단계; 및(c) 상기 (b) 단계를 거쳐 생성된 정렬 결과들을 서로 합치고 통계적으로 의미 있는 정렬 정보들만을 뽑아내는 후처리 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 유전체 서열 정렬 방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 단계 (a)는,(a1) 상기 제1, 2 유전체 서열 크기와 이들 서열을 정렬하는 알고리즘의 계산 량을 고려하여 중복구간을 가진 일정한 크기의 조각으로 자르는 단계;(a2) 상기 (a1) 단계를 거쳐 생성된 유전체 서열 조각들에서 반복되는 서열들을 표기하는 단계; 및(a3) 상기 (b) 단계의 서열 정렬 작업이 그리드 컴퓨팅 환경의 각 컴퓨터에 적절히 분배되도록 상기 제 1 유전체 서열 조각들을 여러 개의 파일로, 상기 제 2 유전체 서열 조각들을 하나의 파일로 만드는 단계로 구성된 과정을 포함하는 그리드 컴퓨팅 환경에서의 유전체 정렬 방법
3 3
제 2항에 있어서, 상기 단계 (b)는, (b1) 유전체 서열 정렬 프로그램이 요구하는 입력 양식에 따라 유전체 서열 조각들을 포함하는 파일의 양식을 바꿔주는 단계;(b2) 상기 (a3)에서 만들어진 상기 제 1 유전체 파일들 중의 하나씩과 상기 제 2 유전체 파일을 그리드 환경의 각 컴퓨터에 분배하는 단계; 및(b3) 상기 서열 정렬 프로그램을 이용하여 상기 그리드 컴퓨팅 환경의 각 컴퓨터에서 상기 제 1 유전체 파일과 상기 제 2 유전체 파일의 유전체 조각들을 정렬하는 단계로 구성된 과정을 포함하는 그리드 컴퓨팅 환경에서의 유전체 서열 정렬 방법
4 4
제 3항에 있어서, 상기 단계 (c)는,(c1) 상기 (b) 단계를 거쳐 생성된 유전체 서열 정렬 결과에서 정렬 정보들을 뽑아내는 단계;(c2) 상기 제 1유전체 서열과 상기 제 2 유전체 서열 중 하나의 위치에 따라 정렬 정보들을 순서화 시키는 단계;(c3) 유전체 서열의 조각화로 인해 중복 구간에 존재하는 여러 가지 패턴의 조각난 정렬 정보들 중 설정한 중복 구간보다 큰 정렬 정보, 즉 한쪽 끝은 중복된 구간을 벗어나고 다른 한쪽 끝은 조각화로 인해서 잘려진 패턴으로 존재하는 정렬 정보를 찾아내는 단계;(c4) 상기 단계에서 찾은 정렬 정보를 가지는 유전체 서열 조각과 인접한 유전체 서열 조각에서 잘려진 정렬 정보를 찾아 합쳐진 정렬 정보를 생성하고 상기 서열 정렬 프로그램에서 사용한 정렬 점수 계산 방식을 사용하여 상기 합쳐진 정렬 정보의 정렬 점수를 재계산하는 단계;(c5) 상기 표기된 반복 서열들과 일정부분 이상 겹치는 정렬 정보들을 제거하는 단계;(c6) 상기 제 1, 2 유전체 서열 중 하나의 서열 일부분이 또 다른 서열의 여러 곳과 정렬이 된 것으로 나타나는 정렬 정보들을 설정한 기준 유사치를 바탕으로 정렬 정보의 유사치가 기준 유사치보다 높은 정렬 정보들은 추출하여 독립된 파일로 저장하고, 낮은 정렬 정보들은 상기 서열 정렬 프로그램에서 계산된 정렬 점수를 기반으로 가장 높은 정렬 정보들만을 선택하는 단계;(c7) 상기 제 1, 2 유전체 서열에서 같은 방향으로 동시에 서로 겹치거나 한계치 이내에 인접해 있는 정렬 정보들을 서로 합쳐 더 큰 정렬 정보로 생성하고 상기 서열 정렬 프로그램에서 사용한 정렬 점수 계산 방식을 사용하여 상기 합쳐진 정렬 정보의 정렬 점수를 재계산하는 단계; 및(c8) 서로 간에 겹치는 정렬 정보들 중에서 통계적으로 의미가 있을 것으로 예상되는 정렬 정보들을 상기 서열 정렬 프로그램에서 계산된 정렬 점수 혹은 정렬 정보의 서열 길이(v) 와 정렬 점수(u)로 계산되는 점수(ω)를 기반으로 선택하는 단계로 구성된 과정을 포함하는 그리드 컴퓨팅 환경에서의 유전체 정렬 방법
5 5
제 1항에 있어서, 상기 그리드 컴퓨팅 환경은 PC 클러스터 기반의 시스템 혹은 그리드 시스템인 것을 특징으로 하는 유전체 서열 정렬 방법
6 6
제 1항 내지 제 5항 중 하나의 항에 있는 방법을 실행하기 위한 프로그램이 저장된 프로그램 저장 매체
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
국가 R&D 정보가 없습니다.