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(a) 각 시점에서의 유전자들의 발현도를 실수 값으로 나타내는 유전자 발현 프로파일 데이터를 이용하여 인접한 두 시점의 유전자 발현도의 변화를 계산하고 상기 변화의 정도를 증가, 일정 및 감소로 분류하고 그에 따라 3 종류의 문자로 인코딩함으로써 각 유전자의 발현 프로파일 데이터를 3 종류의 문자로 구성된 스트링으로 인코딩하는 단계; (b) 상기 유전자 발현도의 증가를 나타내는 문자, 일정을 나타내는 문자 및 감소를 나타내는 문자로 구성된 스트링에 있어서 선행 문자 및 후행 문자의 배열 조합에 따라 상기 3 종류의 문자로 구성된 스트링을 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 인코딩하는 단계; 및 (c) 상기 인코딩 된 복수의 6 종류로 구성된 문자 스트링들 중 유전자 조절 관계를 예측하고자 하는 한 쌍의 유전자의 6 종류로 구성된 문자 스트링을 서포트 벡터 머신(SVM)에 입력하여 SVM 검증을 수행하는 단계를 포함하는 유전자 조절 관계 예측 방법
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제 1항에 있어서, 상기 변화 정도를 상기 인접한 두 시점의 유전자 발현도의 변화가 0
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제 1항에 있어서, 상기 인접한 두 시점의 유전자 발현도가 증가하는 경우 R 문자, 일정한 경우 C 문자, 및 감소하는 경우 F 문자로 인코딩하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 방법
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제 3항에 있어서, 상기 6 종류로 구성된 문자 스트링을 인코딩하는 단계는 (b1) 선행 문자가 R인 경우 후행 문자가 R이면 R로, 후행 문자가 C이면 T로, 및 후행 문자가 F이면 M으로 인코딩하는 단계; (b2) 선행 문자가 C인 경우 후행 문자가 R이면 T로, 후행 문자가 C이면 W로, 및 후행 문자가 F이면 S로 인코딩하는 단계; 및(b3) 선행 문자가 F인 경우 후행 문자가 R이면 V로, 후행 문자가 C이면 S로, 및 후행 문자가 F이면 F로 인코딩하는 단계를 포함하고, 상기 W는 연속하는 C 문자들의 선행 및 후행 문자가 각각 R인 경우 T로, 각각 F인 경우 S로, 각각 R 및 F인 경우 M으로, 및 각각 F 및 R인 경우 V로 인코딩하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 방법
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제 1항에 있어서, 상기 SVM 검증 단계는(c1) 유전자 조절 관계가 존재하는 것으로 검증된 유전자 쌍들의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 포지티브 학습 세트들을 생성하고 입력하여 SVM을 학습시키는 단계; (c2) 유전자 조절 관계가 존재하지 않는 것으로 검증된 유전자 쌍들의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 네거티브 학습 세트들을 생성하고 입력하여 SVM을 학습시키는 단계; 및(c3) 상기 학습된 SVM에 예측하고자 하는 한 쌍의 유전자의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 테스트 세트를 생성하고 입력하여 상기 한 쌍의 유전자의 조절 관계를 예측하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 방법
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제 1항에 있어서, 상기 인코딩 단계 이전에 유전자 발현 프로파일 데이터를 전처리하는 단계; 및 상기 전처리된 유전자 발현 프로파일 데이터를 파싱하고 각 시점에서의 실수값으로 변환하는 단계를 추가로 포함하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 방법
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각 시점에서의 유전자들의 발현도를 실수 값으로 나타내는 유전자 발현 프로파일 데이터를 이용하여 인접한 두 시점의 유전자 발현도의 변화를 계산하고 상기 변화의 정도를 증가, 일정 및 감소로 분류하고 그에 따라 3 종류의 문자로 인코딩함으로써 각 유전자의 발현 프로파일 데이터를 3 종류의 문자로 구성된 스트링으로 인코딩하는 일차 인코딩부; 상기 유전자 발현도의 증가를 나타내는 문자, 일정을 나타내는 문자 및 감소를 나타내는 문자로 구성된 스트링에 있어서 선행 문자 및 후행 문자의 배열 조합에 따라 상기 3 종류의 문자로 구성된 스트링을 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 인코딩하는 이차 인코딩부; 및 상기 인코딩 된 복수의 6 종류로 구성된 문자 스트링들 중 유전자 조절 관계를 예측하고자 하는 한 쌍의 유전자의 6 종류로 구성된 문자 스트링을 수신하여 SVM 검증을 수행하는 SVM 검증부를 포함하는 유전자 조절 관계 예측 장치
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제 7항에 있어서, 상기 변화 정도를 상기 인접한 두 시점의 유전자 발현도의 변화가 0
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제 7항에 있어서, 상기 인접한 두 시점의 유전자 발현도가 증가하는 경우 R 문자, 일정한 경우 C 문자, 및 감소하는 경우 F 문자로 인코딩하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 장치
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제 9항에 있어서, 상기 이차 인코딩부는 (b1) 선행 문자가 R인 경우 후행 문자가 R이면 R로, 후행 문자가 C이면 T로, 및 후행 문자가 F이면 M으로 인코딩하는 단계; (b2) 선행 문자가 C인 경우 후행 문자가 R이면 T로, 후행 문자가 C이면 W로, 및 후행 문자가 F이면 S로 인코딩하는 단계; 및(b3) 선행 문자가 F인 경우 후행 문자가 R이면 V로, 후행 문자가 C이면 S로, 및 후행 문자가 F이면 F로 인코딩하는 단계를 수행하고, 상기 W는 연속하는 C 문자들의 선행 및 후행 문자가 각각 R인 경우 T로, 각각 F인 경우 S로, 각각 R 및 F인 경우 M으로, 및 각각 F 및 R인 경우 V로 인코딩하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 장치
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제 7항에 있어서, 상기 SVM 검증부는(c1) 유전자 조절 관계가 존재하는 것으로 검증된 유전자 쌍들의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 포지티브 학습 세트들을 수신하고 학습하는 단계; (c2) 유전자 조절 관계가 존재하지 않는 것으로 검증된 유전자 쌍들의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 네거티브 학습 세트들을 수신하고 학습하는 단계; 및(c3) 상기 학습된 SVM에 예측하고자 하는 한 쌍의 유전자의 6 종류로 구성된 문자 스트링으로 구성된 테스트 세트를 수신하여 상기 한 쌍의 유전자의 조절 관계를 예측하는 단계를 수행하는 것을 특징으로 하는 유전자 조절 관계 예측 장치
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