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엔트로피 효과를 고려한 단백질-리간드 도킹 구조 예측방법
- 기술번호 : KST2015160220
- 담당센터 : 서울동부기술혁신센터
- 전화번호 : 02-2155-3662
| 요약 | 본 발명은 엔트로피 효과를 고려하여 단백질-리간드 도킹 구조를 예측하는 방법에 관한 것으로, 단백질-리간드 도킹 구조를 예측하는 스코어링 함수에 엔트로피 인자를 결합하여 리스코어링하여 적용함으로써 보다 정확한 단백질-리간드 도킹 구조를 예측할 수 있는 기술에 관한 것이다. 상기 리스코어링 함수는 단백질-리간드 배좌가 동일한 상태로 존재하는 지에 관한 확률함수를 사용하여 자유에너지 항을 아래 식의 콜로니 에너지 형태로 평가하여 스코어링 함수를 리스코어링함으로써 보다 정확한 단백질-리간드 도킹구조를 예측한다. (10) 단백질-리간드 모드, 오토독, 엔트로피, 스코어링 함수, 리스코어링 |
|---|---|
| Int. CL | G01N 33/53 (2011.01) G01N 33/48 (2011.01) G01N 33/68 (2011.01) G06F 19/20 (2011.01) |
| CPC | G01N 33/68(2013.01) G01N 33/68(2013.01) G01N 33/68(2013.01) |
| 출원번호/일자 | 1020070099851 (2007.10.04) |
| 출원인 | 재단법인서울대학교산학협력재단 |
| 등록번호/일자 | |
| 공개번호/일자 | 10-2009-0034558 (2009.04.08) 문서열기 |
| 공고번호/일자 | |
| 국제출원번호/일자 | |
| 국제공개번호/일자 | |
| 우선권정보 | |
| 법적상태 | 거절 |
| 심사진행상태 | 수리 |
| 심판사항 | |
| 구분 | |
| 원출원번호/일자 | |
| 관련 출원번호 | |
| 심사청구여부/일자 | Y (2008.12.11) |
| 심사청구항수 | 10 |
출원인
| 번호 | 이름 | 국적 | 주소 |
|---|---|---|---|
| 1 | 재단법인서울대학교산학협력재단 | 대한민국 | 서울특별시 관악구 |
발명자
| 번호 | 이름 | 국적 | 주소 |
|---|---|---|---|
| 1 | 석차옥 | 대한민국 | 서울특별시 서초구 |
| 2 | 이주련 | 대한민국 | 서울특별시 강남구 |
| 3 | 이주용 | 대한민국 | 서울특별시 관악구 |
대리인
| 번호 | 이름 | 국적 | 주소 |
|---|---|---|---|
| 1 | 박진호 | 대한민국 | 서울특별시 송파구 송파대로 ***, 옥명빌딩 *층 (송파동)(플랜국제특허법률사무소) |
최종권리자
| 번호 | 이름 | 국적 | 주소 |
|---|---|---|---|
| 최종권리자 정보가 없습니다 | |||
| 번호 | 서류명 | 접수/발송일자 | 처리상태 | 접수/발송번호 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | [특허출원]특허출원서 [Patent Application] Patent Application |
2007.10.04 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0713630-12 |
| 2 | 보정요구서 Request for Amendment |
2007.10.15 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 1-5-2007-0146707-88 |
| 3 | [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서 [Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief) |
2007.11.15 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0821126-78 |
| 4 | [출원서등 보정]보정서 [Amendment to Patent Application, etc.] Amendment |
2007.12.11 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0890930-66 |
| 5 | 출원인정보변경(경정)신고서 Notification of change of applicant's information |
2008.01.29 | 수리 (Accepted) | 4-1-2008-5015497-73 |
| 6 | [심사청구]심사청구(우선심사신청)서 [Request for Examination] Request for Examination (Request for Preferential Examination) |
2008.12.11 | 수리 (Accepted) | 1-1-2008-0852817-69 |
| 7 | 선행기술조사의뢰서 Request for Prior Art Search |
2010.09.08 | 수리 (Accepted) | 9-1-9999-9999999-89 |
| 8 | 선행기술조사보고서 Report of Prior Art Search |
2010.10.15 | 수리 (Accepted) | 9-1-2010-0062817-18 |
| 9 | 의견제출통지서 Notification of reason for refusal |
2011.02.17 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 9-5-2011-0091674-72 |
| 10 | [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서 [Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief) |
2011.04.18 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0287926-22 |
| 11 | [명세서등 보정]보정서 [Amendment to Description, etc.] Amendment |
2011.05.17 | 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) | 1-1-2011-0367552-15 |
| 12 | [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서 [Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation) |
2011.05.17 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0367553-50 |
| 13 | 보정요구서 Request for Amendment |
2011.05.25 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 1-5-2011-0045629-51 |
| 14 | [출원서등 보정]보정서(납부자번호) [Amendment to Patent Application, etc.] Amendment(Payer number) |
2011.06.10 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0390010-10 |
| 15 | 거절결정서 Decision to Refuse a Patent |
2011.12.26 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 9-5-2011-0768799-60 |
| 16 | 출원인정보변경(경정)신고서 Notification of change of applicant's information |
2014.08.22 | 수리 (Accepted) | 4-1-2014-5100909-62 |
| 17 | 출원인정보변경(경정)신고서 Notification of change of applicant's information |
2015.03.20 | 수리 (Accepted) | 4-1-2015-5036045-28 |
| 번호 | 청구항 |
|---|---|
| 1 |
1 에너지-기초 스코어링 함수에 의하여 단백질-리간드 도킹구조를 평가하고, 상기 도킹구조의 평가에 있어 에너지-기초 스코어링 함수에 엔트로피 인자를 결합하여 리스코어링 함수를 형성하여 단백질-리간드 도킹구조를 재평가하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 2 |
2 제 1항에 있어서, 상기 리스코어링 함수는 단백질-리간드 배좌가 동일한 상태로 존재하는 지에 관한 확률함수를 사용하여 자유에너지 항을 리스코어링하여 평가하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 3 |
3 제 2항에 있어서,상기 자유에너지 항은 아래의 식 (5) 단백질-리간드 복합체의 자유에너지에 관한 식으로 표현되며, (5)I 번째 상태에 의한 배열공간에 대한 기여도 ZI는, 각 상태 I 에 관한 참고 배좌(conformation) iref(I)가 선택되어, 아래의 식과 같이 상태에 대한 확률함수의 형태로 사용되고, (4)최대 ZI의 기여가 우세하다고 가정하여, 아래의 식으로 표현되는 자유에너지 항을 적용하여 리스코어링 하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 4 |
4 제 2항 또는 제 3항의 어느 한 항에 있어서,상기 에너지 항을 콜로니 에너지 형태로 간주하여 이를 리스코어링 하여 평가하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 5 |
5 제 4항에 있어서, 상기 콜로니에너지 형태는 아래의 식으로 표현되는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 6 |
6 제 5항에 있어서, 상기 배열공간 부피 vj는 일정하다는 가정하에 콜로니 에너지는 다음의 식으로 표현되는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 7 |
7 제 6항에 있어서, 각 배좌에 대한 콜로니 에너지는 아래의 식으로 표현되는 콜로니 에너지로서 평가하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 8 |
8 제 7항에 있어서,상기 콜로니 에너지 최소값을 갖는 배좌를 선택하여 가장 안정한 배좌를 선택하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 9 |
9 제 2항, 제 3항, 제 5항 내지 제 8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 확률함수는 , , , 및 로 이루어지는 군 중에서 선택하여 이를 적용하여 리스코어링하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법 |
| 10 |
10 제2항, 제 3항, 제 5항 내지 제 8항 중 어느 한 항에 있어서, 확률 함수 α(i,j) 는 추가적 근사치 α(i,j) = α(rmsdij) 를 도입하여 실시하는 것을 특징으로 하는 단백질-리간드 도킹구조의 예측방법(여기서 rmsdij는 배좌들 i 및 j 사이에 표준(root-mean-square) 거리임) |
| 지정국 정보가 없습니다 |
|---|
| 패밀리정보가 없습니다 |
|---|
| 순번 | 연구부처 | 주관기관 | 연구사업 | 연구과제 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | 서울특별시 | 서울대학교 산학협력재단 | 서울시 산학현 협력사업(기술기반구축사업) | 나노바이오 시스템 및 응용 소재 |
| 등록사항 정보가 없습니다 |
|---|
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| 번호 | 서류명 | 접수/발송일자 | 처리상태 | 접수/발송번호 |
|---|---|---|---|---|
| 1 | [특허출원]특허출원서 | 2007.10.04 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0713630-12 |
| 2 | 보정요구서 | 2007.10.15 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 1-5-2007-0146707-88 |
| 3 | [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서 | 2007.11.15 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0821126-78 |
| 4 | [출원서등 보정]보정서 | 2007.12.11 | 수리 (Accepted) | 1-1-2007-0890930-66 |
| 5 | 출원인정보변경(경정)신고서 | 2008.01.29 | 수리 (Accepted) | 4-1-2008-5015497-73 |
| 6 | [심사청구]심사청구(우선심사신청)서 | 2008.12.11 | 수리 (Accepted) | 1-1-2008-0852817-69 |
| 7 | 선행기술조사의뢰서 | 2010.09.08 | 수리 (Accepted) | 9-1-9999-9999999-89 |
| 8 | 선행기술조사보고서 | 2010.10.15 | 수리 (Accepted) | 9-1-2010-0062817-18 |
| 9 | 의견제출통지서 | 2011.02.17 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 9-5-2011-0091674-72 |
| 10 | [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서 | 2011.04.18 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0287926-22 |
| 11 | [명세서등 보정]보정서 | 2011.05.17 | 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) | 1-1-2011-0367552-15 |
| 12 | [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서 | 2011.05.17 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0367553-50 |
| 13 | 보정요구서 | 2011.05.25 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 1-5-2011-0045629-51 |
| 14 | [출원서등 보정]보정서(납부자번호) | 2011.06.10 | 수리 (Accepted) | 1-1-2011-0390010-10 |
| 15 | 거절결정서 | 2011.12.26 | 발송처리완료 (Completion of Transmission) | 9-5-2011-0768799-60 |
| 16 | 출원인정보변경(경정)신고서 | 2014.08.22 | 수리 (Accepted) | 4-1-2014-5100909-62 |
| 17 | 출원인정보변경(경정)신고서 | 2015.03.20 | 수리 (Accepted) | 4-1-2015-5036045-28 |
| 기술정보가 없습니다 |
|---|
| 과제고유번호 | 1350014387 |
|---|---|
| 세부과제번호 | R01-2003-000-10199-0 |
| 연구과제명 | 대규모병렬컴퓨팅을통한단백질접힘과단백질상호작용연구 |
| 성과구분 | 출원 |
| 부처명 | 교육과학기술부 |
| 연구관리전문기관명 | 한국과학재단 |
| 연구주관기관명 | 숭실대학교 |
| 성과제출연도 | 2005 |
| 연구기간 | 200309~200608 |
| 기여율 | 0.5 |
| 연구개발단계명 | 기초연구 |
| 6T분류명 | IT(정보기술) |
| 과제고유번호 | 1525002844 |
|---|---|
| 세부과제번호 | B10400207A290100900 |
| 연구과제명 | 해양천연물신약연구개발 |
| 성과구분 | 출원 |
| 부처명 | 국토해양부 |
| 연구관리전문기관명 | 한국해양수산기술진흥원 |
| 연구주관기관명 | 서울대학교 |
| 성과제출연도 | 2007 |
| 연구기간 | 200410~201312 |
| 기여율 | 0.5 |
| 연구개발단계명 | 기초연구 |
| 6T분류명 | BT(생명공학기술) |
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