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시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법을 구현하기 위한 장치에 의해 수행되는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법에 있어서,
상기 장치의 입력부를 통해, 단백질 상호작용 데이터를 입력받는 단계;
상기 입력받은 단백질 상호작용 데이터로부터 단백질 상호작용 네트워크를 이루는 각 서브 그래프의 노드 리스트를 추출하여 노드 인접 정도에 따른 우선순위로 정렬하는 노드 리스트 정렬 단계;
상기 정렬한 노드 리스트 중에서 노드 우선순위가 높은 노드부터 타합병노드의 구성노드가 아닌 노드를 순차적으로 시드 단백질(Seed Protein)로 선정하는 시드 단백질 선정 단계;
상기 선정한 시드 단백질의 인접 노드들 중, 노드 합병을 위한 임계치보다 작은 합병대상 노드 수를 가지는 노드들에 한해 상기 선정한 시드 단백질을 중심으로 합병하여 합병 노드를 생성하는 합병 노드 생성 단계; 및
상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하고 해당 시드 단백질을 중심으로 합병된 노드들을 균등하게 배열시키는 분할포인트 상에 합병된 노드를 위치시킴으로써, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크를 시각화하여 상기 장치의 출력부를 통해 출력하는 시각화 출력 단계
를 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 1 항에 있어서,
상기 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크 시각화 방법은,
상기 정렬한 노드 리스트 상의 모든 노드들을 한 번씩 방문한 후 새롭게 생성된 합병 노드들로 치환하여 새로운 노드 리스트를 생성하는
시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 1 항에 있어서,
상기 시각화 출력 단계는,
상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하는 초기 위치 선정 과정;
상기 합병 노드의 시드 단백질을 중심으로 합병된 노드를 균등하게 배열하기 위한 분할포인트를 설정하는 과정;
상기 합병 노드에 합병된 노드를 순차적으로 상기 설정한 분할포인트에 위치시키는 과정; 및
상기 분할포인트 상에 각 노드의 위치를 확정한 균형 상태의 그래프로 시각화하는 시각화 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 3 항에 있어서,
상기 초기 위치 선정 과정은,
"natural spring force" 알고리즘을 이용하여 상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하는 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 3 항에 있어서,
상기 시각화 과정은,
FDP(Force-Directed Placement) 알고리즘을 이용하여 상기 분할포인트 상에 각 노드의 위치를 확정하여 균형 상태의 그래프로 시각화하는 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 합병 노드 생성 단계는,
노드 합병을 위한 임계치(CutValue)를 설정하는 과정;
상기 설정한 임계치보다 작은 합병대상 노드 수를 가지는 노드들을 추출하는 과정;
상기 추출한 노드들을 합병대상 노드(nest node)로 선정하는 과정; 및
상기 선정한 합병대상 노드로부터 합병대상 노드의 수를 계산하여 합병 노드를 생성하는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 1 항에 있어서,
상기 임계치는,
상기 정렬한 노드 리스트 상의 각 노드들의 합병대상 노드의 수(인접 노드의 수 + 자기 자신 1)를 확인한 후, 상위 20% 속하는 합병대상 노드 수이면서 각 노드의 합병대상 노드 수의 평균보다 큰 값들 중에서 최소 합병대상 노드의 수인 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 1 항에 있어서,
상기 시각화 출력 단계는,
상기 분할포인트 상에 위치된 합병된 노드들 중 합병 노드가 존재하는 경우, 해당 합병 노드의 시드 단백질을 중심으로 상기 분할포인트를 설정하는 과정;
상기 분할포인트 상에 위치된 합병된 노드들 중, 상기 해당 합병 노드에 합병된 노드와 관계가 있는 노드들의 중간지점을 상기 대표위치로 정하는 과정; 및
상기 대표위치와 같은 사분면에 설정한 분할포인트에 상기 대표위치와 관계가 있는 노드를 위치시키고, 상기 대표위치가 설정되지 않은 노드들은 빈 분할포인트에 위치시킨 균형 상태 그래프로, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크를 시각화하여 상기 장치의 출력부를 통해 출력하는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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9
시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법을 구현하기 위한 장치에 의해 수행되는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법에 있어서,
상기 장치의 입력부를 통해, 단백질 상호작용 데이터를 입력받는 단계;
상기 입력받은 단백질 상호작용 데이터로부터 단백질 상호작용 네트워크를 이루는 각 서브 그래프의 노드 리스트를 추출하여 노드 인접 정도에 따른 우선순위로 정렬하는 노드 리스트 정렬 단계;
상기 정렬한 노드 리스트 중에서 노드 우선순위가 높은 노드로부터 타합병노드의 구성노드가 아닌 노드를 순차적으로 시드 단백질(Seed Protein)로 선정하는 시드 단백질 선정 단계;
상기 선정한 시드 단백질을 중심으로 인접 노드들을 다단계로 합병하여 합병 노드를 생성하는 다단계 합병 노드 생성 단계;
상기 생성한 합병 노드의 초기 위치를 선정하고 해당 시드 단백질을 중심으로 합병된 노드들을 균등하게 배열시키는 분할포인트 상에 합병된 노드들을 위치시킨 후, FDP 알고리즘을 통해 상기 합병된 노드 각각의 위치를 확정하되,
상기 위치가 확정된 노드들 중 합병 노드가 존재하는 경우, 해당 합병 노드의 시드 단백질을 중심으로 상기 분할포인트를 설정하고, 대표 위치를 정한 후, 해당 합병 노드에 합병된 노드들을 위치시킨 후, FDP 알고리즘을 통해 상기 합병된 노드들 각각의 위치를 확정하는 노드 위치 확정 단계; 및
상기 노드 위치 확정 단계에 의해 시각화된 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크를 상기 장치의 출력부를 통해 출력하는 시각화 출력단계
를 포함하되,
상기 정렬한 노드 리스트 상의 모든 노드들을 한 번씩 방문한 후, 새롭게 생성된 합병노드들로 치환하여 새로운 노드 리스트를 생성하는
시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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10
제 9 항에 있어서,
상기 시각화 출력 단계는,
상기 위치가 확정된 노드들 중 합병 노드가 존재하는 경우, 해당 합병 노드의 시드 단백질을 중심으로 상기 분할포인트를 설정하는 과정;
상기 위치가 확정된 노드 중, 상기 해당 합병 노드에 합병된 노드와 관계가 있는 노드들의 중간지점을 상기 대표위치로 정하는 과정; 및
상기 대표위치와 같은 사분면에 설정한 분할포인트에 상기 대표위치와 관계가 있는 노드를 위치시키고, 상기 대표위치가 설정되지 않은 노드들은 빈 분할포인트에 위치시킨 균형 상태 그래프로, 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크를 시각화하여 상기 장치의 출력부를 통해 출력하는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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11
제 9 항 또는 제 10 항에 있어서,
상기 다단계 합병 노드 생성 단계는,
상기 다단계 합병 노드 생성 시, 시드 단백질이 인접 노드로 합병 노드를 포함하는 경우에 합병대상 노드 여부를 결정하기 위해 임계치(CutValue)와 비교하는 과정;
상기 비교 결과, 상기 임계치보다 작은 경우 합병대상 노드로 결정하는 과정; 및
상기 비교 결과, 상기 임계치보다 크거나 같은 경우 합병대상 노드로 결정하지 않는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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12
제 11 항에 있어서,
상기 다단계 합병 노드 생성 단계는,
상기 정렬한 노드 리스트 상의 모든 노드들을 한 번씩 방문한 후 새롭게 생성한 합병 노드들로 치환하여 새로운 노드 리스트를 생성하는 과정; 및
상기 생성한 새로운 노드 리스트를 정렬하는 과정
을 더 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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13
제 12 항에 있어서,
상기 새로운 노드 리스트를 정렬하는 과정은,
상기 노드 리스트 상에 인접 노드의 수가 큰 순으로 정렬하고, 인접 노드의 수가 동일한 노드가 존재하는 경우 각 노드에 합병된 노드의 수(nested degree)가 적은 순으로 정렬하는 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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14
제 11 항에 있어서,
상기 임계치는,
상기 정렬한 노드 리스트 상의 각 노드들의 합병대상 노드의 수(인접 노드의 수 + 자기 자신 1)를 확인한 후, 상위 20% 속하는 합병대상 노드 수이면서 각 노드의 합병대상 노드 수의 평균보다 큰 값들 중에서 최소 합병대상 노드의 수인 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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15
제 9 항 또는 제 10 항에 있어서,
상기 노드 위치 확정 단계는,
FDP(Force-Directed Placement) 알고리즘을 이용하여 상기 합병된 각 노드의 위치를 확정하는 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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16
제 1 항 내지 제 5 항, 제 9 항, 제 10 항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 시드 단백질 선정 단계는,
상기 정렬한 노드 리스트에서 인접한 노드의 개수에 따른 우선순위가 높은 노드부터 타 합병 노드의 구성 노드가 아닌 노드를 순차적으로 시드 단백질(Seed Protein)로 선정하는 과정; 및
상기 선정한 시드 단백질을 중심으로 해당 인접 노드들을 합병하는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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17
제 1 항 내지 제 5 항, 제 9 항, 제 10 항 중 어느 한 항에 있어서,
상기 노드 리스트 정렬 단계는,
다수의 서브 그래프로 구성된 상기 단백질 상호작용 네트워크에서 각 서브 그래프의 노드 리스트를 추출하는 과정; 및
상기 추출한 노드 리스트 상의 각 노드별 인접 노드의 수를 비교하여 인접 노드의 수가 큰 순으로 정렬하는 과정
을 포함하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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제 17 항에 있어서,
상기 노드 리스트 정렬 단계는,
상기 노드 리스트 상에서 인접 노드의 수가 동일한 노드들끼리의 정렬은 임의로 정렬하는 것을 특징으로 하는 시드 단백질 기반 단백질 상호작용 네트워크의 시각화 방법
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