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필수 대사산물을 이용한 병원성 미생물의 약물 표적 예측 및 약물 탐색 방법

  • 기술번호 : KST2015114847
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 필수 대사산물을 이용한 병원성 미생물의 약물 표적 예측 및 약물 탐색 방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축한 후, 필수 대사산물 분석 (metabolite essentiality) 방법을 적용하여 세포 성장에 필수적인 대사산물을 예측하고, 이들 중 유통 대사산물（currency metabolite) 및 소비하는 반응식의 개수가 기준 미달인 필수 대사산물들 제거한 후, 남은 필수 대사산물들과 이들을 소비하는 효소가 숙주의 대사에 없는 것들만을 추가 선별함으로써, 효율적인 병원성 미생물의 약물 표적 효소 또는 이를 코딩하는 약물 표적 유전자를 스크리닝하는 방법 및 이들 병원성 미생물의 성장을 억제할 수 있는 약물을 선별하는 스크리닝 방법에 관한 것이다.
Int. CL G01N 33/15 (2006.01) C12Q 1/02 (2006.01) C12Q 1/25 (2006.01)
CPC
출원번호/일자 1020100092052 (2010.09.17)
출원인 한국과학기술원
등록번호/일자 10-1243378-0000 (2013.03.07)
공개번호/일자 10-2011-0031143 (2011.03.24) 문서열기
공고번호/일자 (20130325) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보 대한민국  |   1020090088502   |   2009.09.18
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분 신규
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2010.09.17)
심사청구항수 41

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 이상엽 대한민국 대전광역시 유성구
2 김현욱 대한민국 경기도 안양시 동안구
3 김태용 대한민국 경기도 용인시 수지구
4 이규양 대한민국 대전광역시 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이처영 대한민국 서울특별시 강남구 언주로 ***, **층 (역삼동, 윤익빌딩)(*T국제특허법률사무소)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 [특허출원]특허출원서
[Patent Application] Patent Application		 2010.09.17 수리 (Accepted) 1-1-2010-0609902-67
2 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2012.04.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2012-0254760-69
3 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2012.07.02 수리 (Accepted) 1-1-2012-0528612-78
4 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2012.07.27 수리 (Accepted) 1-1-2012-0603855-48
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2012.08.30 수리 (Accepted) 1-1-2012-0701842-21
6 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2012.10.02 수리 (Accepted) 1-1-2012-0800986-31
7 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2012.10.02 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2012-0800987-87
8 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.02.01 수리 (Accepted) 4-1-2013-5019983-17
9 등록결정서
Decision to grant		 2013.02.28 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2013-0145266-26
10 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157968-69
11 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157993-01
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5158129-58
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.04.24 수리 (Accepted) 4-1-2019-5081392-49
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.05.15 수리 (Accepted) 4-1-2020-5108396-12
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.06.12 수리 (Accepted) 4-1-2020-5131486-63
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
다음의 단계를 포함하는, 미생물에 대한 약물 표적 효소의 스크리닝 방법:(a) 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 대상 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하는 단계 및 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하는 단계를, 각각 또는 모두 실시하고, 결정된 필수 대사산물 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 선별하는 단계; 및(d) 앞 단계에서 결정된 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 최종 필수 대사산물로 결정하고, 상기 최종 필수 대사산물에 관여하는 효소를 대상 미생물의 약물 표적 효소로 선정하는 단계
2 2
삭제
3 3
다음의 단계를 포함하는, 미생물에 대한 약물 스크리닝 방법:(a) 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 대상 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하는 단계 및 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하는 단계를, 각각 또는 모두 실시하고, 결정된 필수 대사산물 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 선별하는 단계;(d) 앞 단계에서 결정된 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 최종 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d)단계에서 결정된 최종 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군을 화합물 라이브러리에서 타니모토 계수를 이용하여 선별하는 단계; 및(f) 상기 선별된 화합물 후보군을 각각 대상 미생물에 투여하여, 미생물의 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계
4 4
삭제
5 5
다음의 단계를 포함하는, 미생물에 대한 약물 표적 효소의 스크리닝 방법:(a) 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 대상 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; 및(f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정하고, 상기 5차 필수 대사산물에 관여하는 효소를 대상 미생물의 약물 표적 효소로 선정하는 단계
6 6
다음의 단계를 포함하는, 미생물에 대한 약물의 스크리닝 방법:(a) 대상 미생물을 선정하고, 선정된 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 대상 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계; (d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; (f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정 하는 단계;(g) 상기 (e)단계에서 결정된 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군을 화합물 라이브러리에서 타니모토 계수(Tanimoto coefficient)를 이용하여 선별하는 단계; 및(h) 상기 선별된 화합물 후보군을 각각 대상 미생물에 투여하여, 미생물의 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계
7 7
제1항, 제3항, 제5항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상 미생물은 대장균 또는 병원성 미생물인 것을 특징으로 하는 방법
8 8
제1항, 제3항, 제5항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 숙주는 인간인 것을 특징으로 하는 방법
9 9
제1항, 제3항, 제5항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, (a)단계에서 미생물의 상기 대사 네트워크는 게놈 수준인 것을 특징으로 하는 방법
10 10
제1항, 제3항, 제5항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, (b)단계의 수행은, (i) 상기 구축된 미생물 대사 네트워크를 이하의 수학식으로 표현하여 선형계획법을 이용하는 단계; 및 [수학식 1] (여기서, S : 시간에 따른 X의 변화량, X: 대사산물의 농도, t: 시간)(ii) 이하의 수학식2를 이용하여, 대사산물 소비 반응식의 대사흐름값을 0으로 고정시킨 후 세포의 성장속도가 0인 경우를 1차 필수 대사산물로 결정하는 것을 특징으로 하는 방법: [수학식 2](여기서 jm은 각 대사산물의 소비 반응식; Vjm은 해당 소비 반응식의 대사흐름값)
11 11
제10항에 있어서, 상기 선형계획법을 적용할 때, 목적함수를 세포 성장 속도를 최대화하는 것으로 설정하는 것을 특징으로 하는 방법
12 12
제10항에 있어서, 상기 선형계획법의 적용은 세포의 성장에 필요한 모든 영양분 조건을 반영하여 이루어지는 것을 특징으로 하는 방법
13 13
삭제
14 14
제1항, 제3항, 제5항 및 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 상동관계의 검토는 아미노산 서열 또는 유전자 서열을 이용하는 것을 특징으로 하는 방법
15 15
제14항에 있어서, 상기 상동관계의 검토는 BLASTP 프로그램 또는 BLAST 프로그램을 이용하여 이루어지는 것을 특징으로 하는 방법
16 16
제1항 또는 제5항에서 선정된 대상 미생물의 약물 표적 효소를 코딩하는 유전자군들을 대상 미생물의 약물 표적 유전자로 결정하는 것을 특징으로 하는, 미생물에 대한 약물 표적 유전자의 스크리닝 방법
17 17
제1항 또는 제5항에서 선정된 대상 미생물의 약물 표적 효소; 또는 제1항 또는 제5항에서 선정된 대상미생물의 약물표적 효소를 코딩하는 유전자 군들을, 대상 미생물의 약물 표적으로 이용하는 방법
18 18
제3항에 있어서, 상기 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군은 타니모토 계수가 0
19 19
제6항에 있어서, 상기 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군은 타니모토 계수가 0
20 20
제3항 또는 제6항에 있어서, 상기 화합물 후보군을 대상 미생물에 투여하여 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계는, 화합물 후보군을 처리한 시험군이 화합물 후보군이 처리되지 않은 대조군에 비해, 대상 미생물의 농도를 80% 이상 억제하는 화합물을 미생물에 대한 약물로써 스크리닝 하는 것을 특징으로 하는 방법
21 21
다음의 단계를 포함하는, 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 약물 표적 효소의 스크리닝 방법:(a) 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계;(d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; 및(f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정하고, 상기 5차 필수 대사산물에 관여하는 효소를 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 약물 표적 효소로 선정하는 단계
22 22
다음의 단계를 포함하는, 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물에 대한 약물 스크리닝 방법:(a) 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계;(d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; (f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(g) 상기 (f)단계에서 결정된 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군을 화합물 라이브러리에서 타니모토 계수를 이용하여 선별하는 단계; 및(h) 상기 화합물 후보군을 각각 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물에 투여하여 미생물의 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계
23 23
제21항 또는 제22항 있어서, 상기 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물은 아시네토박터 바우마니 (Acinetobacter baumannii)인 것을 특징으로 하는 방법
24 24
제21항 또는 제22항에 있어서, 상기 숙주는 인간인 것을 특징으로 하는 방법
25 25
제21항 또는 제22항 있어서, (a) 단계에서의 상기 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물 대사 네트워크 구축은 ABAYE0014, ABAYE0022, ABAYE0023, ABAYE0028, ABAYE0036, ABAYE0043, ABAYE0056, ABAYE0058, ABAYE0059, ABAYE0064, ABAYE0067, ABAYE0068, ABAYE0075, ABAYE0076, ABAYE0078, ABAYE0079, ABAYE0081, ABAYE0082, ABAYE0084, ABAYE0089, ABAYE0090, ABAYE0091, ABAYE0093, ABAYE0095, ABAYE0096, ABAYE0098, ABAYE0102, ABAYE0104, ABAYE0109, ABAYE0116, ABAYE0127, ABAYE0128, ABAYE0129, ABAYE0144, ABAYE0147, ABAYE0148, ABAYE0149, ABAYE0150, ABAYE0154, ABAYE0157, ABAYE0158, ABAYE0166, ABAYE0167, ABAYE0168, ABAYE0175, ABAYE0179, ABAYE0200, ABAYE0209, ABAYE0210, ABAYE0243, ABAYE0244, ABAYE0250, ABAYE0253, ABAYE0254, ABAYE0262, ABAYE0264, ABAYE0277, ABAYE0283, ABAYE0284, ABAYE0285, ABAYE0295, ABAYE0296, ABAYE0298, ABAYE0299, ABAYE0310, ABAYE0312, ABAYE0313, ABAYE0325, ABAYE0332, ABAYE0351, ABAYE0352, ABAYE0353, ABAYE0354, ABAYE0355, ABAYE0356, ABAYE0367, ABAYE0368, ABAYE0377, ABAYE0378, ABAYE0379, ABAYE0381, ABAYE0397, ABAYE0405, ABAYE0435, ABAYE0436, ABAYE0465, ABAYE0470, ABAYE0476, ABAYE0479, ABAYE0480, ABAYE0482, ABAYE0483, ABAYE0489, ABAYE0491, ABAYE0497, ABAYE0505, ABAYE0524, ABAYE0577, ABAYE0588, ABAYE0604, ABAYE0605, ABAYE0607, ABAYE0608, ABAYE0613, ABAYE0614, ABAYE0615, ABAYE0619, ABAYE0624, ABAYE0625, ABAYE0628, ABAYE0629, ABAYE0634, ABAYE0638, ABAYE0663, ABAYE0674, ABAYE0676, ABAYE0682, ABAYE0691, ABAYE0697, ABAYE0698, ABAYE0699, ABAYE0708, ABAYE0709, ABAYE0716, ABAYE0722, ABAYE0740, ABAYE0749, ABAYE0757, ABAYE0758, ABAYE0763, ABAYE0773, ABAYE0774, ABAYE0775, ABAYE0776, ABAYE0777, ABAYE0780, ABAYE0781, ABAYE0782, ABAYE0783, ABAYE0784, ABAYE0788, ABAYE0800, ABAYE0801, ABAYE0807, ABAYE0811, ABAYE0812, ABAYE0816, ABAYE0817, ABAYE0818, ABAYE0824, ABAYE0826, ABAYE0849, ABAYE0850, ABAYE0853, ABAYE0854, ABAYE0860, ABAYE0861, ABAYE0877, ABAYE0885, ABAYE0888, ABAYE0889, ABAYE0899, ABAYE0911, ABAYE0912, ABAYE0915, ABAYE0916, ABAYE0923, ABAYE0931, ABAYE0933, ABAYE0935, ABAYE0945, ABAYE0951, ABAYE0958, ABAYE0962, ABAYE0966, ABAYE0969, ABAYE0977, ABAYE0980, ABAYE0982, ABAYE1010, ABAYE1011, ABAYE1026, ABAYE1027, ABAYE1028, ABAYE1030, ABAYE1039, ABAYE1047, ABAYE1052, ABAYE1066, ABAYE1067, ABAYE1083, ABAYE1094, ABAYE1098, ABAYE1103, ABAYE1104, ABAYE1106, ABAYE1113, ABAYE1114, ABAYE1115, ABAYE1118, ABAYE1119, ABAYE1123, ABAYE1126, ABAYE1127, ABAYE1128, ABAYE1138, ABAYE1141, ABAYE1142, ABAYE1145, ABAYE1147, ABAYE1171, ABAYE1199, ABAYE1204, ABAYE1206, ABAYE1207, ABAYE1209, ABAYE1223, ABAYE1278, ABAYE1280, ABAYE1295, ABAYE1296, ABAYE1354, ABAYE1356, ABAYE1362, ABAYE1366, ABAYE1367, ABAYE1380, ABAYE1385, ABAYE1386, ABAYE1387, ABAYE1388, ABAYE1389, ABAYE1391, ABAYE1411, ABAYE1413, ABAYE1417, ABAYE1418, ABAYE1425, ABAYE1427, ABAYE1432, ABAYE1445, ABAYE1453, ABAYE1455, ABAYE1456, ABAYE1457, ABAYE1458, ABAYE1460, ABAYE1463, ABAYE1465, ABAYE1466, ABAYE1469, ABAYE1477, ABAYE1510, ABAYE1513, ABAYE1514, ABAYE1520, ABAYE1522, ABAYE1526, ABAYE1537, ABAYE1538, ABAYE1539, ABAYE1544, ABAYE1546, ABAYE1562, ABAYE1563, ABAYE1567, ABAYE1569, ABAYE1571, ABAYE1577, ABAYE1580, ABAYE1581, ABAYE1585, ABAYE1586, ABAYE1587, ABAYE1599, ABAYE1613, ABAYE1625, ABAYE1636, ABAYE1637, ABAYE1646, ABAYE1649, ABAYE1650, ABAYE1653, ABAYE1658, ABAYE1667, ABAYE1668, ABAYE1669, ABAYE1672, ABAYE1675, ABAYE1682, ABAYE1683, ABAYE1685, ABAYE1700, ABAYE1706, ABAYE1710, ABAYE1712, ABAYE1715, ABAYE1724, ABAYE1736, ABAYE1742, ABAYE1781, ABAYE1786, ABAYE1789, ABAYE1792, ABAYE1811, ABAYE1861, ABAYE1886, ABAYE1896, ABAYE1897, ABAYE1909, ABAYE1913, ABAYE1914, ABAYE1916, ABAYE1921, ABAYE1937, ABAYE1940, ABAYE1943, ABAYE1944, ABAYE1945, ABAYE1946, ABAYE1947, ABAYE1948, ABAYE1953, ABAYE1955, ABAYE1970, ABAYE1983, ABAYE1989, ABAYE1990, ABAYE1993, ABAYE1994, ABAYE2013, ABAYE2014, ABAYE2053, ABAYE2058, ABAYE2062, ABAYE2065, ABAYE2067, ABAYE2076, ABAYE2077, ABAYE2088, ABAYE2090, ABAYE2108, ABAYE2116, ABAYE2118, ABAYE2129, ABAYE2153, ABAYE2179, ABAYE2181, ABAYE2184, ABAYE2188, ABAYE2191, ABAYE2209, ABAYE2219, ABAYE2220, ABAYE2227, ABAYE2246, ABAYE2248, ABAYE2250, ABAYE2270, ABAYE2288, ABAYE2290, ABAYE2291, ABAYE2292, ABAYE2304, ABAYE2306, ABAYE2307, ABAYE2310, ABAYE2311, ABAYE2317, ABAYE2318, ABAYE2329, ABAYE2333, ABAYE2342, ABAYE2344, ABAYE2366, ABAYE2367, ABAYE2368, ABAYE2369, ABAYE2370, ABAYE2377, ABAYE2385, ABAYE2388, ABAYE2396, ABAYE2422, ABAYE2438, ABAYE2439, ABAYE2457, ABAYE2460, ABAYE2481, ABAYE2483, ABAYE2491, ABAYE2493, ABAYE2533, ABAYE2562, ABAYE2566, ABAYE2577, ABAYE2578, ABAYE2589, ABAYE2592, ABAYE2593, ABAYE2594, ABAYE2595, ABAYE2596, ABAYE2601, ABAYE2606, ABAYE2607, ABAYE2613, ABAYE2614, ABAYE2618, ABAYE2628, ABAYE2630, ABAYE2631, ABAYE2641, ABAYE2646, ABAYE2663, ABAYE2666, ABAYE2678, ABAYE2764, ABAYE2767, ABAYE2771, ABAYE2776, ABAYE2777, ABAYE2778, ABAYE2783, ABAYE2790, ABAYE2791, ABAYE2794, ABAYE2799, ABAYE2803, ABAYE2809, ABAYE2810, ABAYE2819, ABAYE2822, ABAYE2823, ABAYE2824, ABAYE2829, ABAYE2832, ABAYE2836, ABAYE2837, ABAYE2838, ABAYE2843, ABAYE2845, ABAYE2852, ABAYE2867, ABAYE2868, ABAYE2869, ABAYE2871, ABAYE2878, ABAYE2905, ABAYE2909, ABAYE2910, ABAYE2927, ABAYE2928, ABAYE2929, ABAYE2940, ABAYE2951, ABAYE2955, ABAYE2958, ABAYE2964, ABAYE2969, ABAYE2976, ABAYE2981, ABAYE2984, ABAYE2987, ABAYE2988, ABAYE2989, ABAYE2992, ABAYE2993, ABAYE3001, ABAYE3003, ABAYE3004, ABAYE3006, ABAYE3007, ABAYE3015, ABAYE3016, ABAYE3025, ABAYE3028, ABAYE3031, ABAYE3037, ABAYE3047, ABAYE3048, ABAYE3049, ABAYE3050, ABAYE3051, ABAYE3052, ABAYE3053, ABAYE3054, ABAYE3055, ABAYE3056, ABAYE3057, ABAYE3058, ABAYE3059, ABAYE3060, ABAYE3065, ABAYE3067, ABAYE3078, ABAYE3079, ABAYE3086, ABAYE3097, ABAYE3101, ABAYE3104, ABAYE3105, ABAYE3114, ABAYE3129, ABAYE3130, ABAYE3131, ABAYE3132, ABAYE3133, ABAYE3151, ABAYE3153, ABAYE3154, ABAYE3159, ABAYE3160, ABAYE3169, ABAYE3174, ABAYE3175, ABAYE3176, ABAYE3179, ABAYE3181, ABAYE3184, ABAYE3186, ABAYE3187, ABAYE3188, ABAYE3191, ABAYE3192, ABAYE3193, ABAYE3228, ABAYE3238, ABAYE3239, ABAYE3240, ABAYE3244, ABAYE3250, ABAYE3258, ABAYE3262, ABAYE3263, ABAYE3267, ABAYE3269, ABAYE3272, ABAYE3276, ABAYE3278, ABAYE3280, ABAYE3281, ABAYE3282, ABAYE3283, ABAYE3284, ABAYE3292, ABAYE3293, ABAYE3296, ABAYE3314, ABAYE3315, ABAYE3322, ABAYE3343, ABAYE3348, ABAYE3351, ABAYE3357, ABAYE3359, ABAYE3360, ABAYE3366, ABAYE3373, ABAYE3378, ABAYE3379, ABAYE3393, ABAYE3395, ABAYE3424, ABAYE3426, ABAYE3428, ABAYE3429, ABAYE3443, ABAYE3447, ABAYE3463, ABAYE3470, ABAYE3471, ABAYE3497, ABAYE3498, ABAYE3507, ABAYE3508, ABAYE3511, ABAYE3518, ABAYE3519, ABAYE3524, ABAYE3530, ABAYE3531, ABAYE3537, ABAYE3540, ABAYE3544, ABAYE3546, ABAYE3568, ABAYE3572, ABAYE3588, ABAYE3612, ABAYE3614, ABAYE3616, ABAYE3644, ABAYE3661, ABAYE3670, ABAYE3671, ABAYE3675, ABAYE3678, ABAYE3696, ABAYE3697, ABAYE3713, ABAYE3715, ABAYE3716, ABAYE3717, ABAYE3718, ABAYE3719, ABAYE3720, ABAYE3721, ABAYE3723, ABAYE3731, ABAYE3732, ABAYE3740, ABAYE3750, ABAYE3763, ABAYE3764, ABAYE3766, ABAYE3767, ABAYE3768, ABAYE3773, ABAYE3774, ABAYE3791, ABAYE3792, ABAYE3793, ABAYE3795, ABAYE3796, ABAYE3797, ABAYE3800, ABAYE3801, ABAYE3802, ABAYE3803, ABAYE3804, ABAYE3807, ABAYE3814, ABAYE3815, ABAYE3823, ABAYE3825, ABAYE3834, ABAYE3835, ABAYE3839, ABAYE3846, ABAYE3851, ABAYE3852, ABAYE3871, ABAYE3872, ABAYE3885, ABAYE3887, p2ABAYE0004, p3ABAYE0020, p3ABAYE0024, p3ABAYE0029으로 구성된 유전자 군에 기반한 것을 특징으로 하는 방법
26 26
제21항 또는 제22항 있어서, 상기 (b)단계의 수행은, (i) 상기 구축된 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물 대사 네트워크를 이하의 수학식으로 표현하여 선형계획법을 이용하는 단계, 이 때, 상기 선형계획법의 적용은 세포의 성장에 필요한 모든 영양분 조건을 반영하여 이루어지는 것을 특징으로 함; 및 [수학식 1] (여기서, S : 시간에 따른 X의 변화량, X: 대사산물의 농도, t: 시간)(ii) 이하의 수학식2를 이용하여, 대사산물 소비 반응식의 대사흐름값을 0으로 고정시킨 후 세포의 성장속도가 0인 경우를 1차 필수 대사산물로 결정하는 단계로 이루어지는 것을 특징으로 하는 방법: [수학식 2](여기서 jm은 각 대사산물의 소비 반응식; Vjm은 해당 소비 반응식의 대사흐름값)
27 27
제26항에 있어서, 상기 영양분은 2-Phospho-D-glycerate, 3-Phospho-D-glycerate, Acetate, Adenosine, 2-Oxoglutarate, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, Betaine, Benzoate, Choline, Citrate, CO2, Cytosine, L-Cysteine, Cytidine, D-alanine, Deoxyadenosine, Deoxycytidine, D-Glutamate, Deoxyguanosine, D-Serine, Thymidine, Deoxyuridine, Ethanolamine, Formate, D-fructose, Fumarate, alpha-D-Glucose, L-Glutamine, D-Gluconate, L-Glutamate, Glycolate, Glycine, Guanosine, L-Histidine, L-Homoserine, Isocitrate, L-Isoleucine, Isomaltose, L-Leucine, L-Lysine, (S)-Malate, L-Methionine, Maltose, D-Mannitol, N-Acetyl-D-glucosamine, Sodium, NH3, Nitrite, Nitrate, O2, L-Ornithine, L-Phenylalanine, Orthophosphate, L-Proline, Putrescine, L-Serine, (S)-Lactate, Sulfate, Spermidine, Succinate, Sucrose, L-Threonine, alpha,alpha-Trehalose, L-Tryptophan, Taurine, L-Tyrosine, Uracil, Urea, Uridine, L-Valine 및 Xanthine으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
28 28
제21항 또는 제22항 있어서, 상기 (b)단계에서 수득된 1차 필수 대사산물은 (R)-4'-Phosphopantothenoyl-L-cysteine, (R)-pantoate, (R)-Pantothenate, 1,4-dihydroxy-2-naphthoate, 1-Acyl-sn-glycerol 3-phosphate, 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate, 2,3,4,5-Tetrahydrodipicolinate, 2,3-Dihydrodipicolinate, 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5'-phosphoribosylamino)-pyrimidine, 2-Acyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine, 2-Amino-4-hydroxy-6-(D-erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-7,8-dihydropteridine, 2-Amino-4-hydroxy-6-(erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)dihydropteridine triphosphate, 2-Amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, 2-Dehydro-3-deoxy-D-arabino-heptonate 7-phosphate , 2-Dehydro-3-deoxy-D-octonate, 2-Dehydro-3-deoxy-D-octonate 8-phosphate, 2-Dehydropantoate, 2-Demethylmenaquinone, 2-Oxobutanoate, 2-Oxoglutarate, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate, 3-Amino-2-oxopropyl phosphate, 3-Dehydroquinate, 3-Dehydroshikimate, 3-Hydroxy-4-phospho-hydroxy-alpha-ketobutyrate, 3-Methyl-2-oxobutanoic acid, 4,6-Dideoxy-4-oxo-dTDP-D-glucose, 4-amino-4-deoxychorismate, 4-Aminobenzoate, 4-Phospho-D-erythronate, 5,10-Methylenetetrahydrofolate, 5-Amino-6-(5'-phosphoribitylamino)uracil, 5-Amino-6-(5'-phosphoribosylamino)uracil, 5-Amino-6-ribitylamino-2,4 (1H, 3H)-pyrimidinedione, 5-O-(1-Carboxyvinyl)-3-phosphoshikimate, 5-Phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate, 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine, Acetyl-[acyl-carrier protein], Acetyl-CoA, Acyl-carrier protein, ADP, all-trans-Octaprenyl diphosphate, alpha-D-Glucose, alpha-D-Glucose 6-phosphate, alpha-D-Mannose 1-phosphate, AMP, ATP, beta-Alanine, beta-D-Fructose 1,6-bisphosphate, beta-D-Fructose 6-phosphate, beta-D-Glucose, beta-hydroxy dodecanoic acid, beta-hydroxy tetradecanoic acid, Cardiolipin (biomass component), CDP, CDP-diacylglycerol, Chorismate, CO2, CoA, Cofactors and vitamins, CTP, D-4'-Phosphopantothenate, dADP, D-alanine, D-alanyl-D-alanine, D-Arabinose 5-phosphate, dATP, dCDP, dCTP, Deamino-NAD+, Decanoyl-[acyl-carrier protein], Dephospho-CoA, D-Erythrose 4-phosphate, dGDP, D-Glucosamine 1-phosphate, D-Glucosamine 6-phosphate, D-Glucose 1-phosphate, D-Glutamate, D-Glyceraldehyde 3-phosphate, dGTP, Dihydrofolate, Dihydropteroate, D-Mannose 6-phosphate, DNA (biomass component), DNA 5-methylcytosine, Dodecanoyl-[acyl-carrier protein], D-Ribose 5-phosphate, D-Ribulose 5-phosphate, dTDP, dTDP-4-dehydro-6-deoxy-L-mannose, dTDP-6-deoxy-L-mannose, dTDP-glucose, dTMP, dTTP, dUMP, Exopolysaccharide, Flavin adenine dinucleotide, FMN, GDP, GDP-mannose, Glycerone phosphate, Glycine, GMP, GTP, H2O2, HCO3, Heptadecanoyl-[acyl-carrier protein], Heptadecenoyl-[acyl-carrier protein], Hexadecanoyl-[acyl-carrier protein], Hexadecenoyl-[acyl-carrier protein], Iminoaspartate, IMP, Isochorismate, L,L-2,6-Diaminopimelate, L-3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, L-Aspartate 4-semialdehyde, L-Cysteine, L-Glutamate, L-Glutamine, L-Histidine, Lipids other than phospholipid, Lippolysaccharide, L-Isoleucine, L-Leucine, L-Lysine, L-Methionine, L-Phenylalanine, L-Proline, L-Serine, L-Threonine, L-Tryptophan, L-Tyrosine, L-Valine, Malonyl-[acyl-carrier protein], Malonyl-CoA, menaquinol, menaquinone, meso-2,6-Diaminoheptanedioate, N6-(1,2-Dicarboxyethyl)-AMP, N-Acetyl-D-glucosamine 1-phosphate, NAD+, NADP+, NADPH, NH3, Nicotinate D-ribonucleotide, N-Succinyl-2-amino-6-oxopimelate, N-Succinyl-L-2,6-diaminopimelate, Octadecanoyl-[acyl-carrier protein], Octadecenoyl-[acyl-carrier protein], O-Phospho-4-hydroxy-L-threonine, Orthophosphate, O-succinylbenzoate, O-succinylbenzoate-CoA, Oxygen, Pantetheine 4'-phosphate, Pentadecanoyl-[acyl-carrier protein], Peptidoglycan (biomass component), Peptidoglycan precursor, Phosphatidate, Phosphatidylethanolamine, Phosphatidylglycerol, Phosphatidylglycerophosphate, Phosphatidylserine, Phosphoenolpyruvate, Phospholipids (biomass component), Propanoyl-[acyl-carrier protein], Propanoyl-CoA, Proteins , Pyridoxal, Pyridoxal 5'-phosphate, Pyridoxine, Pyridoxine 5'-phosphate, Pyruvate, Quinolinate, Riboflavin, RNA , S-Adenosyl-L-methionine, Shikimate, Shikimate 3-phosphate, sn-Glycerol 3-phosphate, Succinyl-CoA, Tetradecanoyl-[acyl-carrier protein], Tetrahydrofolate, Thioredoxin, Thioredoxin disulfide, Thymidine, Thymine, UDP, UDP-D-galactose, UDP-glucose, UDP-N-acetyl-3-(1-carboxyvinyl)-D-glucosamine, UDP-N-acetyl-D-galactosamine, UDP-N-acetyl-D-glucosamine, UDP-N-acetylmuramate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-gamma-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-6-carboxy-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine, UMP, Undecaprenyl diphosphate, Undecaprenyl phosphate, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutaminyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-(glycyl)5-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutaminyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, UTP, 및 Xanthosine 5'-phosphate로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
29 29
제21항 또는 제22항에 있어서, 상기 5차 필수 대사산물은 2-Amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, D-Glutamate, 2,3-Dihydrodipicolinate, 2-Amino-4-hydroxy-6-(D-erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-7,8-dihydropteridine, 3-Dehydroshikimate, 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate, 3-Dehydroquinate, 2-Dehydro-3-deoxy-D-octonate, 및 4-Aminobenzoate으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
30 30
제21항의 방법에 따라 선정된 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 약물 표적 효소인 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine, pyrophosphokinase, dihydropteroate synthase, glutamate racemase, UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase, dihydrodipicolinate reductase, dihydroneopterin aldolase, alkaline phosphatase D precursor, 3-dehydroquinate dehydratase II, catabolic 3-dehydroquinate dehydratase(3-dehydroquinase), shikimate 5-dehydrogenase, quinate/shikimate dehydrogenase, 3-dehydroshikimate dehydratase, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase, pyridoxine 5-phosphate synthase, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase, 및 dihydropteroate synthase로 구성된 군에서 선택되는 1종 이상의 효소, 또는 상기 효소를 코딩하는 유전자를 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물에 대한 약물 표적으로 이용하는 방법
31 31
제30항에 있어서, 상기 효소를 코딩하는 유전자는, ABAYE0036, ABAYE0082, ABAYE0377, ABAYE0807, ABAYE0811, ABAYE0945, ABAYE1417, ABAYE1418, ABAYE1539, ABAYE1581, ABAYE1682, ABAYE1683, ABAYE1685, ABAYE2076, ABAYE3176, ABAYE3395, ABAYE3524, ABAYE3568, ABAYE3612 및 ABAYE3616으로 구성된 군에서 선택되는 1종 이상인 것을 특징으로 하는 방법
32 32
제22항에 있어서, 상기 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군은 타니모토 계수가 0
33 33
제22항에 있어서, 상기 화합물 후보군을 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물에 투여하여 성장 억제 여부를 확인함으로써, 약물을 스크리닝 하는 단계는 화합물이 처리되지 않은 대조군에 비해, 화합물을 처리한 시험군의 아시네토박터(Acinetobacter) 속 미생물의 농도를 80% 이상 억제하는 화합물을 미생물에 대한 약물로써 스크리닝 하는 것을 특징으로 하는 방법
34 34
다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소의 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 비브리오(Vibrio) 속 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계;(d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 2차 필수 대사산물들 중 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; 및(f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정하고, 상기 5차 필수 대사산물에 관여하는 효소를 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 약물 표적 효소로 선정하는 단계
35 35
다음의 단계를 포함하는, 비브리오(Vibrio) 속 미생물에 대한 약물 스크리닝 방법:(a) 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 대사 네트워크 모델을 구축하는 단계; (b) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크에서 특정 대사산물들을 소비하는 효소 반응을 동시에 차단시킨 상태에서, 세포의 성장속도가 0인 경우의 상기 특정 대사산물들을 1차 필수 대사산물들로 결정하는 단계;(c) 상기 (b) 단계에서 결정된 1차 필수 대사산물들 중, 비브리오(Vibrio) 속 미생물과의 특이성(specificity)이 없는 유통 대사산물 (currency metabolite)을 제거하여 2차 필수 대사산물을 결정하는 단계;(d) 상기 (c) 단계에서 결정된 2차 필수 대사산물들 중, 적어도 3개 이상의 효소 반응식에 관여하면서, 동시에 적어도 2개 이상은 해당 필수 대사산물을 소비하는 경우의 대사산물을 3차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(e) 상기 (d) 단계에서 결정된 3차 필수 대사산물들 중 숙주의 대사에 존재하지 않는 것들만을 선별하여 4차 필수 대사산물로 결정하는 단계; 및(f) 상기 (e) 단계에서 결정된 4차 필수 대사산물들을 소비하는 모든 효소들이 숙주 단백질과 상동관계가 없는 경우, 해당 필수 대사산물들을 5차 필수 대사산물로 결정하는 단계;(g) 상기 (f)단계에서 결정된 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군을 화합물 라이브러리에서 타니모토 계수를 이용하여 선별하는 단계; 및(h) 상기 선별된 화합물 후보군을 각각 비브리오(Vibrio) 속 미생물에 투여하여 미생물의 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계
36 36
제34항 또는 제35항에 있어서, 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물은 비브리오 불니피커스 (Vibrio vulnificus)인 것을 특징으로 하는 방법
37 37
제34항 또는 제35항에 있어서, 상기 숙주는 인간인 것을 특징으로 하는 방법
38 38
제34항 또는 제35항에 있어서, (a) 단계에서의 상기 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크 구축은 VV10014, VV10053, VV10060, VV10061, VV10136, VV10143, VV10145, VV10154, VV10155, VV10156, VV10157, VV10158, VV10159, VV10160, VV10161, VV10162, VV10169, VV10176, VV10177, VV10179, VV10180, VV10183, VV10187, VV10188, VV10209, VV10212, VV10236, VV10246, VV10248, VV10249, VV10254, VV10256, VV10257, VV10265, VV10272, VV10286, VV10288, VV10289, VV10291, VV10314, VV10315, VV10316, VV10317, VV10319, VV10321, VV10322, VV10323, VV10325, VV10326, VV10329, VV10333, VV10340, VV10344, VV10366, VV10414, VV10418, VV10419, VV10426, VV10427, VV10430, VV10449, VV10450, VV10465, VV10484, VV10487, VV10494, VV10495, VV10504, VV10507, VV10508, VV10516, VV10526, VV10543, VV10544, VV10545, VV10553, VV10554, VV10555, VV10556, VV10558, VV10559, VV10565, VV10566, VV10567, VV10571, VV10577, VV10578, VV10580, VV10581, VV10582, VV10583, VV10591, VV10595, VV10596, VV10597, VV10610, VV10613, VV10623, VV10625, VV10638, VV10639, VV10641, VV10644, VV10647, VV10648, VV10649, VV10654, VV10655, VV10656, VV10657, VV10662, VV10665, VV10666, VV10673, VV10678, VV10679, VV10688, VV10705, VV10707, VV10708, VV10723, VV10725, VV10726, VV10727, VV10728, VV10774, VV10779, VV10780, VV10796, VV10797, VV10799, VV10803, VV10804, VV10808, VV10814, VV10815, VV10819, VV10828, VV10830, VV10831, VV10850, VV10852, VV10854, VV10881, VV10889, VV10894, VV10902, VV10907, VV10909, VV10933, VV10935, VV10940, VV10963, VV10964, VV10978, VV10981, VV10982, VV10989, VV10990, VV10992, VV11015, VV11016, VV11017, VV11018, VV11019, VV11020, VV11021, VV11022, VV11023, VV11028, VV11029, VV11030, VV11031, VV11032, VV11047, VV11053, VV11054, VV11056, VV11057, VV11077, VV11083, VV11099, VV11100, VV11102, VV11105, VV11120, VV11121, VV11122, VV11123, VV11126, VV11127, VV11141, VV11153, VV11163, VV11164, VV11165, VV11168, VV11175, VV11195, VV11197, VV11198, VV11199, VV11200, VV11218, VV11226, VV11227, VV11234, VV11235, VV11236, VV11237, VV11249, VV11257, VV11266, VV11267, VV11268, VV11269, VV11270, VV11276, VV11277, VV11281, VV11284, VV11291, VV11299, VV11306, VV11307, VV11311, VV11312, VV11313, VV11314, VV11315, VV11328, VV11342, VV11343, VV11345, VV11349, VV11353, VV11361, VV11364, VV11364, VV11365, VV11366, VV11369, VV11370, VV11371, VV11372, VV11373, VV11374, VV11382, VV11383, VV11386, VV11393, VV11396, VV11402, VV11403, VV11404, VV11423, VV11424, VV11425, VV11428, VV11453, VV11461, VV11464, VV11465, VV11466, VV11467, VV11474, VV11485, VV11517, VV11519, VV11524, VV11530, VV11536, VV11537, VV11539, VV11540, VV11541, VV11546, VV11547, VV11552, VV11558, VV11568, VV11569, VV11575, VV11576, VV11578, VV11579, VV11582, VV11583, VV11584, VV11585, VV11593, VV11594, VV11600, VV11601, VV11602, VV11606, VV11608, VV11621, VV11622, VV11627, VV11630, VV11631, VV11632, VV11635, VV11636, VV11637, VV11642, VV11643, VV11644, VV11653, VV11654, VV11664, VV11678, VV11683, VV11691, VV11692, VV11698, VV11716, VV11725, VV11726, VV11727, VV11728, VV11730, VV11766, VV11767, VV11770, VV11771, VV11772, VV11773, VV11785, VV11787, VV11790, VV11799, VV11810, VV11838, VV11846, VV11855, VV11861, VV11865, VV11866, VV11870, VV11872, VV11873, VV11876, VV11883, VV11896, VV11897, VV11899, VV11900, VV11901, VV11912, VV11916, VV11975, VV11976, VV11978, VV11981, VV11986, VV11988, VV11989, VV11992, VV11993, VV11994, VV11997, VV12002, VV12016, VV12022, VV12064, VV12074, VV12075, VV12086, VV12088, VV12098, VV12116, VV12118, VV12126, VV12127, VV12131, VV12132, VV12156, VV12162, VV12163, VV12173, VV12200, VV12219, VV12220, VV12221, VV12227, VV12234, VV12248, VV12254, VV12257, VV12260, VV12265, VV12266, VV12341, VV12349, VV12355, VV12356, VV12357, VV12370, VV12371, VV12372, VV12374, VV12378, VV12379, VV12389, VV12390, VV12391, VV12392, VV12397, VV12448, VV12560, VV12590, VV12591, VV12592, VV12599, VV12614, VV12617, VV12618, VV12619, VV12620, VV12637, VV12641, VV12654, VV12682, VV12683, VV12684, VV12699, VV12702, VV12711, VV12730, VV12731, VV12732, VV12754, VV12755, VV12765, VV12768, VV12771, VV12772, VV12783, VV12785, VV12786, VV12787, VV12788, VV12797, VV12799, VV12801, VV12810, VV12813, VV12824, VV12826, VV12843, VV12871, VV12872, VV12888, VV12890, VV12907, VV12908, VV12910, VV12913, VV12914, VV12915, VV12916, VV12917, VV12918, VV12919, VV12920, VV12924, VV12928, VV12940, VV12942, VV12943, VV12944, VV12945, VV12946, VV12952, VV12977, VV12983, VV12992, VV12999, VV13002, VV13005, VV13006, VV13007, VV13009, VV13010, VV13011, VV13016, VV13018, VV13022, VV13025, VV13028, VV13035, VV13040, VV13041, VV13042, VV13050, VV13052, VV13060, VV13064, VV13065, VV13066, VV13067, VV13068, VV13069, VV13100, VV13111, VV13115, VV13135, VV13140, VV13153, VV13168, VV13169, VV13170, VV13172, VV13173, VV13174, VV20005, VV20010, VV20011, VV20012, VV20019, VV20053, VV20065, VV20117, VV20123, VV20148, VV20186, VV20188, VV20190, VV20198, VV20199, VV20200, VV20206, VV20214, VV20216, VV20217, VV20218, VV20237, VV20256, VV20280, VV20315, VV20316, VV20317, VV20330, VV20334, VV20337, VV20349, VV20367, VV20369, VV20370, VV20389, VV20390, VV20397, VV20398, VV20400, VV20407, VV20455, VV20456, VV20468, VV20469, VV20470, VV20471, VV20478, VV20488, VV20489, VV20490, VV20491, VV20493, VV20494, VV20496, VV20497, VV20498, VV20499, VV20500, VV20514, VV20515, VV20531, VV20532, VV20543, VV20552, VV20553, VV20558, VV20560, VV20561, VV20565, VV20566, VV20567, VV20568, VV20569, VV20712, VV20721, VV20730, VV20734, VV20735, VV20736, VV20741, VV20742, VV20752, VV20768, VV20789, VV20833, VV20835, VV20854, VV20869, VV20878, VV20903, VV20904, VV20905, VV20914, VV20966, VV20996, VV21024, VV21030, VV21050, VV21062, VV21064, VV21069, VV21070, VV21071, VV21072, VV21084, VV21085, VV21093, VV21094, VV21095, VV21118, VV21122, VV21136, VV21142, VV21180, VV21200, VV21204, VV21235, VV21237, VV21250, VV21251, VV21266, VV21287, VV21318, VV21327, VV21330, VV21348, VV21349, VV21352, VV21353, VV21356, VV21357, VV21373, VV21395, VV21412, VV21426, VV21432, VV21433, VV21457, VV21473, VV21484, VV21485, VV21520, VV21540, VV21596, VV21599, VV21615, VV21622, VV21635, VV21637, VV21651, VV21663, VV21664, VV21677, VV21687, VV21688 으로 구성된 유전자 군에 기반한 것을 특징으로 하는 방법
39 39
제34항 또는 제35항에 있어서, 상기 (b)단계의 수행은, (i) 상기 구축된 비브리오(Vibrio) 속 미생물 대사 네트워크를 이하의 수학식으로 표현하여 선형계획법을 이용하는 단계, 이 때, 상기 선형계획법의 적용은 세포의 성장에 필요한 모든 영양분 조건을 반영하여 이루어지는 것을 특징으로 함; 및 [수학식 1] (여기서, S : 시간에 따른 X의 변화량, X: 대사산물의 농도, t: 시간)(ii) 이하의 수학식2를 이용하여, 대사산물 소비 반응식의 대사흐름값을 0으로 고정시킨 후 세포의 성장속도가 0인 경우를 1차 필수 대사산물로 결정하는 것을 특징으로 하는 방법: [수학식 2](여기서 jm은 각 대사산물의 소비 반응식; Vjm은 해당 소비 반응식의 대사흐름값)
40 40
제39항에 있어서, 상기 영양분은 (S)-Lactate, (S)-Malate, 2-Oxoglutarate, 2-Phospho-D-glycerate, 3-Phospho-D-glycerate, Acetate, Adenosine, alpha,alpha-Trehalose, alpha-D-Glucose, Choline, Citrate, CO2, Cytidine, Cytosine, D-alanine, Deoxyadenosine, Deoxycytidine, Deoxyguanosine, Deoxyuridine, D-Fructose, D-Gluconate, D-Glutamate, D-Mannitol, Fumarate, Glycerol, Glycine, Guanosine, Isocitrate, Isomaltose, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, L-Cysteine, L-Glutamate, L-Glutamine, L-Histidine, L-Homoserine, L-Isoleucine, L-Leucine, L-Lysine, L-Methionine, L-Ornithine, L-Phenylalanine, L-Proline, L-Serine, L-Threonine, L-Tryptophan, L-Tyrosine, L-Valine, Maltose, Melibiose, N-Acetyl-D-glucosamine, NH3, Nitrate, Nitrite, Orthophosphate, Oxygen, Putrescine, sn-Glycerol 3-phosphate, Sodium, Spermidine, Succinate, Sucrose, Sulfate, Thiamin, Thymidine, Uracil, Urea, Uridine, 및 Xanthine 으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
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제34항 또는 제35항에 있어서, 상기 (b)단계에서 수득된 1차 필수 대사산물은 (R)-4'-Phosphopantothenoyl-L-cysteine, (R)-pantoate, (R)-Pantothenate, 1,4-dihydroxy-2-naphthoate, 1-Deoxy-D-xylulose 5-phosphate , 1-Hydroxy-2-methyl-2-butenyl 4-diphosphate, 2,3,4,5-Tetrahydrodipicolinate, 2,3-Dihydrodipicolinate, 2,5-Diamino-6-hydroxy-4-(5'-phosphoribosylamino)-pyrimidine, 2-Acyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine (L-1-Lysophosphatidylethanolamine), 2-Amino-4-hydroxy-6-(D-erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-7,8-dihydropteridine, 2-Amino-4-hydroxy-6-(erythro-1,2,3-trihydroxypropyl)-dihydropteridine triphosphate, 2-Amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, 2-C-Methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate, 2-C-Methyl-D-erythritol 4-phosphate, 2-Dehydro-3-deoxy-D-arabino-heptonate 7-phosphate , 2-Dehydropantoate, 2-Demethylmenaquinone, 2-Oxobutanoate, 2-Oxoglutarate, 2-Phospho-4-(cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate, 3-Amino-2-oxopropyl phosphate, 3-Dehydroquinate, 3-Dehydroshikimate, 3-Hydroxy-4-phospho-hydroxy-alpha-ketobutyrate, 3-Methyl-2-oxobutanoic acid, 4-(Cytidine 5'-diphospho)-2-C-methyl-D-erythritol , 4-amino-4-deoxychorismate, 4-Aminobenzoate, 4-Phospho-D-erythronate (4-Phosphoerythronate), 5,10-Methylenetetrahydrofolate, 5-Amino-6-(5'-phosphoribitylamino)uracil, 5-Amino-6-(5'-phosphoribosylamino)uracil, 5-Amino-6-ribitylamino-2,4 (1H, 3H)-pyrimidinedione (4-(1-D-Ribitylamino)-5-amino-2,6-dihydroxypyrimidine (4-(1-D-Ribitylamino)-5-aminouracil)), 5-Methyltetrahydrofolate, 5-O-(1-Carboxyvinyl)-3-phosphoshikimate, 5-Phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate, 6,7-Dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine, Acetyl-[acyl-carrier protein], Acetyl-CoA, Acyl-carrier protein, Acyl-sn-glycerol 3-phosphate, ADP, ADP-D-glycero-D-manno-heptose, ADPglucose, ADP-L-glycero-D-manno-heptose, all-trans-Heptaprenyl diphosphate, all-trans-Hexaprenyl diphosphate, all-trans-Octaprenyl diphosphate, all-trans-Pentaprenyl diphosphate, AMP, ATP, beta-Alanine, beta-D-Fructose 6-phosphate, CDP-diacylglycerol, Chorismate, CO2, CoA (coenzyme A), Cofactors and vitamins, CTP, D-4'-Phosphopantothenate, D-alanine, D-alanyl-D-alanine, dATP, dCTP, Deamido-NAD+, Dephospho-CoA, D-Erythrose 4-phosphate, D-Glucose 1-phosphate, D-Glutamate, D-Glyceraldehyde 3-phosphate ((2R)-2-Hydroxy-3-(phosphonooxy)-propanal), D-glycero-D-manno-Heptose 1,7-bisphosphate, D-glycero-D-manno-Heptose 1-phosphate, D-glycero-D-manno-Heptose 7-phosphate, dGTP, Dihydrofolate, Dihydropteroate, Dimethylallyl diphosphate, DNA (biomass component), Dodecanoyl-[acyl-carrier protein], D-Ribose 5-phosphate, D-Ribulose 5-phosphate, dTDP, dTMP, dTTP, Flavin adenine dinucleotide (FAD), FMN (Riboflavin-5-phosphate, Flavin mononucleotide), Fumarate, GDP, Geranyl diphosphate, Geranylgeranyl diphosphate, Glycerone phosphate, Glycine, Glycogen, GMP, GTP, Hexadecanoyl-[acyl-carrier protein], Hexadecenoyl-[acyl-carrier protein], Iminoaspartate, Isochorismate, Isopentenyl diphosphate, L,L-2,6-Diaminopimelate, L-3,4-Dihydroxy-2-butanone 4-phosphate, L-Alanine, L-Arginine, L-Asparagine, L-Aspartate, L-Aspartate 4-semialdehyde, L-Cysteine, L-Glutamate, L-Glutamine, L-Histidine, Lippolysaccharide, L-Isoleucine, L-Leucine, L-Lysine, L-Methionine, L-Phenylalanine, L-Proline, L-Serine, L-Threonine, L-Tryptophan, L-Tyrosine, L-Valine, Malonyl-[acyl-carrier protein], Malonyl-CoA, menaquinol, menaquinone, meso-2,6-Diaminopimelate, NAD+ (Nicotinamide adenine dinucleotide), NADH, NADP+ (Nicotinamide adenine dinucleotide phosphate), NADPH, NH3, Nicotinate D-ribonucleotide, N-Succinyl-2-amino-6-oxopimelate, N-Succinyl-L-2,6-diaminopimelate, Octadecanoyl-[acyl-carrier protein], Octadecenoyl-[acyl-carrier protein], O-Phospho-4-hydroxy-L-threonine, Orthophosphate, O-succinylbenzoate, O-succinylbenzoate-CoA, Oxidized thioredoxin, Pantetheine 4'-phosphate, Pentadecanoyl-[acyl-carrier protein], Peptidoglycan (biomass component), Peptidoglycan precursor, Phosphatidate (1,2-Diacyl-sn-glycerol 3-phosphate), Phosphatidylethanolamine, Phosphatidylglycerol, Phosphatidylglycerophosphate, Phosphatidylserine, Phosphoenolpyruvate, Phospholipids (biomass component), Propanoyl-[acyl-carrier protein] (Propionyl-[acyl-carrier protein]), Propanoyl-CoA (Propionyl-CoA), Proteins , Pyridoxine, Pyridoxine 5'-phosphate (Pyridoxine phosphate), Pyruvate, Quinolinate (Pyridine-2,3-dicarboxylate), Riboflavin, RNA , S-Adenosyl-L-methionine, Sedoheptulose 7-phosphate, Shikimate, Shikimate 3-phosphate, sn-Glycerol 3-phosphate, Succinyl-CoA, Tetradecanoyl-[acyl-carrier protein], Tetrahydrofolate, Thioredoxin, trans,trans-Farnesyl diphosphate, UDP, UDPglucose, UDP-N-acetyl-3-(1-carboxyvinyl)-D-glucosamine, UDP-N-acetyl-D-glucosamine, UDP-N-acetylmuramate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-gamma-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-6-carboxy-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine, UMP, Undecaprenyl diphosphate, Undecaprenyl phosphate, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutaminyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-(glycyl)5-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutaminyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetylglucosamine)-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, Undecaprenyl-diphospho-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimeloyl-D-alanyl-D-alanine, 및 UTP로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
42 42
제34항 또는 제35항에 있어서, 상기 5차 필수 대사산물은 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyl-7,8-dihydropteridine, 2,3-dihydrodipicolinate, 4-aminobenzoate 및 D-glutamate으로 구성된 군에서 선택되는 것을 특징으로 하는 방법
43 43
삭제
44 44
삭제
45 45
제35항에 있어서, 상기 5차 필수 대사산물과 구조적 유사성을 가진 화합물 후보군은 타니모토 계수가 0
46 46
제35항에 있어서, 상기 화합물 후보군을 비브리오(Vibrio) 속 미생물에 투여하여 성장 억제 여부를 확인함으로써, 미생물에 대한 약물을 스크리닝 하는 단계는, 화합물 후보군을 처리한 시험군이 비브리오(Vibrio) 속 미생물의 농도를 80% 이상 억제하는 화합물을 미생물에 대한 약물로써 스크리닝 하는 것을 특징으로 하는 방법
47 47
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1 교육과학기술부 한국과학기술원 원천기술개발사업 - 미래기반기술개발사업 - 시스템 생물학 연구 사업 대사회로 분석을 통한 생물 시스템 재설계 기술과 가상세포 시스템 개발