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단백질의 아미노산 서열로부터 삼차 구조를 예측하기 위한장치 및 이의 예측 방법

  • 기술번호 : KST2015117842
  • 담당센터 : 대전기술혁신센터
  • 전화번호 : 042-610-2279
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요약, Int. CL, CPC, 출원번호/일자, 출원인, 등록번호/일자, 공개번호/일자, 공고번호/일자, 국제출원번호/일자, 국제공개번호/일자, 우선권정보, 법적상태, 심사진행상태, 심판사항, 구분, 원출원번호/일자, 관련 출원번호, 기술이전 희망, 심사청구여부/일자, 심사청구항수의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 서지정보 표입니다.
요약 본 발명은 단백질의 아미노산 서열로부터 삼차 구조를 예측하기 위한 장치 및 이의 예측 방법에 관한 것으로, 구체적으로 입력수단; 상기 입력수단에서 입력된 미지 단백질 서열을 전처리하는 수단; 주형 단백질 데이터베이스; 짝 비교 수단; 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스; 상기 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스에 기초하여 미지 단백질과 주형 단백질을 전역적으로 비교하는 전역 비교 수단; 주형 선택 수단; 모델링 수단; 상기 예측된 단백질 구조를 검증하는 검증 수단; 및 출력수단을 포함하여 이루어지는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치 및 이의 예측 방법에 관한 것이다. 본 발명은 기존의 단백질 예측 방법들보다 정확하고 정밀하게 단백질의 삼차 구조를 예측해줌으로써, 실험적으로 단백질 구조를 밝히는데 소비되는 비용과 시간을 절감하는 효과가 있으므로 각종 질병을 치료를 위한 연구 분야에 유용하게 사용될 수 있다.단백질, 삼차 구조, 예측 방법, 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스
Int. CL G06F 17/00 (2006.01) G06F 17/30 (2006.01)
CPC G06F 19/16(2013.01) G06F 19/16(2013.01)
출원번호/일자 1020060082296 (2006.08.29)
출원인 한국과학기술원
등록번호/일자 10-0836166-0000 (2008.06.02)
공개번호/일자 10-2008-0019857 (2008.03.05) 문서열기
공고번호/일자 (20080609) 문서열기
국제출원번호/일자
국제공개번호/일자
우선권정보
법적상태 소멸
심사진행상태 수리
심판사항
구분
원출원번호/일자
관련 출원번호
심사청구여부/일자 Y (2006.08.29)
심사청구항수 12

출원인

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대한민국 대전광역시 유성구

발명자

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번호 이름 국적 주소
1 김동섭 대한민국 대전 유성구
2 정찬석 대한민국 대전 유성구
3 이민호 대한민국 대전 유성구

대리인

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번호 이름 국적 주소
1 이원희 대한민국 서울특별시 강남구 테헤란로 ***, 성지하이츠빌딩*차 ***호 (역삼동)

최종권리자

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번호 이름 국적 주소
1 한국과학기술원 대한민국 대전광역시 유성구
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번호 서류명 접수/발송일자 처리상태 접수/발송번호
1 특허출원서
Patent Application		 2006.08.29 수리 (Accepted) 1-1-2006-0623646-74
2 선행기술조사의뢰서
Request for Prior Art Search		 2007.06.07 수리 (Accepted) 9-1-9999-9999999-89
3 선행기술조사보고서
Report of Prior Art Search		 2007.07.11 수리 (Accepted) 9-1-2007-0039899-18
4 의견제출통지서
Notification of reason for refusal		 2007.09.27 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2007-0523485-88
5 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2007.11.27 수리 (Accepted) 1-1-2007-0851363-29
6 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2007.12.27 수리 (Accepted) 1-1-2007-0938614-57
7 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2008.01.28 수리 (Accepted) 1-1-2008-0068221-34
8 [지정기간연장]기간연장(단축, 경과구제)신청서
[Designated Period Extension] Application of Period Extension(Reduction, Progress relief)		 2008.02.26 수리 (Accepted) 1-1-2008-0141537-03
9 [명세서등 보정]보정서
[Amendment to Description, etc.] Amendment		 2008.03.27 보정승인간주 (Regarded as an acceptance of amendment) 1-1-2008-0223069-37
10 [거절이유 등 통지에 따른 의견]의견(답변, 소명)서
[Opinion according to the Notification of Reasons for Refusal] Written Opinion(Written Reply, Written Substantiation)		 2008.03.27 수리 (Accepted) 1-1-2008-0223071-29
11 등록결정서
Decision to grant		 2008.05.30 발송처리완료 (Completion of Transmission) 9-5-2008-0296320-39
12 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2013.02.01 수리 (Accepted) 4-1-2013-5019983-17
13 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157968-69
14 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5158129-58
15 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2014.12.24 수리 (Accepted) 4-1-2014-5157993-01
16 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2019.04.24 수리 (Accepted) 4-1-2019-5081392-49
17 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.05.15 수리 (Accepted) 4-1-2020-5108396-12
18 출원인정보변경(경정)신고서
Notification of change of applicant's information		 2020.06.12 수리 (Accepted) 4-1-2020-5131486-63
번호, 청구항의 정보를 제공하는 이전대상기술 뷰 페이지 상세정보 > 청구항 표입니다.
번호 청구항
1 1
입력수단;상기 입력수단에서 입력된 미지 단백질 서열을 전처리하는 서열 전처리 수단;주형 단백질의 정보가 저장된 주형 단백질 데이터베이스;상기 주형 단백질 데이터베이스에 기초하여 미지 단백질과 주형 단백질을 비교하는 짝 비교 수단;상기 주형 단백질들 사이의 구조적 유사성으로 구성되어 저장된 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스;상기 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스에서 이웃한 단백질의 짝 비교 점수를 구조적 유사도에 따라 가중치 합을 취하여 전역비교점수를 구하는 전역 비교 수단; 상기 짝 비교 수단 및 상기 전역 비교 수단의 결과에 기초하여 상기의 전역비교 점수가 가장 큰 하나 이상의 주형 단백질을 선택하는 주형 선택 수단;상기 주형 선택 수단의 결과에 기초하여 선택된 단백질을 주형으로 하여, 서열정렬 소프트웨어와 단백질 구조 모델링 소프트웨어를 사용하여 미지 단백질의 입체 구조를 예측하는 모델링 수단; 단백질 구조 분석 소프트웨어를 사용하여 상기 예측된 단백질 구조가 안정적으로 존재가능한 구조인지를 검사하는 검증 수단; 및상기 예측된 단백질 구조를 출력하는 출력수단을 포함하는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치
2 2
제1항에 있어서, 상기 전처리 수단은 입력된 미지 단백질 서열로부터 2차구조, 용매노출도 및 프로파일로 이루어지는 군으로부터 선택되는 적어도 어느 하나의 정보를 추출하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치
3 3
제1항에 있어서, 상기 주형 단백질 데이터베이스는 주형 단백질의 서열, 실제 단백질 구조, 서열로부터 예측되는 구조 및 프로파일로 이루어지는 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 정보를 저장하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치
4 4
제1항에 있어서, 상기 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스는 각 주형 단백질을 노드로 하고 주형 단백질들 사이의 구조 및 기능 중 적어도 하나에 기초하여 링크를 구성하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치
5 5
제1항에 있어서, 상기 전역 비교 수단에서 상기 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스에서 이웃한 단백질 사이의 가중치는 구조의 유사성을 나타내는 Z-스코어(ZP,D)를 사용하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 삼차 구조 예측 장치
6 6
(a) 입력수단을 통해 입력된 미지 단백질의 서열로부터 서열 전처리 수단을 통해 정보를 추출하고 전처리하는 단계(단계 1);(b) 짝 비교 수단을 통해 주형 단백질 데이터베이스에 저장된 개개의 주형 단백질과 미지 단백질을 짝 비교하여 각 단백질 사이의 유사도를 계산하는 단계(단계 2);(c) 전역 비교 수단을 통해 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스상에서 미지 단백질과 주형 단백질의 전역비교점수를 계산하는 단계(단계 3); (d) 주형 선택 수단을 통해 상기 단계 2 및 단계 3의 결과에 기초하여 전역비교점수가 가장 큰 하나 이상의 주형 단백질 후보를 선택하는 단계(단계 4);(e) 모델링 수단을 통해, 상기 단계 4의 선택된 단백질을 주형으로 하고 서열정렬 소프트웨어와 단백질 구조 모델링 소프트웨어를 사용하여 미지 단백질의 구조를 모델링하는 단계(단계 5); 및(f) 검증 수단을 통해 예측된 단백질 구조를 검증한 뒤 출력수단을 통해 상기 예측된 단백질 구조를 출력하는 단계(단계 6)를 포함하는 미지 단백질의 구조 예측 방법
7 7
제6항에 있어서, 상기 단계 1의 전처리 과정은 입력수단을 통해 입력된 미지 단백질 서열로부터 2차구조, 용매노출도 및 프로파일로 이루어지는 군으로부터 선택되는 적어도 어느 하나의 정보를 추출하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 구조 예측 방법
8 8
제6항에 있어서, 상기 단계 2의 주형 단백질과 미지 단백질의 유사도 계산은 상기 미지 단백질의 서열, 프로파일 중 적어도 하나에 근거하여 수행되는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 구조 예측 방법
9 9
제6항에 있어서, 상기 단계 3의 미지 단백질과 주형 단백질의 전역비교점수의 계산은 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스상에서 이웃한 단백질 사이의 구조적 유사도에 따라서 주형 단백질과 미지 단백질의 짝 비교 결과에 가중치 합 되는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 구조 예측 방법
10 10
제9항에 있어서, 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스상에서 주형 단백질 사이의 가중치는 구조의 유사성을 나타내는 Z-스코어(ZP,D)를 사용하는 것을 특징으로 하는 미지 단백질의 구조 예측 방법
11 11
제6항 내지 제10항 중 어느 한 항의 방법을 컴퓨터에서 실행시키기 위한 컴퓨터로 읽을 수 있는 기록매체
12 12
주형 단백질 데이터베이스에 있는 단백질들로 구성된 노드 및 상기 노드에 대응하는 주형 단백질 사이의 구조나 기능 중 적어도 하나에 기초하여 그 유사성을 수치로 나타내는 링크로 구성된 주형 단백질 유사도 네트워크 데이터베이스가 저장되는 데이터 구조를 기록한 기록 매체
지정국 정보가 없습니다
패밀리정보가 없습니다
국가 R&D 정보가 없습니다.