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마이크로어레이 데이터의 클래스 판별 유전자 셋 탐색 방법및 저장 매체

  • 기술번호 : KST2015213115
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 마이크로어레이 데이터 셋으로부터 표본 클래스 판별 (질병 진단)을 위한 판별 유전자 셋을 탐색하는 방법에 관한 것으로서, 본 발명에 의한 방법은 마이크로어레이 데이터 셋의 발현량 수치 데이터를 이산화하는 단계(a); 상기 단계 (a)에서 이산화된 데이터를 이용하여 유전자-클래스 연관성을 바탕으로 유전자를 여과하는 단계(b); 상기 단계 (b)에서 여과된 유전자 중 유전자-클래스 연관성을 고려하여 판별 유전자 셋을 초기화하는 단계(c); 상기 단계 (b)에서 계산된 유전자-클래스 연관성과 유전자 간 중복성을 동시에 표현한 수치를 고려하여 상기 단계 (c)에서 초기화된 판별 유전자 셋에 유전자를 전진 선택하여 추가하는 단계(d); 상기 단계 (c)와 상기 단계 (d)에서 형성된 판별 유전자 셋의 표본 클래스 판별 오차를 평가하는 단계(e)를 포함한다.마이크로어레이, 유전자, 선택, 판별, 진단, 질병, 소표본, 이산화, 피셔, 정확검정
Int. CL G01N 33/50 (2006.01) G01N 33/48 (2006.01) G01N 33/53 (2006.01)
CPC G01N 33/48(2013.01) G01N 33/48(2013.01) G01N 33/48(2013.01)
출원번호/일자 1020060111419 (2006.11.13)
출원인 한국정보통신대학교 산학협력단
등록번호/일자 10-0734430-0000 (2007.06.26)
공개번호/일자
공고번호/일자 (20070702) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 등록
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.11.13)
심사청구항수 7

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국정보통신대학교 산학협력단 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이관수 대한민국 대전 유성구
2 황태호 대한민국 서울 노원구

대리인

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번호 이름 국적 주소
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최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2006.11.13 수리 (Accepted) 1-1-2006-5090068-75
2 우선심사신청서
Request for Accelerated Examination		 2006.11.13 수리 (Accepted) 1-1-2006-5090072-58
3 우선심사신청관련 서류(견본,물건)제출서
Submission of Document (Specimen, Object) Related to Request for Accelerated Examination		 2006.12.27 수리 (Accepted) 1-1-2006-5102737-38
4 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2007.01.09 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
5 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2007.02.09 수리 (Accepted) 9-1-2007-0007097-13
6 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2007.02.23 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0106260-08
7 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2007.03.21 수리 (Accepted) 4-1-2007-5043304-47
8 명세서등보정서
Amendment to Description, etc.		 2007.04.20 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2007-5034637-87
9 의견서
Written Opinion		 2007.04.20 수리 (Accepted) 1-1-2007-5034636-31
10 서지사항보정서(납부자번호)
Amendment to Bibliographic items(Payer Number)		 2007.04.30 수리 (Accepted) 1-1-2007-0323046-76
11 보정요구서
Request for Amendment		 2007.04.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 1-5-2007-0055271-61
12 등록결정서
Decision to grant		 2007.06.18 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0331615-24
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2007.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2007-5193163-24
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
마이크로어레이 데이터 셋에서 표본 클래스 판별을 위한 판별 유전자 셋 탐색 방법에 있어서,(a) 마이크로어레이 데이터 셋의 발현량 수치 데이터를 이산화하여 이산화된 유전자 발현 프로파일을 생성하는 단계;(b) 상기 이산화된 유전자 발현 프로파일을 피셔의 정확 검정을 통해 계산한 각 유전자의 유전자-클래스 연관성 값이 사용자가 임의로 지정한 유의 확률 값보다 같거나 작은 유전자만 남기고 그렇지 않은 유전자는 모두 제거하는 유전자 여과 단계;(c) 상기 여과된 유전자 중, 상기 계산된 각 유전자의 유전자-클래스 연관성 값이 가장 작은 유전자를 최초 선택하여 판별 유전자 셋을 초기화하는 단계;(d) 상기 계산된 각 유전자의 유전자-클래스 연관성 값을 분자에, 피셔의 정확 검정을 통해 계산한 상기 여과된 유전자 간 발현 패턴의 중복성 값을 분모에 통합하여 표현한 값이 가장 작은 유전자를 선택하여 상기 초기화된 판별 유전자 셋에 유전자를 추가하는 단계; 및(e) 상기 (d) 단계에서 형성된 판별 유전자 셋의 표본 분류 오차를 평가하여 판별 유전자 셋의 유전자 추가 선택 여부를 결정하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 판별 유전자 셋 탐색 방법
2 2
제 1항에 있어서, 상기 단계 (a)는 유전자 선택의 사전 작업으로 원본 마이크로어레이 유전자 발현 프로파일을 이산화하는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 분석을 통한 판별 유전자 셋 탐색 방법
3 3
제 1항에 있어서, 상기 단계 (b)는,(b1) 상기 이산화된 유전자 발현 프로파일을 하기한 표 3과 수학식 4를 이용한 피셔의 정확 검정으로 각 유전자의 유전자-클래스 연관성(Fgc)을 계산하는 단계; 및[표 3][수학식 4](b2) 상기 계산된 각 유전자의 Fgc가 사용자가 임의로 설정한 유의확률보다 같거나 작은 유전자만 남기고 그렇지 않은 유전자를 모두 제거하는 여과 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 분석을 통한 판별 유전자 셋 탐색 방법
4 4
제 3항에 있어서, 상기 단계 (c)는,(c1) 상기 여과된 유전자 중, 상기 계산된 각 유전자의 유전자-클래스 연관성(Fgc)이 가장 작은 유전자를 최초로 선택하는 단계; 및(c2) 상기 선택된 유전자가 단수일 경우, 하나의 판별 유전자 셋에 해당 유전자를 최초로 선택하여 추가하고, 복수일 경우, 각각의 해당 유전자들을 서로 다른 판별 유전자 셋들에 최초로 선택 추가하는 단계를 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 분석을 통한 판별 유전자 셋 탐색 방법
5 5
제 1항에 있어서, 상기 단계(d)는,(d1) 상기 여과된 유전자 간 발현 패턴의 중복성 값 (Fgg)을 하기한 표 3과 수학식 5에 의해 피셔의 정확 검정으로 계산하여 저장하는 단계;[표 4][수학식 5](d2) 상기 여과된 유전자에 대하여, 각각의 유전자를 가상으로 판별 유전자 셋에 추가한 후 해당 유전자가 추가되었을 때 판별 유전자 셋 내 유전자들의 평균 유전자-클래스 연관성 값 (Fgc)을 분자에 평균 유전자 간 중복성 값 (Fgg)을 분모에 통합하여 하기한 수학식 6과 같이 ARV를 계산하는 단계; 및[수학식 6](d3) 상기 ARV를 최소화시키는 유전자가 단수 개가 존재할 경우, 판별 유전자 셋에 해당 유전자를 선택하여 추가하고, 복수 개가 존재할 경우 판별 유전자 셋에 이미 들어있는 유전자들을 똑같이 가진 복수 개의 판별 유전자 셋을 생성하여 ARV를 최소화하는 복수 개의 유전자 각각을 하나씩 각각의 판별 유전자 셋에 추가하여 복수 개의 판별 유전자 셋을 형성하는 방법을 포함하여 이루어진 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 분석을 통한 판별 유전자 셋 탐색 방법
6 6
제 1항에 있어서, 상기 단계 (e)는,(e1) Random forest 알고리즘을 이용하고 판별 유전자 셋 내의 유전자의 이산화된 발현 프로파일을 이용하여 판별 유전자 셋의 표본 분류 오차를 평가하는 단계; 및(e2) 판별 유전자 셋의 상기 표본 분류 오차가 사용자가 지정한 값보다 같거나 작을 경우, 혹은 판별 유전자 셋에 추가된 유전자 개수가 사용자가 지정한 값보다 같거나 클 경우에 판별 유전자 셋에 유전자를 추가하는 프로세스를 종료하고, 판별 유전자 셋의 상기 표본 분류 오차가 사용자가 지정한 값보다 클 경우, 혹은 판별 유전자 셋 내의 유전자 개수가 사용자가 지정한 값보다 작을 경우에 상기 단계(d)로 돌아가는 것을 특징으로 하는 마이크로어레이 분석을 통한 판별 유전자 셋 탐색 방법
7 7
제 1항 내지 제 6항에 중 하나의 항에 있는 방법을 실행하기 위한 프로그램이 저장된 프로그램 저장 매체
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
국가 R&D 정보가 없습니다.